PDB-5brt: Crystal Structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase from Pseud...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5brt

タイトル

Crystal Structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase from Pseudomonas azelaica with 2-hydroxybiphenyl in the active site

要素

2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / flavin dependent oxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas nitroreducens HBP1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kanteev, M. / Bregman-Cohen, A. / Deri, B. / Adir, N. / Fishman, A.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: A crystal structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase with bound substrate provides insights into the enzymatic mechanism.
著者: Kanteev, M. / Bregman-Cohen, A. / Deri, B. / Shahar, A. / Adir, N. / Fishman, A.

履歴

登録	2015年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月26日	Group: Structure summary
改定 1.2	2015年10月28日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5brt.cif.gz	458.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5brt.ent.gz	374.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5brt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5brt_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5brt_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5brt_validation.xml.gz	53.3 KB	表示
CIF形式データ	5brt_validation.cif.gz	77.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/5brt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/5brt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z2rSC 4z2tC 4z2uC 42zt 42zu S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cy6-d 4z2u-2 4z2t-2 4z2u-1 4z2t-1 4z2r-2 4z2r-1 4cy8-d 3gxm-d 2exj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

130 kDa, 2 ポリマー
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1

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
259 kDa, 4 ポリマー
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2

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
259 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.470, 130.680, 78.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.610, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-869- HOH
2	1	A-1100- HOH
3	1	B-791- HOH
4	1	B-1020- HOH

#1: タンパク質	2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase 分子量: 63836.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas nitroreducens HBP1 (バクテリア) 遺伝子: hbpA / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O06647
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ 由来: (組換発現) Pseudomonas nitroreducens HBP1 (バクテリア) 遺伝子: hbpA / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: EC: 1.14.13.44 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CH9 / 2-HYDROXYBIPHENYL / 1,1'-BIPHENYL-2-OL / 2-PHENYLPHENOL / 2-ヒドロキシビフェニル分子量: 170.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₀O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium citrate and 25% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→99.021 Å / Num. all: 102878 / Num. obs: 102878 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.48 Å² / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.044 / R_sym value: 0.039 / Net I/av σ(I): 12.687 / Net I/σ(I): 26.5 / Num. measured all: 501762

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2-2.11	5.3	0.167	4.8	78901	14963	0.079	0.167	10.1	99.2
2.11-2.24	5.2	0.111	7.2	73197	14163	0.053	0.111	13.8	99.5
2.24-2.39	5.1	0.079	9.8	67449	13281	0.038	0.079	17.9	99.4
2.39-2.58	5	0.06	12.4	62130	12409	0.029	0.06	22.5	99.7
2.58-2.83	4.9	0.045	15.3	55608	11434	0.023	0.045	28.2	99.8
2.83-3.16	4.7	0.036	17.9	49429	10413	0.018	0.036	35.1	99.9
3.16-3.65	4.6	0.03	19.2	41918	9158	0.015	0.03	42.2	99.9
3.65-4.47	4.5	0.028	20.8	34511	7755	0.014	0.028	47	100
4.47-6.32	4.2	0.027	20.2	25199	6018	0.014	0.027	45.9	99.9
6.32-36.304	4.1	0.025	20.5	13420	3284	0.014	0.025	45.4	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.3_928	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4z2r

4z2r

解像度: 2.3→36.304 Å / FOM work R set: 0.8132 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2546	3348	4.96 %
R_work	0.2291	64215	-
obs	0.2304	67563	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.053 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 276.96 Å² / B_iso mean: 33.21 Å² / B_iso min: 5.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.7471 Å²	-0 Å²	3.1243 Å²
2-	-	-1.0802 Å²	-0 Å²
3-	-	-	7.8273 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→36.304 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8563	0	132	840	9535
B_iso mean	-	-	37.09	33.46	-
残基数	-	-	-	-	1113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8903
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.352	12083
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.119	1328
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1555
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.857	3215

