- PDB-5bwr: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE AT 2.20A RESOLUTION OF HUMAN MITOCHONDRIA... -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5bwr
タイトル
X-RAY CRYSTAL STRUCTURE AT 2.20A RESOLUTION OF HUMAN MITOCHONDRIAL BRANCHED CHAIN AMINOTRANSFERASE (BCATM) COMPLEXED WITH A PYRAZOLOPYRIMIDINONE FRAGMENT AND AN INTERNAL ALDIMINE LINKED PLP.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 40832 / Num. obs: 40832 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.173 / Net I/av σ(I): 21.841 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 221215
反射 シェル
Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Mean I/σ(I) obs
Num. unique all
Χ2
% possible all
2.2-2.24
5.5
0.512
3.4
2022
1.001
100
2.24-2.28
5.5
0.413
2025
1.503
99.9
2.28-2.32
5.5
0.395
1996
1.055
99.9
2.32-2.37
5.6
0.322
2023
0.982
99.9
2.37-2.42
5.5
0.292
2004
0.966
99.9
2.42-2.48
5.6
0.256
2044
0.963
99.9
2.48-2.54
5.5
0.221
2002
1.077
99.8
2.54-2.61
5.6
0.186
2027
0.942
100
2.61-2.69
5.5
0.162
2022
1.012
100
2.69-2.77
5.5
0.132
2049
0.984
99.9
2.77-2.87
5.6
0.118
2022
1.083
99.9
2.87-2.99
5.5
0.107
2017
1.207
99.9
2.99-3.12
5.5
0.099
2046
1.465
99.9
3.12-3.29
5.5
0.096
2052
1.759
99.9
3.29-3.49
5.4
0.085
2042
1.952
100
3.49-3.76
5.1
0.071
2051
1.658
99.6
3.76-4.14
4.7
0.049
2004
1.176
96.6
4.14-4.74
5.1
0.038
2083
0.91
99.9
4.74-5.97
5.5
0.038
2111
0.917
99.9
5.97-40
5.1
0.036
2190
0.901
97.9
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SCALEPACK
データスケーリング
REFMAC
5.8.0073
精密化
PDB_EXTRACT
3.15
データ抽出
DENZO
データ削減
Coot
モデル構築
精密化
構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.2363 / WRfactor Rwork: 0.1729 / FOM work R set: 0.8313 / SU B: 6.203 / SU ML: 0.154 / SU R Cruickshank DPI: 0.2625 / SU Rfree: 0.2108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2345
1643
4 %
RANDOM
Rwork
0.1733
-
-
-
obs
0.1758
39129
99.54 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK