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万見
- PDB-5bru: Catalytic Improvement of an Artificial Metalloenzyme by Computati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bru
タイトルCatalytic Improvement of an Artificial Metalloenzyme by Computational Design
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / artificial metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / angiotensin-activated signaling pathway / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8TH / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Heinisch, T. / Pellizzoni, M. / Duerrenberger, M. / Tinberg, C.E. / Koehler, V. / Klehr, J. / Haeussinger, D. / Baker, D. / Ward, T.R.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Improving the Catalytic Performance of an Artificial Metalloenzyme by Computational Design.
著者: Heinisch, T. / Pellizzoni, M. / Durrenberger, M. / Tinberg, C.E. / Kohler, V. / Klehr, J. / Haussinger, D. / Baker, D. / Ward, T.R.
履歴
登録2015年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3435
ポリマ－29,2921
非ポリマー1,0514
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.308, 41.689, 72.343
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29292.125 Da / 分子数: 1 / 変異: L140M, L197M, C205S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / プラスミド: pACA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-8TH / chloro[(phenylsulfonyl){[4-(4-sulfamoylphenyl)pyridin-2-yl-kappaN]methyl}azanide-kappaN][(1,2,3,4,5-eta)-1,2,3,4-tetramethyl-5-propylcyclopentadienyl]iridium


分子量: 793.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H35ClIrN3O4S2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: 2.6 M ammonium sulfate, 50 mM Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.3051 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3051 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→70.11 Å / Num. obs: 29218 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 137882
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.6-1.633.80.7192.133038770.4820.40155.4
8.76-70.114.70.05225.710542230.9960.02699

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.6 Å41 Å
Translation1.6 Å41 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
Aimless0.5.1データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZP9

3zp9


解像度: 1.6→70.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.661 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19358 1542 5.3 %RANDOM
Rwork0.13717 ---
obs0.14008 27665 89.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.147 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.57 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→70.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2059 0 52 173 2284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0192185
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8381.983004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00434613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1095259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.02224.59298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.0315357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.221157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02492
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0921.5011036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0351.4971035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2332.2461295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2322.251296
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9881.9221149
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5621.8441092
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7962.6231591
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.74814.0862589
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.08912.7912413
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.01234176
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.156557
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.80954224
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 75 -
Rwork0.325 1273 -
obs--56.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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