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.3329	0.3161	145	0.2488	2637	2782	99
2.3329-2.3677	0.3013	127	0.2386	2659	2786	99
2.3677-2.4047	0.2438	139	0.238	2652	2791	99
2.4047-2.4441	0.2531	148	0.2269	2630	2778	99
2.4441-2.4862	0.274	129	0.2287	2641	2770	99
2.4862-2.5314	0.2902	142	0.2339	2676	2818	99
2.5314-2.5801	0.3081	130	0.2371	2657	2787	99
2.5801-2.6327	0.309	149	0.2291	2683	2832	99
2.6327-2.69	0.277	131	0.2336	2678	2809	99
2.69-2.7525	0.2736	126	0.2347	2667	2793	99
2.7525-2.8213	0.2854	140	0.2283	2655	2795	99
2.8213-2.8976	0.2662	148	0.2319	2677	2825	99
2.8976-2.9828	0.258	137	0.2156	2661	2798	99
2.9828-3.079	0.2328	143	0.212	2667	2810	100
3.079-3.189	0.267	137	0.2195	2689	2826	100
3.189-3.3166	0.2167	152	0.214	2676	2828	100
3.3166-3.4675	0.2432	128	0.2131	2713	2841	100
3.4675-3.6501	0.2096	143	0.2142	2693	2836	100
3.6501-3.8786	0.2336	144	0.2094	2678	2822	100
3.8786-4.1776	0.2223	154	0.2078	2677	2831	100
4.1776-4.5973	0.2078	158	0.2003	2687	2845	100
4.5973-5.2608	0.2318	143	0.2159	2713	2856	100
5.2608-6.6215	0.3105	127	0.2791	2718	2845	100
6.6215-36.3086	0.3464	128	0.3225	2731	2859	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1261	-0.3192	-0.002	0.7697	-0.1997	0.3924	0.0929	0.063	0.1809	-0.1081	-0.114	0.14	-0.0002	-0.0247	0.0519	0.088	-0.0132	-0.0004	0.0908	-0.0068	0.1282	12.1326	-42.6553	-2.1722
2	1.083	-0.7673	-0.3793	1.2411	-0.3127	0.8103	0.0913	0.2539	0.0546	-0.3413	-0.199	0.2534	0.077	0.0135	0.1131	0.1557	0.0086	-0.0323	0.1244	0.0157	0.2092	16.6568	-37.3224	-9.038
3	0.809	0.105	0.1436	1.3202	0.3243	0.5085	0.0764	-0.1086	0.1538	0.045	-0.1787	0.0114	0.0626	0.01	0.0041	0.0622	-0.0296	0.0271	0.0772	-0.0246	-0.1624	27.3676	-51.5424	6.592
4	1.1231	-0.3956	0.0524	0.8444	0.0905	0.4345	0.0822	0.0762	-0.1193	-0.1145	-0.1204	-0.1576	-0.0276	0.019	0.0514	0.0869	-0.0024	0.0122	0.0922	0.0122	0.112	64.7174	-24.9572	-2.2813
5	1.1089	-0.8061	0.1297	1.7605	-0.2739	1.0717	0.146	0.3042	0.047	-0.3651	-0.2666	-0.4796	-0.1089	0.0025	0.0463	0.2181	0.0426	0.0454	0.1761	-0.0467	0.2913	63.8937	-30.0607	-14.3295
6	0.7908	0.0072	-0.0905	1.3286	-0.2138	0.4794	0.088	-0.062	-0.2997	-0.0047	-0.1316	-0.0222	-0.0639	-0.0177	-0.0114	0.0569	-0.0354	-0.0074	0.0813	0.0067	-0.0965	50.009	-20.1183	5.0232

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 5:150)	A	5 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 151:377)	A	151 - 377
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 378:585)	A	378 - 585
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 5:149)	B	5 - 149
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 150:307)	B	150 - 307
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 308:585)	B	308 - 585

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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