PDB-5bwd: Benzylsuccinate alpha-gamma bound to fumarate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bwd

タイトル

Benzylsuccinate alpha-gamma bound to fumarate

要素

(benzylsuccinate synthase ...) x 2

キーワード

LYASE / complex / radical / disorder

機能・相同性

機能・相同性情報

lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thauera aromatica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Funk, M.A. / Drennan, C.L.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Substrate-bound Structures of Benzylsuccinate Synthase Reveal How Toluene Is Activated in Anaerobic Hydrocarbon Degradation.
著者: Funk, M.A. / Marsh, E.N. / Drennan, C.L.

履歴

登録	2015年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月12日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月23日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bwd.cif.gz	375.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bwd.ent.gz	304.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bwd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/5bwd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/5bwd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5bweC 4pkcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bwe-3 2gtq-d 3kx2-1 1c7t-d 4amw-2 2x2j-3 5bwe-2 4pkf-d 4amx-3 2x2h-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: benzylsuccinate synthase alpha chain

C: benzylsuccinate synthase gamma chain

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.862, 154.862, 82.117
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
Benzylsuccinate synthase ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質	benzylsuccinate synthase alpha chain / tutD 分子量: 99117.109 Da / 分子数: 1 / 変異: M789I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thauera aromatica (バクテリア) / 株: T1 / 遺伝子: tutD / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O68395, benzylsuccinate synthase
#2: タンパク質	benzylsuccinate synthase gamma chain / TutF 分子量: 6865.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thauera aromatica (バクテリア) / 株: T1 / 遺伝子: tutF / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O68394

-
非ポリマー , 5種, 422分子

#3: 化合物	ChemComp-FUM / FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸分子量: 116.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.22 % 解説: Pale yellow and three-dimensional with rounded edges and facets. Some cabochon-like crystals with no apparent facets. Crystal morphology is pH-dependent.
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 1:1 15 mg/mL BSS-alpha-gamma (in 20 mM HEPES, pH 7.6, 100 mM sodium chloride, 5 mM fumarate) to well solution (20% w/v PEG400, 50 mM Bis-Tris, pH 6.5, 25 mM Tris, pH 8.0) in temperature- ...詳細: 1:1 15 mg/mL BSS-alpha-gamma (in 20 mM HEPES, pH 7.6, 100 mM sodium chloride, 5 mM fumarate) to well solution (20% w/v PEG400, 50 mM Bis-Tris, pH 6.5, 25 mM Tris, pH 8.0) in temperature-controlled anaerobic chamber, crystals formed in several days PH範囲: 6.5-8.0

結晶

マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
解説: Pale yellow and three-dimensional with rounded edges and facets. Some cabochon-like crystals with no apparent facets. Crystal morphology is pH-dependent.

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1:1 15 mg/mL BSS-alpha-gamma (in 20 mM HEPES, pH 7.6, 100 mM sodium chloride, 5 mM fumarate) to well solution (20% w/v PEG400, 50 mM Bis-Tris, pH 6.5, 25 mM Tris, pH 8.0) in temperature- ...
PH範囲: 6.5-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月19日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→35 Å / Num. obs: 65770 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 32.19 Å² / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 80.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1951	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4PKC

4pkc

解像度: 2→34.628 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2232	3271	4.99 %
R_work	0.1951	-	-
obs	0.1965	65615	96.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→34.628 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7056	0	79	414	7549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7301
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.705	9838
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.984	2760
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	1028
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1285

