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- PDB-5bkh: The splicing activity and an alternative domain-swapped structure... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bkh
タイトルThe splicing activity and an alternative domain-swapped structure of the Pyrococcus horikoshii PolII mini-intein
要素DNA polymerase II large subunit
キーワードHYDROLASE / Intein
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease I / intein-mediated protein splicing / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / : / : / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / DNA polymerase II large subunit DP2, central domain / DNA polymerase II large subunit DP2, catalytic domain / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. ...DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / : / : / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / DNA polymerase II large subunit DP2, central domain / DNA polymerase II large subunit DP2, catalytic domain / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / HNH nuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase II large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Li, Z. / Li, H.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1517138 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI140726 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI141178 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA206592 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM132817 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: An alternative domain-swapped structure of the Pyrococcus horikoshii PolII mini-intein.
著者: Williams, J.E. / Jaramillo, M.V. / Li, Z. / Zhao, J. / Wang, C. / Li, H. / Mills, K.V.
履歴
登録2021年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase II large subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6801
ポリマ－21,6801
非ポリマー00
水43224
1
A: DNA polymerase II large subunit
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,0786
ポリマ－130,0786
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
Buried area13580 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area49080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.931, 128.931, 79.251
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-219-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase II large subunit / Pol II / Exodeoxyribonuclease large subunit


分子量: 21679.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: polC, PH0121 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O57861, DNA-directed DNA polymerase, exodeoxyribonuclease I
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris HCl, pH 8.5, with 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium chloride, and 1% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 16787 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 57.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 227296
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.27-2.3112.98390.6760.4350.83393.5
2.31-2.3513.58400.7370.40.84893
2.35-2.413.48400.7780.3340.8392.6
2.4-2.4513.58380.7810.3130.84693.3
2.45-2.513.58310.8690.2420.88592.70.8840.918
2.5-2.5613.68370.9010.2010.84692.60.7350.762
2.56-2.6213.58390.9070.1780.85992.60.6440.67
2.62-2.6913.68450.960.1190.89792.50.4350.451
2.69-2.7713.78160.9620.1080.88691.30.3950.41
2.77-2.8613.78380.9860.0750.928920.2740.285
2.86-2.9613.78440.9890.0641.00991.30.2340.243
2.96-3.0813.78310.990.0481.06491.20.1760.183
3.08-3.2213.78350.9950.0371.14591.10.1370.142
3.22-3.3913.88330.9970.0281.25690.60.1030.107
3.39-3.613.68410.9980.0221.271900.0810.084
3.6-3.8813.78260.9990.0181.27589.90.0670.069
3.88-4.2713.78360.9990.0171.61389.40.0640.067
4.27-4.8913.78410.9990.0141.43888.30.0520.053
4.89-6.1613.684110.0111.00187.40.040.042
6.16-5012.889610.0090.72585.10.0320.033

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIXv1.19精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.43→42.2 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2744 1366 10.01 %
Rwork0.2392 12285 -
obs0.2426 13651 90.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.77 Å2 / Biso mean: 65.2142 Å2 / Biso min: 27.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.43→42.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1394 0 0 24 1418
Biso mean---61.67 -
残基数----170
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.43-2.520.441300.39651163129388
2.52-2.620.4131370.34881235137293
2.62-2.740.31741370.29621230136792
2.74-2.880.31991350.30361221135692
2.88-3.060.34781370.31941228136591
3.06-3.30.37531370.27131242137991
3.3-3.630.32771350.26731213134890
3.63-4.150.25341370.23261231136890
4.15-5.230.19931380.16911236137489
5.23-42.20.22781430.21041286142986

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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