[日本語] English
万見
- PDB-5bvr: Actin binding domain of alpha-actinin from Schizosaccharomyces pombe -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bvr
タイトルActin binding domain of alpha-actinin from Schizosaccharomyces pombe
要素Alpha-actinin-like protein 1
キーワードCELL CYCLE / alpha-actinin actin binding Schizosaccharomyces pombe / cell division
機能・相同性
機能・相同性情報


: / actin lateral binding / Platelet degranulation / COPI-mediated anterograde transport / Neutrophil degranulation / mitotic actomyosin contractile ring / actomyosin contractile ring / actin crosslink formation / actin filament bundle / actin filament bundle assembly ...: / actin lateral binding / Platelet degranulation / COPI-mediated anterograde transport / Neutrophil degranulation / mitotic actomyosin contractile ring / actomyosin contractile ring / actin crosslink formation / actin filament bundle / actin filament bundle assembly / actin filament binding / protein-macromolecule adaptor activity
類似検索 - 分子機能
Calponin-like domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily ...Calponin-like domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-actinin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Persson, K. / Backman, L. / Addario, B.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Car trygger foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Peerj / 年: 2016
タイトル: Characterisation of Schizosaccharomyces pombe alpha-actinin.
著者: Addario, B. / Sandblad, L. / Persson, K. / Backman, L.
履歴
登録2015年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alpha-actinin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4884
ポリマ－27,2921
非ポリマー1963
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area11510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.537, 79.468, 91.933
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Alpha-actinin-like protein 1


分子量: 27292.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first residues, GS, originate from the cloning vector.
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
遺伝子: ain1, SPAC15A10.08 / プラスミド: pET19-b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O13728
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 18% PEG 6000, 5 mM ZnCl2 / PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→45.97 Å / Num. obs: 309226 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.46→1.54 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.809 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EYI

2eyi


解像度: 1.46→45.966 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1866 1999 4.6 %Random
Rwork0.1579 41455 --
obs0.1592 43454 99.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.89 Å2 / Biso mean: 28.7124 Å2 / Biso min: 11.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.46→45.966 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1870 0 3 287 2160
Biso mean--20.48 37.48 -
残基数----229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091920
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.152601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.021728
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.46-1.49510.27081350.26972794X-RAY DIFFRACTION97
1.4951-1.53550.30951410.23882945X-RAY DIFFRACTION100
1.5355-1.58070.23471410.21682903X-RAY DIFFRACTION100
1.5807-1.63180.20951400.18762924X-RAY DIFFRACTION100
1.6318-1.69010.22961420.18742938X-RAY DIFFRACTION99
1.6901-1.75770.21741420.17382952X-RAY DIFFRACTION100
1.7577-1.83770.20911420.1652933X-RAY DIFFRACTION100
1.8377-1.93460.18151410.15632940X-RAY DIFFRACTION100
1.9346-2.05590.20191440.14932963X-RAY DIFFRACTION100
2.0559-2.21460.19651430.14652979X-RAY DIFFRACTION100
2.2146-2.43740.18981440.14212978X-RAY DIFFRACTION100
2.4374-2.79010.19241460.14523019X-RAY DIFFRACTION100
2.7901-3.5150.14671440.15163007X-RAY DIFFRACTION100
3.515-45.9890.17311540.15213180X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.062-0.03120.59430.9966-0.31231.74980.0578-0.0178-0.0393-0.0664-0.03960.08730.092-0.062800.180.0028-0.0110.1507-0.00760.1543-10.1119-8.78856.7896
21.3812-0.06270.5881.0038-0.18691.7770.07-0.152-0.16360.02440.0012-0.02350.068-0.05570.00270.1248-0.0163-0.0090.12770.03330.1573-2.3753-15.820332.0896
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 6:119)A6 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 120:234)A120 - 234

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る