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Yorodumi- PDB-5bs6: Apo structure of transcriptional factor AraR from Bacteroides the... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bs6 | |||||||||
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Title | Apo structure of transcriptional factor AraR from Bacteroides thetaiotaomicron VPI | |||||||||
Components | transcriptional regulator AraR | |||||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / transcriptional regulator / Bacteroides thetaiotaomicron / helix-turn-helix motif / Nudix fold / DNA binding | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Bacteroides thetaiotaomicron (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.35 Å | |||||||||
Authors | Chang, C. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | |||||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2015 Title: A novel transcriptional regulator of L-arabinose utilization in human gut bacteria. Authors: Chang, C. / Tesar, C. / Li, X. / Kim, Y. / Rodionov, D.A. / Joachimiak, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5bs6.cif.gz | 365.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5bs6.ent.gz | 315.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5bs6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5bs6_validation.pdf.gz | 460.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5bs6_full_validation.pdf.gz | 466.2 KB | Display | |
Data in XML | 5bs6_validation.xml.gz | 34.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5bs6_validation.cif.gz | 48.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bs6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bs6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5dd4C 5ddgC 5deqC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26622.131 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (bacteria) Strain: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / Gene: BT_0354 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8AAV8 #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.42 Å3/Da / Density % sol: 64.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.2 Details: 0.4 M sodium di-hydrogen phosphate/1.6M di-potassium hydrogen phosphate, 0.2 M sodum chloride, 0.1 M Tris |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 18, 2005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→50 Å / Num. obs: 56682 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Χ2: 0.875 / Net I/av σ(I): 12.308 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 211562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.35→41.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 12.579 / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.224 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 135.19 Å2 / Biso mean: 38.864 Å2 / Biso min: 7.43 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.35→41.38 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.354→2.415 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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