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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bpz | ||||||
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タイトル | Atomic-resolution structures of the APC/C subunits Apc4 and the Apc5 N-terminal domain | ||||||
要素 | Anapc5 protein | ||||||
キーワード | CELL CYCLE / Apc5 / APC/C / anaphase promoting complex | ||||||
機能・相同性 | Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / anaphase-promoting complex / Armadillo-type fold / cell cycle / cell division / Anaphase-promoting complex subunit 5 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.18 Å | ||||||
データ登録者 | Cronin, N. / Yang, J. / Zhang, Z. / Barford, D. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015 タイトル: Atomic-Resolution Structures of the APC/C Subunits Apc4 and the Apc5 N-Terminal Domain. 著者: Cronin, N.B. / Yang, J. / Zhang, Z. / Kulkarni, K. / Chang, L. / Yamano, H. / Barford, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5bpz.cif.gz | 73.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5bpz.ent.gz | 54.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5bpz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5bpz_validation.pdf.gz | 438 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5bpz_full_validation.pdf.gz | 437.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5bpz_validation.xml.gz | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5bpz_validation.cif.gz | 9.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/5bpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/5bpz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19453.600 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminus, UNP residues 1-162 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: anapc5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q0IH16 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 % / 解説: Blocks |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: The protein was concentrated to 3.4 mg/mL. Plate-like crystals were grown in a buffer containing 40 mM sodium propionate, 20 mM sodium cacodylate, 40 mM Bis-Tris propane (pH 7.0) and 25% ...詳細: The protein was concentrated to 3.4 mg/mL. Plate-like crystals were grown in a buffer containing 40 mM sodium propionate, 20 mM sodium cacodylate, 40 mM Bis-Tris propane (pH 7.0) and 25% PEG1500. Larger crystals were obtained by seeding. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.0081 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0081 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→63.63 Å / Num. all: 8213 / Num. obs: 8213 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 28.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.24 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.663 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 590 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.18→63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9353 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9208 / SU R Cruickshank DPI: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.303 / SU Rfree Blow DPI: 0.195 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.192
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原子変位パラメータ | Biso max: 145.33 Å2 / Biso mean: 59.49 Å2 / Biso min: 27.89 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.372 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.18→63 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.46 Å / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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