PDB-5b1k: Crystal structure of the chloride-bound form of blue copper nitri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b1k

タイトル

Crystal structure of the chloride-bound form of blue copper nitrite reductase

要素

Copper-containing nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / copper nitrite reductase / chloride ion

機能・相同性

機能・相同性情報

denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Alcaligenes xylosoxydans xylosoxydans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Nojiri, M.

引用

Book title: Metalloenzymes in denitrification: Applications and Environmental impacts
ジャーナル: Metalloenzymes in denitrification: Applications and Environmental impacts
年: 2016
タイトル: Structure and function of copper nitrite reductase
著者: Nojiri, M.

履歴

登録	2015年12月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b1k.cif.gz	156.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b1k.ent.gz	122.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b1k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5b1k_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5b1k_full_validation.pdf.gz	429 KB	表示
XML形式データ	5b1k_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	5b1k_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/5b1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/5b1k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5b1j
類似構造データ	2vm4-1 1bq5-1 1wa2-1 2jfc-1 2jfc-2 1oe2-1 2xwz-2 2xxg-1 1gs8-1 2ppa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

37.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.703, 104.703, 63.073
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-798- HOH

#1: タンパク質	Copper-containing nitrite reductase / Dissimilatory copper-containing nitrite reductase / Nitrite Reductase (NiR) 分子量: 36667.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alcaligenes xylosoxydans xylosoxydans (バクテリア) 遺伝子: nir, nirK, ERS451415_02178 / プラスミド: pET23c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: O68601, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: PEG 3350, Sodium Chloride, Magnesium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→90.5 Å / Num. obs: 86291 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Net I/σ(I): 29.1
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 1.35→90.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.856 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17287	3847	5 %	RANDOM
R_work	0.14949	-	-	-
obs	0.15063	73010	88.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.897 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.01 Å²	-0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.35→90.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2555	0	29	299	2883

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.202	1.958	3626
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.899	3	5896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.863	5	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.171	24.495	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.56	15	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.765	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2999
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	584
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.428	1.838	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.428	1.836	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.885	2.762	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.884	2.764	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.454	2.071	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.454	2.071	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.83	2.984	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.199	15.866	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.763	15.151	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.095	3	5218
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	39.227	5	87
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	11.048	5	5361

LS精密化シェル

解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	49	-
R_work	0.208	848	-
obs	-	-	14.07 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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