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- PDB-5bxj: Complex of the Fk1 domain mutant A19T of FKBP51 with 4-Nitrophenol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bxj
タイトルComplex of the Fk1 domain mutant A19T of FKBP51 with 4-Nitrophenol
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
キーワードISOMERASE / cochaperone / FK506 / 4-Nitrophenol
機能・相同性
機能・相同性情報


response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase ...response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / response to cocaine / response to bacterium / protein folding / protein-macromolecule adaptor activity / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Chitinase A; domain 3 - #40 / Tetratricopeptide repeat / Chitinase A; domain 3 / Tetratricopeptide repeat / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. ...: / Chitinase A; domain 3 - #40 / Tetratricopeptide repeat / Chitinase A; domain 3 / Tetratricopeptide repeat / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
P-NITROPHENOL / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Wu, D. / Tao, X. / Chen, Z. / Han, J. / Jia, W. / Li, X. / Wang, Z. / He, Y.X.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31300616 中国
Fundamental Research Funds of Lanzhou Universitylzujbky-2014- 85 中国
Fundamental Research Funds of Lanzhou Universitylzujbky-2013-bt05 中国
引用ジャーナル: J. Hazard. Mater. / 年: 2016
タイトル: The environmental endocrine disruptor p-nitrophenol interacts with FKBP51, a positive regulator of androgen receptor and inhibits androgen receptor signaling in human cells
著者: Wu, D. / Tao, X. / Chen, Z.P. / Han, J.T. / Jia, W.J. / Zhu, N. / Li, X. / Wang, Z. / He, Y.X.
履歴
登録2015年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2962
ポリマ－14,1571
非ポリマー1391
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area6850 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.127, 53.720, 56.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase


分子量: 14157.275 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 16-140 / 変異: A19T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL


分子量: 139.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% PEG 3350, 0.2 M Ammonium Acetate and 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→50 Å / Num. obs: 36610 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 23.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.24→28.024 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2056 1828 5 %
Rwork0.1771 --
obs0.1786 36547 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.24→28.024 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数976 0 10 137 1123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3031350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.268376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007173
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2402-1.27380.20791290.17662549X-RAY DIFFRACTION96
1.2738-1.31120.2031440.15842617X-RAY DIFFRACTION100
1.3112-1.35360.19451270.15852664X-RAY DIFFRACTION100
1.3536-1.40190.19211350.15682654X-RAY DIFFRACTION100
1.4019-1.45810.19991350.15852657X-RAY DIFFRACTION100
1.4581-1.52440.17731400.15272653X-RAY DIFFRACTION100
1.5244-1.60480.19791400.15462652X-RAY DIFFRACTION100
1.6048-1.70530.19681430.16042675X-RAY DIFFRACTION100
1.7053-1.8370.17881400.16442679X-RAY DIFFRACTION100
1.837-2.02180.2031480.17092680X-RAY DIFFRACTION100
2.0218-2.31420.20751520.18122690X-RAY DIFFRACTION100
2.3142-2.91520.23011400.19062740X-RAY DIFFRACTION100
2.9152-28.03110.21021550.19192809X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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