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- PDB-5bpv: Crystal Structure of Zaire ebolavirus VP35 RNA binding domain mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bpv
タイトルCrystal Structure of Zaire ebolavirus VP35 RNA binding domain mutant I278A
要素Polymerase cofactor VP35
キーワードVIRAL PROTEIN / Polymerase cofactor / Interferon inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / positive regulation of protein sumoylation / viral transcription / molecular sequestering activity / viral genome replication ...symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / positive regulation of protein sumoylation / viral transcription / molecular sequestering activity / viral genome replication / virion component / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of gene expression / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, helical subdomain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, helical subdomain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase cofactor VP35 / Polymerase cofactor VP35
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.952 Å
データ登録者Fadda, V. / Cannas, V. / Zinzula, L. / Distinto, S. / Daino, G.L. / Bianco, G. / Corona, A. / Esposito, F. / Alcaro, S. / Maccioni, E. ...Fadda, V. / Cannas, V. / Zinzula, L. / Distinto, S. / Daino, G.L. / Bianco, G. / Corona, A. / Esposito, F. / Alcaro, S. / Maccioni, E. / Tramontano, E. / Taylor, G.L.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Zaire ebolavirus VP35 RNA binding domain mutant I278A
著者: Fadda, V. / Cannas, V. / Zinzula, L. / Distinto, S. / Daino, G.L. / Bianco, G. / Corona, A. / Esposito, F. / Alcaro, S. / Maccioni, E. / Tramontano, E. / Taylor, G.L.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase cofactor VP35
B: Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3122
ポリマ－27,3122
非ポリマー00
水4,738263
1
A: Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6561
ポリマ－13,6561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6561
ポリマ－13,6561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.750, 65.660, 72.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Polymerase cofactor VP35


分子量: 13655.817 Da / 分子数: 2 / 断片: RNA binding domain, UNP residues 217-340 / 変異: I278A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
遺伝子: VP35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6V1Q9, UniProt: Q05127*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.952→48.522 Å / Num. all: 18397 / Num. obs: 18397 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 13.23 Å2 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.113 / Rsym value: 0.104 / Net I/av σ(I): 5.72 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 122680
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-2.065.20.2812.71376026540.1350.2814.899.7
2.06-2.186.80.2183.51702724910.090.2187.2100
2.18-2.336.90.1784.21640523630.0730.1788.4100
2.33-2.5270.1445.11542422080.0590.1449.8100
2.52-2.7670.1215.91425720340.0490.12111.3100
2.76-3.0970.0997.11301018610.040.09913.6100
3.09-3.5670.0738.81154216450.030.07318.7100
3.56-4.366.90.0678.4975214200.0270.06722.1100
4.36-6.176.80.0667.7762611170.0270.06620.1100
6.17-13.9056.40.0636.938776040.0270.06319.391.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FKE

3fke


解像度: 1.952→13.905 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2184 939 5.12 %
Rwork0.1802 17395 -
obs0.1821 18334 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.39 Å2 / Biso mean: 22.7715 Å2 / Biso min: 6.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.952→13.905 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1909 0 0 263 2172
Biso mean---28.02 -
残基数----247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071993
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.032710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.403764
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.952-2.05460.28541200.2242456257699
2.0546-2.18290.241530.193924152568100
2.1829-2.35070.21311490.183724362585100
2.3507-2.58590.2291230.187324742597100
2.5859-2.95690.22341300.184624812611100
2.9569-3.71360.20971460.166524972643100
3.7136-13.9050.18361180.163826362754100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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