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万見
- PDB-5bj3: THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bj3
タイトルTHERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 1
要素PROTEIN (ASPARTATE AMINOTRANSFERASE)
キーワードTRANSFERASE / AMINOTRANSFERASE / PYRIDOXAL ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate-prephenate aminotransferase / aspartate-prephenate aminotransferase activity / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / amino acid metabolic process / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...: / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aspartate/prephenate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ura, H. / Nakai, T. / Kawaguchi, S.I. / Miyahara, I. / Hirotsu, K. / Kuramitsu, S.
引用ジャーナル: J.BIOCHEM.(TOKYO) / 年: 2001
タイトル: Substrate recognition mechanism of thermophilic dual-substrate enzyme
著者: Ura, H. / Nakai, T. / Kawaguchi, S.I. / Miyahara, I. / Hirotsu, K. / Kuramitsu, S.
履歴
登録1999年1月11日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ASPARTATE AMINOTRANSFERASE)
B: PROTEIN (ASPARTATE AMINOTRANSFERASE)
C: PROTEIN (ASPARTATE AMINOTRANSFERASE)
D: PROTEIN (ASPARTATE AMINOTRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,6088
ポリマ－168,6204
非ポリマー9894
水5,999333
1
A: PROTEIN (ASPARTATE AMINOTRANSFERASE)
B: PROTEIN (ASPARTATE AMINOTRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8044
ポリマ－84,3102
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
2
C: PROTEIN (ASPARTATE AMINOTRANSFERASE)
D: PROTEIN (ASPARTATE AMINOTRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8044
ポリマ－84,3102
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.440, 62.250, 154.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (ASPARTATE AMINOTRANSFERASE) / E.C.2.6.1.1 TRANSFERASE


分子量: 42154.969 Da / 分子数: 4 / 変異: S14D,T16P,K101S,S261R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 株: HB8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AB1157 / 参照: UniProt: Q56232, aspartate transaminase
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
結晶化pH: 4.3 / 詳細: CRYSTALLIZED FROM 30MM AMMONIUM PHOSPHATE, PH 4.3

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月15日 / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 77082 / % possible obs: 78.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 26.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2→2.28 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 61.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BJW

1bjw


解像度: 2.2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.0028 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 7454 10 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 74025 77.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11228 0 60 333 11621
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.331.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.272
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.942
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it8.852.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS / Rms dev Biso : 3.17 Å2 / Rms dev position: 0.076 Å / Weight Biso : 1 / Weight position: 500
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3112 710 10 %
Rwork0.2816 6487 -
obs--60.53 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.PLPTOPHCSDX.PRO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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