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- PDB-5b8f: X-ray Crystal Structure of a 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodip... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b8f
タイトルX-ray Crystal Structure of a 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase from Pseudomonas aeruginosa
要素2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
キーワードLYASE / SSGCID / Psuedomonas aeruginosa / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: X-ray Crystal Structure of a 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase from Pseudomonas aeruginosa
著者: SSGCID / Fairman, J.W. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,30814
ポリマ－52,7673
非ポリマー1,54111
水10,611589
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9040 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.560, 100.210, 54.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECPS


分子量: 17589.127 Da / 分子数: 3 / 断片: PsaeA.01620.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: ispF, PA3627 / プラスミド: PsaeA.01620.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P57708, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

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非ポリマー , 5種, 600分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus C12: 12.5% PEG-1000, 12.5% PEG-3350, 12.5% MPD, 0.1M Bicine/Trizma base, pH=8.5, 0.03M each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月25日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 79313 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.31 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 1.028 / Net I/σ(I): 23.44 / Num. measured all: 579986
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.45-1.490.8990.53.6341576579157920.538100
1.49-1.530.9280.3984.6841426566556650.429100
1.53-1.570.9540.3115.9640271549354920.335100
1.57-1.620.9680.2647.0139309535553550.284100
1.62-1.670.9780.2158.6838180518451840.231100
1.67-1.730.9840.17810.5536790499549920.19299.9
1.73-1.80.9910.13513.8635891486548640.145100
1.8-1.870.9930.11416.3834490467246710.123100
1.87-1.960.9960.08721.2133243450345020.094100
1.96-2.050.9980.06826.5431557427342710.073100
2.05-2.160.9980.05631.6930274410641060.06100
2.16-2.290.9980.0534.9328639388838870.054100
2.29-2.450.9990.04637.9626888364836470.049100
2.45-2.650.9990.04141.8925070341734160.044100
2.65-2.90.9990.03546.823117315031490.038100
2.9-3.240.9990.0352.7621008288028810.032100
3.24-3.740.9990.02658.1818339253425340.028100
3.74-4.5910.02361.7415691219321920.025100
4.59-6.4810.02360.7212018171317120.02599.9
6.48-500.9990.02357.636209101310010.02598.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSdata processing
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GX1

1gx1


解像度: 1.45→36.981 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1692 3926 4.95 %RANDOM
Rwork0.138 75361 --
obs0.1395 79287 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 62.94 Å2 / Biso mean: 18.3779 Å2 / Biso min: 7.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→36.981 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3547 0 94 589 4230
Biso mean--26.13 29.97 -
残基数----481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013829
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2535238
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066606
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006677
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8251376
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.46760.20471420.158226502792100
1.4676-1.48620.17681380.148426662804100
1.4862-1.50580.19751370.147126342771100
1.5058-1.52640.20611300.136226872817100
1.5264-1.54820.19291450.13426442789100
1.5482-1.57130.17221510.127926692820100
1.5713-1.59590.17761280.127226432771100
1.5959-1.6220.16151600.121226602820100
1.622-1.650.19831490.12426692818100
1.65-1.680.17311410.126426612802100
1.68-1.71230.17631410.128626582799100
1.7123-1.74730.17371280.126326762804100
1.7473-1.78530.18191350.121226742809100
1.7853-1.82680.18481640.129326652829100
1.8268-1.87250.15781380.126326672805100
1.8725-1.92310.18981190.131226892808100
1.9231-1.97970.17241170.131427032820100
1.9797-2.04360.15991450.128226852830100
2.0436-2.11660.16031430.120827072850100
2.1166-2.20130.1551590.12326422801100
2.2013-2.30150.14971280.129927182846100
2.3015-2.42280.1621280.138527042832100
2.4228-2.57460.16691660.143726962862100
2.5746-2.77330.1821410.152627292870100
2.7733-3.05230.19161250.154227442869100
3.0523-3.49370.17591550.141827342889100
3.4937-4.40050.1511340.132927882922100
4.4005-36.99330.15421390.16062899303899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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