PDB-5bmz: Crystal Structure of Putative MarR Family Transcriptional Regulat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bmz

タイトル

Crystal Structure of Putative MarR Family Transcriptional Regulator HcaR from Acinetobacter sp. ADP complexed with 24mer DNA.

要素

DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*C)-3')
HcaR protein

キーワード

TRANSCRIPTION / MarR / transcription factor / wHTH / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

response to stress / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baylyi (バクテリア)

Acinetobacter sp. ADP1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.001 Å

データ登録者

Kim, Y. / Joachimiak, G. / Biglow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative MarR Family Transcriptional Regulator HcaR from Acinetobacter sp. ADP complexed with 24mer DNA.
著者: Kim, Y. / Joachimiak, G. / Biglow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2015年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bmz.cif.gz	335.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bmz.ent.gz	286.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bmz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5bmz_validation.pdf.gz	481.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bmz_full_validation.pdf.gz	494.2 KB	表示
XML形式データ	5bmz_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	5bmz_validation.cif.gz	31.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/5bmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/5bmz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3k0l 4rgr 4rgs 4rgx
類似構造データ	3peu-d 6yz1-d 3pwn-2 1l2l-d 1qvo-2 5hgd-2 3pev-d 5na5-1 3vxn-d 3l3g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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TALエフェクター (TAL Effectors)
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インテグラーゼ (Integrase)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
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パルボウイルス (Parvoviruses)
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インテイン (Inteins)
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制限酵素 (Restriction Enzymes)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
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lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
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DNA (DNA)
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類似性 (1)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HcaR protein

B: HcaR protein

E: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*C)-3')

F: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*C)-3')

C: HcaR protein

D: HcaR protein

G: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*C)-3')

H: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*C)-3')

103 kDa, 8 ポリマー
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1

A: HcaR protein

B: HcaR protein

E: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*C)-3')

F: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*C)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 4 ポリマー
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2

C: HcaR protein

D: HcaR protein

G: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*C)-3')

H: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*C)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	161.965, 161.965, 73.827
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	HcaR protein / Repressor protein 分子量: 18366.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baylyi (strain ATCC 33305 / BD413 / ADP1) (バクテリア) 株: ATCC 33305 / BD413 / ADP1 / 遺伝子: hcaR, ACIAD1728 / プラスミド: pMCSG19C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: Q7X0D9
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPAPAPTPAPTPCPAPGPTPTPAPAPAPCPTPGPAPTPAPTPTPC)-3') 分子量: 7351.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Acinetobacter sp. ADP1* (バクテリア)

#1: タンパク質

HcaR protein / Repressor protein

分子量: 18366.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acinetobacter baylyi (strain ATCC 33305 / BD413 / ADP1) (バクテリア)
株: ATCC 33305 / BD413 / ADP1 / 遺伝子: hcaR, ACIAD1728 / プラスミド: pMCSG19C / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: Q7X0D9

#2: DNA鎖

DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*C)-3')

分子量: 7351.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Acinetobacter sp. ADP1 (バクテリア)

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate pH 5.5, 40 % v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.02 M Hexammine cobalt(III) chloride

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID	1	0.97924
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.9794
シンクロトロン	APS	19-ID	3	0.97159

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2013年6月2日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2013年6月2日
ADSC QUANTUM 315r	3	CCD	2013年6月2日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	double crystal monochromator	MAD	M	x-ray	1
2	double crystal monochromator	MAD	M	x-ray	2
3	double crystal monochromator	MAD	M	x-ray	3

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97924	1
2	0.9794	1
3	0.97159	1

反射

解像度: 3→50 Å / Num. all: 22173 / Num. obs: 22173 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 90.18 Å² / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 31.5

反射シェル

解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	dev_1839	精密化
REFMAC		精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.001→38.903 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 42.32 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2939	992	4.72 %	random
R_work	0.2524	-	-	-
obs	0.2545	21002	94.05 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 173.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.001→38.903 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4364	1888	0	0	6252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6540
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.696	9252
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.656	2612
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	1092
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	864

