PDB-5bp5: Crystal structure of HA17-HA33-IPT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bp5

タイトル

Crystal structure of HA17-HA33-IPT

要素

HA-17
HA-33

キーワード

PROTEIN BINDING / Botulinum neurotoxin A / Hemagglutinin / IPTG

機能・相同性

機能・相同性情報

Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / Toxicity of botulinum toxin type B (botB)
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Lee, K. / Lam, K. / Jin, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Toxicon / 年: 2015
タイトル: Inhibiting oral intoxication of botulinum neurotoxin A complex by carbohydrate receptor mimics.
著者: Lee, K. / Lam, K.H. / Kruel, A.M. / Mahrhold, S. / Perry, K. / Cheng, L.W. / Rummel, A. / Jin, R.

履歴

登録	2015年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list ...pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.6	2023年12月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bp5.cif.gz	162 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bp5.ent.gz	126.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bp5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5bp5_validation.pdf.gz	462.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bp5_full_validation.pdf.gz	471.3 KB	表示
XML形式データ	5bp5_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	5bp5_validation.cif.gz	39.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/5bp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/5bp5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5bquC 4lo0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lo7-4 4lo7-6 4lo1-d 5bqu-d 4lo2-d 4lo0-d 4lo3-d 3o4z-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: HA-33

C: HA-17

B: HA-33

ヘテロ分子

85.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.868, 118.928, 162.197
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

Trimer according to gel filtration

#1: タンパク質

HA-33 / HA-33 protein / HA33 / HA34 / Non-toxin haemagglutinin HA34

分子量: 34081.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: HA-33, ha33, ha34 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIL (DE3) / 参照: UniProt: Q45871

#2: タンパク質

HA-17 / HA-17 protein / HA17 / Ha17 protein / Non-toxin haemagglutinin HA17

分子量: 17069.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: ha17, HA-17 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIL (DE3) / 参照: UniProt: Q45878

#3: 糖

ChemComp-IPT / 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside / ISOPROPYL-1-BETA-D-THIOGALACTOSIDE / 1-(ISOPROPYLTHIO)-BETA-GALACTOPYRANSIDE / 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactoside / 1-methylethyl 1-thio-D-galactoside / 1-methylethyl 1-thio-galactoside / IPTG

タイプ: D-saccharide / 分子量: 238.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₈O₅S

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.93 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, 0.1 M magnesium chloride, 5% PEG 8000 / PH範囲: 6.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→47.95 Å / Num. obs: 53512 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 15.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.18→47.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 0.002 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.182
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2385	2711	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2268	-	-	-
obs	0.2274	50625	99.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.81 Å² / B_iso mean: 53.795 Å² / B_iso min: 26.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.18→47.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5842	0	30	171	6043
B_iso mean	-	-	31.92	51.85	-
残基数	-	-	-	-	713

LS精密化シェル

解像度: 2.18→2.236 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.392	202	-
R_work	0.359	3699	-
all	-	3901	-
obs	-	-	99.36 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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