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- PDB-5b6m: Crystal structure of human peroxiredoxin 6 in reduced state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b6m
タイトルCrystal structure of human peroxiredoxin 6 in reduced state
要素Peroxiredoxin-6
キーワードOXIDOREDUCTASE / Prx6 / 1-Cys Prx / Catalytic site / Oxidation / Reduction
機能・相同性
機能・相同性情報


1-acylglycerophosphocholine O-acyltransferase / 1-acylglycerophosphocholine O-acyltransferase activity / glycerophospholipid catabolic process / glutathione-dependent peroxiredoxin / calcium-independent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 activity / peroxiredoxin activity / glutathione peroxidase activity / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / phospholipase A2 ...1-acylglycerophosphocholine O-acyltransferase / 1-acylglycerophosphocholine O-acyltransferase activity / glycerophospholipid catabolic process / glutathione-dependent peroxiredoxin / calcium-independent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 activity / peroxiredoxin activity / glutathione peroxidase activity / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / phospholipase A2 / cellular oxidant detoxification / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / azurophil granule lumen / response to oxidative stress / cadherin binding / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 / Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 / 1-Cys peroxiredoxin / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain ...Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 / Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 / 1-Cys peroxiredoxin / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.496 Å
データ登録者Kim, K.H. / Lee, W.T. / Kim, E.E.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science, ICT and Future Planning of KoreaNRF 20110021713 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of human peroxiredoxin 6 in different oxidation states
著者: Kim, K.H. / Lee, W.T. / Kim, E.E.
履歴
登録2016年5月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin-6
B: Peroxiredoxin-6
C: Peroxiredoxin-6
D: Peroxiredoxin-6
E: Peroxiredoxin-6
F: Peroxiredoxin-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,4086
ポリマ－150,4086
非ポリマー00
水2,234124
1
A: Peroxiredoxin-6
B: Peroxiredoxin-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1362
ポリマ－50,1362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18120 Å2
手法PISA
2
C: Peroxiredoxin-6
D: Peroxiredoxin-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1362
ポリマ－50,1362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
3
E: Peroxiredoxin-6
F: Peroxiredoxin-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1362
ポリマ－50,1362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.353, 106.349, 165.504
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Peroxiredoxin-6


分子量: 25067.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDX6, AOP2, KIAA0106
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: P30041, peroxiredoxin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM magnesium formate, 18% polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.496→50 Å / Num. obs: 58546 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 9.1 % / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V2G

2v2g


解像度: 2.496→37.893 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 31.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2896 2000 3.46 %
Rwork0.2331 --
obs0.235 57818 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.496→37.893 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10361 0 0 124 10485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30714403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1194018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0831633
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071858
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4964-2.55890.3931330.34313732X-RAY DIFFRACTION94
2.5589-2.6280.36491410.32833932X-RAY DIFFRACTION98
2.628-2.70530.36191400.29763884X-RAY DIFFRACTION98
2.7053-2.79260.3591410.27533936X-RAY DIFFRACTION98
2.7926-2.89240.34441410.27173928X-RAY DIFFRACTION99
2.8924-3.00820.32771410.27793958X-RAY DIFFRACTION99
3.0082-3.1450.32271430.28083987X-RAY DIFFRACTION99
3.145-3.31070.39521430.27333998X-RAY DIFFRACTION100
3.3107-3.5180.30641450.25664014X-RAY DIFFRACTION100
3.518-3.78940.3011430.23894017X-RAY DIFFRACTION99
3.7894-4.17030.30061440.22484031X-RAY DIFFRACTION100
4.1703-4.77280.26081460.19214064X-RAY DIFFRACTION100
4.7728-6.00930.25341470.21514104X-RAY DIFFRACTION100
6.0093-37.8970.21081520.18124233X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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