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- PDB-5bp8: ent-Copalyl diphosphate synthase from Streptomyces platensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bp8
タイトルent-Copalyl diphosphate synthase from Streptomyces platensis
要素Ent-copalyl diphosphate synthase
キーワードISOMERASE / ent-copalyl diphosphate synthase / PtmT2 / structural genomics / APC109899 / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase - #160 / Squalene cyclase, C-terminal / Squalene-hopene cyclase C-terminal domain / : / PFTB repeat / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ent-copalyl diphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces platensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Rudolf, J.D. / Ma, M. / Chang, C.-Y. / Shen, B. / Joachimiak, A. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Structure of the ent-Copalyl Diphosphate Synthase PtmT2 from Streptomyces platensis CB00739, a Bacterial Type II Diterpene Synthase.
著者: Rudolf, J.D. / Dong, L.B. / Cao, H. / Hatzos-Skintges, C. / Osipiuk, J. / Endres, M. / Chang, C.Y. / Ma, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Phillips, G.N. / Shen, B.
履歴
登録2015年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22016年9月14日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ent-copalyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4367
ポリマ－54,8931
非ポリマー5426
水9,548530
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Ent-copalyl diphosphate synthase
ヘテロ分子

A: Ent-copalyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,87114
ポリマ－109,7862
非ポリマー1,08512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_444-x-2/3,-x+y-1/3,-z-1/31
Buried area3930 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area38200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.870, 132.870, 190.748
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1274-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ent-copalyl diphosphate synthase


分子量: 54893.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces platensis (バクテリア)
遺伝子: ptmT2 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A023VSF1
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris propane buffer, 5 mM magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月9日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 59533 / Num. obs: 59533 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.361 / Net I/av σ(I): 32.596 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 545528
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.835.40.635227490.7810.290.7020.70893.3
1.83-1.865.90.55628670.8250.2420.610.72296.8
1.86-1.96.60.47529590.8850.1940.5150.74999.4
1.9-1.947.90.41829310.930.1570.4470.775100
1.94-1.988.70.34230230.9620.1220.3630.799100
1.98-2.039.70.28629830.9760.0960.3020.837100
2.03-2.08100.23829470.9840.0790.2510.893100
2.08-2.13100.19429580.9890.0640.2040.945100
2.13-2.2100.16929920.9910.0560.1780.975100
2.2-2.27100.14429770.9930.0480.1521.054100
2.27-2.35100.12429790.9950.0410.1311.117100
2.35-2.44100.11129920.9950.0370.1171.182100
2.44-2.55100.09930230.9960.0330.1041.249100
2.55-2.69100.08429630.9970.0280.0891.372100
2.69-2.86100.07729980.9970.0250.0811.518100
2.86-3.08100.06429880.9980.0210.0681.633100
3.08-3.399.90.0630250.9980.020.0631.829100
3.39-3.889.80.05930100.9980.020.0621.79599.9
3.88-4.889.60.05430440.9980.0180.0572.02499.8
4.88-509.40.05331250.9980.0180.0563.96699

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→42.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.131 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1884 2990 5 %RANDOM
Rwork0.1564 ---
obs0.1579 56537 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.19 Å2 / Biso mean: 27.101 Å2 / Biso min: 13.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å2-0.29 Å20 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3---1.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→42.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3799 0 29 530 4358
Biso mean--41.18 36.89 -
残基数----515
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193969
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.421.9725454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82238409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.425528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.722.822163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.79315522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1271534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214595
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3242.0012073
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.32222072
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0532.9922593
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 219 -
Rwork0.239 3859 -
all-4078 -
obs--93.04 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.4477 Å / Origin y: -27.6468 Å / Origin z: -34.1819 Å
111213212223313233
T0.0526 Å20.0009 Å20.0112 Å2-0.0425 Å20.0022 Å2--0.005 Å2
L0.1043 °20.1532 °2-0.1285 °2-0.6644 °2-0.0733 °2--0.2327 °2
S-0.033 Å °-0.0342 Å °-0.0167 Å °-0.1128 Å °0.009 Å °-0.0179 Å °0.0091 Å °0.0285 Å °0.024 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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