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0007-3.1588	0.4467	133	0.4597	2383	X-RAY DIFFRACTION	80
3.1588-3.3566	0.347	139	0.3446	2676	X-RAY DIFFRACTION	88
3.3566-3.6156	0.3688	141	0.3126	2785	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6156-3.9791	0.315	142	0.277	2978	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9791-4.5541	0.2862	131	0.2488	3050	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5541-5.7348	0.2943	134	0.2753	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7348-38.906	0.2677	172	0.2106	3080	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0454	0.0549	-0.0421	0.0812	-0.0472	0.0485	-1.2136	-0.5029	-0.55	0.5531	-1.3793	-0.8862	-0.1414	0.7055	0.0091	1.0748	-0.163	0.0858	1.6346	-0.0233	1.3927	40.8828	37.3609	11.7789
2	3.0856	-0.6786	1.9317	0.7118	-0.557	1.1759	0.5581	-2.1522	0.14	0.2574	-0.294	-0.2453	-0.9166	-1.1869	0.0025	1.7571	-0.9391	0.0782	0.025	-0.3654	0.5009	20.2898	39.6411	10.5763
3	0.9158	-0.2087	-0.6534	0.425	0.2911	2.15	0.0216	0.3262	0.2289	-0.0863	-0.6841	1.3317	-0.9664	-1.9495	-0.0274	1.6065	-0.4061	0.0715	0.9527	0.0248	0.7545	11.3843	41.8028	-5.1649
4	0.285	-0.2511	0.2286	0.6518	0.2432	0.5662	0.8843	-0.4577	0.4798	-0.9591	-0.5556	0.2675	-0.5165	0.27	-0.0011	1.0174	-0.222	-0.0376	0.927	-0.1353	0.7195	12.6441	33.2117	-8.4319
5	0.0138	0.0109	0.0201	0.0379	-0.0128	0.0632	0.2317	0.9083	0.5707	-1.3378	-0.5679	1.5428	-0.0968	-0.604	-0.0054	1.3848	0.1047	-0.4351	1.1458	0.2288	1.5077	2.3406	40.3115	-10.0734
6	0.75	0.5294	0.7643	0.3837	0.552	0.7774	0.3684	3.0468	0.2424	0.1114	-0.5991	-2.0967	-0.031	1.2147	-0.0381	1.5778	0.3281	-0.187	1.7073	0.0193	1.1039	8.1653	38.3812	-19.694
7	1.0823	0.8595	-0.392	0.6888	-0.3398	0.1773	1.7068	-0.0951	1.8076	0.8556	-1.0444	1.8671	-2.0336	-0.5071	0.129	1.6789	0.0289	0.1066	1.0399	-0.1023	0.7594	12.7881	50.2454	4.5546
8	0.8176	-0.7367	0.2983	1.0814	0.4107	1.2756	-0.4398	0.1819	-0.5971	-1.2163	-1.8346	0.838	-0.3794	0.1473	-0.1876	1.548	-0.5477	0.4701	1.2245	0.2984	1.4028	32.064	47.3739	-0.1701
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 17 )
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7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 105 through 126 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 127 through 150 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 12 through 84 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 85 through 94 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 95 through 123 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 124 through 150 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid -11 through -7 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid -6 through -2 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid -1 through 3 )
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21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 9 through 11 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 12 through 17 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 18 through 39 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 40 through 54 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 55 through 59 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 60 through 70 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 71 through 82 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 83 through 91 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resid 92 through 98 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'C' and (resid 99 through 124 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'C' and (resid 125 through 150 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 12 through 39 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 40 through 83 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 84 through 90 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 91 through 150 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid -11 through -7 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid -6 through 3 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 4 through 8 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 9 through 11 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid -11 through -7 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid -6 through 3 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 4 through 11 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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