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万見
- PDB-5byr: Semisynthetic [FeFe]-hydrogenase CpI with propane-dithiolato-brid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5byr
タイトルSemisynthetic [FeFe]-hydrogenase CpI with propane-dithiolato-bridged [2Fe] cofactor
要素Iron hydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hydrogenase / H-cluster / semisynthetic enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin hydrogenase / ferredoxin hydrogenase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #740 / Iron hydrogenase, small subunit superfamily / Iron hydrogenase, subset / : / Iron hydrogenase, small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain ...Ubiquitin-like (UB roll) - #740 / Iron hydrogenase, small subunit superfamily / Iron hydrogenase, subset / : / Iron hydrogenase, small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha-Beta Plaits / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4WW / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Iron hydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Esselborn, J. / Muraki, N. / Engelbrecht, V. / Hofmann, E. / Kurisu, G. / Happe, T.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2016
タイトル: A structural view of synthetic cofactor integration into [FeFe]-hydrogenases.
著者: Esselborn, J. / Muraki, N. / Klein, K. / Engelbrecht, V. / Metzler-Nolte, N. / Apfel, U.P. / Hofmann, E. / Kurisu, G. / Happe, T.
履歴
登録2015年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22018年7月11日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron hydrogenase 1
B: Iron hydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,40121
ポリマ－130,2232
非ポリマー4,17819
水15,187843
1
A: Iron hydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,30512
ポリマ－65,1111
非ポリマー2,19311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Iron hydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0969
ポリマ－65,1111
非ポリマー1,9858
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.470, 72.070, 102.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Iron hydrogenase 1 / CpI / Fe-only hydrogenase / [Fe] hydrogenase


分子量: 65111.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
プラスミド: pET21b / 詳細 (発現宿主): C-terminal strep-tagII / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): DiscR / 参照: UniProt: P29166, ferredoxin hydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 862分子

#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-4WW / bis(cyanido-kappaC)(dicarbonyl)-mu-(oxomethylidene)[mu-propane-1,3-bis(thiolate)-1kappa~2~S~1~,S~3~:2kappa~2~S~1~,S~3~] diiron(2+) / propane-dithiolato-bridged [2Fe2S] cluster


分子量: 353.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6Fe2N2O3S2
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 843 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 15% PEG 4000, 0.4 M MgCl,0.1 M MES, 25 % glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→47.58 Å / Num. obs: 112496 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 20.02 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rrim(I) all: 0.143 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 760236
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.82-1.870.7790.9122.0256288827082700.988100
1.87-1.920.820.7542.4753495804380360.81899.9
1.92-1.970.8590.6482.7750808786878640.70599.9
1.97-2.030.8970.5183.3648056765476440.56699.9
2.03-2.10.9410.4314.2851347740074000.466100
2.1-2.180.9530.3635.0450356717271730.392100
2.18-2.260.9640.3085.9247900688968860.334100
2.26-2.350.9750.2566.8846063664366430.277100
2.35-2.450.9790.2197.8643635640964070.237100
2.45-2.570.9840.1868.5838905613661290.20399.9
2.57-2.710.9880.16110.3139513576957710.174100
2.71-2.880.9910.13712.1939448550355060.148100
2.88-3.080.9940.11214.3636582517451680.12199.9
3.08-3.320.9950.09316.9833537485548510.10199.9
3.32-3.640.9950.07819.4228346445344480.08599.9
3.64-4.070.9970.06422.8726018402340160.0799.8
4.07-4.70.9980.05726.3425108357935710.06199.8
4.7-5.760.9980.05626.2820779301630130.06199.9
5.76-8.140.9970.05626.0114817237823730.06199.8
8.140.9970.05331.629235133613270.05799.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4xdc

4xdc


解像度: 1.82→47.582 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1922 1184 1.05 %Inherited from MR starting model
Rwork0.1555 111277 --
obs0.1559 112461 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.79 Å2 / Biso mean: 32.661 Å2 / Biso min: 11.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→47.582 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8877 0 139 843 9859
Biso mean--23.9 36.18 -
残基数----1143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0189195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48312408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2293440
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.82-1.90280.21851380.22351385713995
1.9028-2.00320.22361520.20141378513937
2.0032-2.12870.21511520.17291387514027
2.1287-2.2930.18671380.15351383413972
2.293-2.52380.19691580.14451389214050
2.5238-2.88890.19211530.14391391014063
2.8889-3.63950.18041450.141396514110
3.6395-47.59810.18261480.151415914307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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