PDB-5b6p: Structure of the dodecameric type-II dehydrogenate dehydratase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b6p

タイトル

Structure of the dodecameric type-II dehydrogenate dehydratase from Acinetobacter baumannii at 2.00 A resolution

要素

3-dehydroquinate dehydratase

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kumar, M. / Iqbal, N. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2017
タイトル: Binding studies and structure determination of the recombinantly produced type-II 3-dehydroquinate dehydratase from Acinetobacter baumannii.
著者: Iqbal, N. / Kumar, M. / Sharma, P. / Yadav, S.P. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2016年5月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2016年9月7日	ID: 5IBA
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b6p.cif.gz	352.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b6p.ent.gz	287.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5b6p_validation.pdf.gz	532.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5b6p_full_validation.pdf.gz	563.4 KB	表示
XML形式データ	5b6p_validation.xml.gz	70.8 KB	表示
CIF形式データ	5b6p_validation.cif.gz	97.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/5b6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/5b6p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lwzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zc1-d 5yhm-d 5wrf-d 5ypq-d 4rhc-d 5x47-d 1gu0-d 5yl5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (6)

登録構造単位

A: 3-dehydroquinate dehydratase

B: 3-dehydroquinate dehydratase

C: 3-dehydroquinate dehydratase

D: 3-dehydroquinate dehydratase

E: 3-dehydroquinate dehydratase

F: 3-dehydroquinate dehydratase

G: 3-dehydroquinate dehydratase

H: 3-dehydroquinate dehydratase

I: 3-dehydroquinate dehydratase

J: 3-dehydroquinate dehydratase

K: 3-dehydroquinate dehydratase

L: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

199 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.284, 95.279, 132.263
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.73, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 147 / Label seq-ID: 3 - 147

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type II DHQase 分子量: 16516.803 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 遺伝子: aroQ, A1S_2009 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3M692, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 769 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30% PEG 3350, MgSO4, Tris buffer, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月8日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→131.6 Å / Num. obs: 129427 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 22.8 Å² / R_sym value: 0.09 / Net I/av σ(I): 31 / Net I/σ(I): 31
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LWZ

3lwz

解像度: 2→131.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 4.149 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23215	1588	1.2 %	RANDOM
R_work	0.20059	-	-	-
obs	0.20098	129427	96.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.142 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.63 Å²	-0 Å²	-0.09 Å²
2-	-	0.09 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→131.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13452	0	60	769	14281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	13763
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.016	0.02	13488
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.909	1.951	18729
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.482	3	30851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.262	5	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.781	24.314	612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.775	15	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.453	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.157	0.2	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	15605
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	3179
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.052	2.667	6947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.047	2.667	6946
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.625	3.977	8661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.625	3.978	8662
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.563	3.132	6816
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.56	3.133	6813
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.547	4.555	10063
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.812	22.433	15814
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.811	22.428	15803
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	17700	0.1
1	2	B	17700	0.1
2	1	A	17560	0.11
2	2	C	17560	0.11
3	1	A	17746	0.11
3	2	D	17746	0.11
4	1	A	17638	0.11
4	2	E	17638	0.11
5	1	A	17992	0.11
5	2	F	17992	0.11
6	1	A	17764	0.1
6	2	G	17764	0.1
7	1	A	17572	0.11
7	2	H	17572	0.11
8	1	A	17512	0.1
8	2	I	17512	0.1
9	1	A	17410	0.12
9	2	J	17410	0.12
10	1	A	17770	0.11
10	2	K	17770	0.11
11	1	A	17576	0.1
11	2	L	17576	0.1
12	1	B	17530	0.11
12	2	C	17530	0.11
13	1	B	17492	0.1
13	2	D	17492	0.1
14	1	B	17804	0.1
14	2	E	17804	0.1
15	1	B	17726	0.11
15	2	F	17726	0.11
16	1	B	17650	0.1
16	2	G	17650	0.1
17	1	B	17592	0.1
17	2	H	17592	0.1
18	1	B	17610	0.1
18	2	I	17610	0.1
19	1	B	17568	0.11
19	2	J	17568	0.11
20	1	B	17892	0.1
20	2	K	17892	0.1
21	1	B	17584	0.1
21	2	L	17584	0.1
22	1	C	17378	0.11
22	2	D	17378	0.11
23	1	C	17554	0.11
23	2	E	17554	0.11
24	1	C	17716	0.11
24	2	F	17716	0.11
25	1	C	17454	0.12
25	2	G	17454	0.12
26	1	C	17338	0.12
26	2	H	17338	0.12
27	1	C	17466	0.12
27	2	I	17466	0.12
28	1	C	17372	0.13
28	2	J	17372	0.13
29	1	C	17504	0.12
29	2	K	17504	0.12
30	1	C	17660	0.11
30	2	L	17660	0.11
31	1	D	17674	0.1
31	2	E	17674	0.1
32	1	D	17866	0.1
32	2	F	17866	0.1
33	1	D	17842	0.09
33	2	G	17842	0.09
34	1	D	17852	0.09
34	2	H	17852	0.09
35	1	D	17468	0.11
35	2	I	17468	0.11
36	1	D	17258	0.12
36	2	J	17258	0.12
37	1	D	17678	0.11
37	2	K	17678	0.11
38	1	D	17808	0.09
38	2	L	17808	0.09
39	1	E	17790	0.11
39	2	F	17790	0.11
40	1	E	17594	0.11
40	2	G	17594	0.11
41	1	E	17730	0.1
41	2	H	17730	0.1
42	1	E	17630	0.1
42	2	I	17630	0.1
43	1	E	17546	0.12
43	2	J	17546	0.12
44	1	E	17944	0.1
44	2	K	17944	0.1
45	1	E	17746	0.1
45	2	L	17746	0.1
46	1	F	17774	0.1
46	2	G	17774	0.1
47	1	F	17786	0.1
47	2	H	17786	0.1
48	1	F	17520	0.11
48	2	I	17520	0.11
49	1	F	17466	0.12
49	2	J	17466	0.12
50	1	F	17916	0.1
50	2	K	17916	0.1
51	1	F	17830	0.1
51	2	L	17830	0.1
52	1	G	17944	0.09
52	2	H	17944	0.09
53	1	G	17850	0.1
53	2	I	17850	0.1
54	1	G	17676	0.12
54	2	J	17676	0.12
55	1	G	17750	0.1
55	2	K	17750	0.1
56	1	G	17926	0.09
56	2	L	17926	0.09
57	1	H	17572	0.1
57	2	I	17572	0.1
58	1	H	17336	0.12
58	2	J	17336	0.12
59	1	H	17594	0.11
59	2	K	17594	0.11
60	1	H	17838	0.09
60	2	L	17838	0.09
61	1	I	17518	0.12
61	2	J	17518	0.12
62	1	I	17764	0.1
62	2	K	17764	0.1
63	1	I	17876	0.1
63	2	L	17876	0.1
64	1	J	17702	0.11
64	2	K	17702	0.11
65	1	J	17602	0.12
65	2	L	17602	0.12
66	1	K	17680	0.1
66	2	L	17680	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.005→2.057 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	108	-
R_work	0.205	9595	-
obs	-	-	97.11 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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