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0299	0.3997	109	0.3535	2202	X-RAY DIFFRACTION	80
2.0299-2.0616	0.3521	115	0.3126	2303	X-RAY DIFFRACTION	83
2.0616-2.0954	0.2783	129	0.3015	2373	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0954-2.1315	0.3753	128	0.279	2487	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1315-2.1703	0.2873	138	0.2629	2576	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1703-2.212	0.31	144	0.2438	2718	X-RAY DIFFRACTION	99
2.212-2.2571	0.2785	145	0.222	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2571-2.3062	0.269	143	0.2053	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3062-2.3598	0.2298	148	0.202	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3598-2.4188	0.2514	147	0.2025	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4188-2.4842	0.2315	145	0.197	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4842-2.5573	0.2446	145	0.2022	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5573-2.6398	0.2269	146	0.1943	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6398-2.7341	0.2838	147	0.2029	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7341-2.8436	0.2637	146	0.2018	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8436-2.9729	0.2505	148	0.207	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9729-3.1295	0.2176	148	0.2092	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1295-3.3255	0.2513	147	0.2089	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3255-3.582	0.2067	147	0.1849	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.582-3.942	0.2015	149	0.171	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.942-4.5114	0.1636	149	0.1525	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5114-5.6798	0.1836	152	0.1668	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6798-34.6334	0.1877	156	0.1842	3012	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.456	0.1339	0.2609	0.4311	0.2171	0.1824	0.2693	0.2026	-0.271	0.0358	-0.0076	-0.3884	0.2756	0.4049	0.5413	0.3095	0.2294	-0.0524	0.5294	-0.1938	0.7367	20.2604	-62.2678	-15.0094
2	0.8677	-0.3423	0.0865	0.6156	0.0023	0.1628	-0.0075	-0.0794	-0.1546	-0.0084	0.0277	0.0421	0.0274	-0.0254	-0	0.2474	-0.0025	-0.0194	0.259	0.0162	0.2526	-12.3147	-41.6963	2.3042
3	0.2434	-0.0287	-0.1697	0.2935	-0.0957	0.1063	0.0031	0.0277	-0.0175	-0.1324	0.0355	-0.1199	0.0128	0.0465	-0	0.2721	0.0133	-0.0331	0.2915	0.0033	0.3124	3.9793	-48.2476	1.3658
4	0.397	-0.1953	0.3207	0.213	0.1704	0.633	0.0524	0.155	0.1315	-0.1039	-0.0455	-0.3927	-0.0531	0.2281	0	0.2844	0.0126	0.0623	0.3795	0.0232	0.3691	7.7912	-36.8672	-11.7799
5	0.0647	0.1201	0.0698	0.2132	0.1338	0.0711	-0.0378	0.0174	0.0721	-0.0821	-0.0053	-0.1756	-0.129	0.0005	-0	0.3254	-0.0074	0.0497	0.305	0.0564	0.2969	-7.4639	-23.4903	-19.281
6	0.2993	0.0374	0.2168	0.1012	0.0534	0.1266	0.0992	0.1344	-0.0214	-0.0723	-0.059	-0.2813	0.057	0.2004	0.0131	0.3296	0.0588	0.0569	0.3586	-0.0059	0.3748	-0.0175	-28.7699	-12.9986
7	0.0428	0.0259	-0.0178	0.0569	-0.0078	0.0038	0.0008	0.1551	-0.0265	-0.2439	-0.1492	-0.0812	-0.1325	0.0907	-0.0264	1.2469	-0.0407	0.2016	1.3006	-0.0324	0.3126	2.4864	-31.0595	-49.7893
8	0.0903	-0.1291	0.0691	0.1846	-0.096	0.0497	-0.1989	0.0607	0.0054	-0.0837	-0.0037	-0.0475	-0.0253	0.0054	-0.0179	1.1278	0.2565	0.1898	1.5933	-0.4197	0.7353	4.3386	-40.5678	-48.1252
9	0.195	0.097	-0.089	0.2842	-0.3162	0.3402	-0.1093	0.3962	0.2011	-0.1471	-0.1611	-0.4114	0.0576	0.4602	-0.4614	0.3664	0.0543	0.2524	0.6884	0.0905	0.4067	8.7369	-26.6463	-25.8786
10	0.0043	-0.0027	-0.0024	0.0054	-0.0034	0.0025	0.0154	0.0784	-0.0294	0.0656	0.0731	0.0272	0.0617	0.0899	-0.0001	0.8663	0.0894	0.1103	0.7173	-0.1626	0.4948	-0.764	-38.7904	-36.4111
11	0.0035	-0.0026	0.0016	0.0016	0.0003	0.0024	0.0413	0.0449	-0.0713	0.0216	-0.0116	0.0086	0.0217	0.0017	-0	1.0354	0.2569	-0.1577	0.9802	-0.2772	0.6707	0.7118	-43.512	-38.0171
12	0.1228	-0.0194	-0.1023	0.0346	0.0179	0.0581	-0.0187	0.4849	-0.0392	-0.1507	0.0218	-0.3044	-0.1386	0.3029	0.1209	0.6891	0.0843	0.2213	1.0887	-0.0642	0.8319	19.0181	-41.4774	-23.2013
13	0.0414	-0.0005	0.0352	0.0041	-0.011	0.0559	0.086	0.2709	0.2098	-0.0749	0.1435	-0.02	0.0449	0.102	0.0758	0.41	0.0883	0.1241	1.0365	-0.0338	0.582	25.5645	-42.8231	-15.461
14	0.4863	0.0038	0.4495	0.2619	-0.0158	0.4897	0.054	0.4659	0.0004	-0.3099	-0.2268	0.0461	0.2006	0.3414	-0.3212	0.5109	0.1464	0.0594	0.749	-0.2664	0.4341	12.7853	-51.8971	-22.4379
15	0.0158	-0.0046	-0.0258	0.0107	-0.0001	0.0651	0.0887	0.1166	-0.3335	0.0778	-0.0629	0.0094	-0.0928	0.1845	-0.0003	0.4597	0.1674	-0.0532	0.5369	-0.1767	0.5212	4.0434	-58.4957	-18.8236
16	0.0018	-0.0074	0.001	0.0165	-0.0059	0.0303	-0.002	0.167	0.1455	-0.1463	-0.1033	-0.317	-0.2304	0.2489	-0	0.8948	0.2251	-0.0329	1.2019	-0.0506	0.6344	11.587	-52.0583	-28.5578
17	0.0032	-0.0057	0.0022	0.0066	-0.0008	0.0004	0.0636	0.0692	0.1011	0.0023	-0.0051	0.0065	-0.0066	-0.0503	0	0.8043	0.2421	0.2583	1.3404	0.0731	1.4091	32.9045	-43.5813	-22.4942
18	0.0316	0.0057	-0.0016	0.0066	-0.0095	0.0084	-0.0699	0.0061	-0.1002	-0.0481	0.0084	0.2252	-0.0073	-0.4472	-0.0001	0.4486	-0.0646	0.1134	0.5229	0.1062	0.5729	-19.8211	-53.1629	20.288
19	0.0585	-0.0025	0.0546	0.0284	0.0015	0.0584	0.146	-0.0647	-0.513	-0.0861	0.2022	0.0877	0.1219	-0.1597	0.01	0.3564	0.0005	-0.0102	0.3183	0.0796	0.5975	-16.0066	-61.6679	6.9792

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 6:52)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 53:321)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 322:385)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 386:546)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 555:583)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 584:634)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 635:650)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 651:663)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 664:708)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 716:725)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resseq 726:731)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resseq 744:780)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resseq 781:794)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resseq 795:815)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resseq 816:838)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resseq 839:854)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resseq 855:865)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 9:26)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 27:47)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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