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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bwd | |||||||||
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タイトル | Benzylsuccinate alpha-gamma bound to fumarate | |||||||||
![]() | (benzylsuccinate synthase ...) x 2 | |||||||||
![]() | LYASE / complex / radical / disorder | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Funk, M.A. / Drennan, C.L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Substrate-bound Structures of Benzylsuccinate Synthase Reveal How Toluene Is Activated in Anaerobic Hydrocarbon Degradation. 著者: Funk, M.A. / Marsh, E.N. / Drennan, C.L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 375.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 304.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Benzylsuccinate synthase ... , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 99117.109 Da / 分子数: 1 / 変異: M789I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 6865.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 422分子 ![](data/chem/img/FUM.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-FUM / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-TRS / | ||||
#5: 化合物 | ChemComp-PGE / #6: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 % 解説: Pale yellow and three-dimensional with rounded edges and facets. Some cabochon-like crystals with no apparent facets. Crystal morphology is pH-dependent. |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 1:1 15 mg/mL BSS-alpha-gamma (in 20 mM HEPES, pH 7.6, 100 mM sodium chloride, 5 mM fumarate) to well solution (20% w/v PEG400, 50 mM Bis-Tris, pH 6.5, 25 mM Tris, pH 8.0) in temperature- ...詳細: 1:1 15 mg/mL BSS-alpha-gamma (in 20 mM HEPES, pH 7.6, 100 mM sodium chloride, 5 mM fumarate) to well solution (20% w/v PEG400, 50 mM Bis-Tris, pH 6.5, 25 mM Tris, pH 8.0) in temperature-controlled anaerobic chamber, crystals formed in several days PH範囲: 6.5-8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月19日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→35 Å / Num. obs: 65770 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 32.19 Å2 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 80.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4PKC 解像度: 2→34.628 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.75 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→34.628 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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