PDB-5azd: Crystal structure of thermophilic rhodopsin.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5azd

タイトル

Crystal structure of thermophilic rhodopsin.

要素

Bacteriorhodopsin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / Retinal / Ion pump / Thermal stability

機能・相同性

機能・相同性情報

monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus JL-18 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Mizutani, K. / Hashimoto, N. / Tsukamoto, T. / Yamashita, K. / Yamamoto, M. / Sudo, Y. / Murata, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray crystallographic structure of thermophilic rhodopsin: implications for high thermal stability and optogenetic availability.
著者: Tsukamoto, T. / Mizutani, K. / Hasegawa, T. / Takahashi, M. / Hashimoto, N. / Shimono, K. / Yamashita, K. / Yamamoto, M. / Miyauchi, S. / Takagi, S. / Hayashi, S. / Sudo, Y. / Murata, T.

履歴

登録	2015年9月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5azd.cif.gz	398.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5azd.ent.gz	331.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5azd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5azd_validation.pdf.gz	468.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5azd_full_validation.pdf.gz	482.7 KB	表示
XML形式データ	5azd_validation.xml.gz	35.6 KB	表示
CIF形式データ	5azd_validation.cif.gz	47 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/5azd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/5azd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ddlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5b2n-d 2rin-1 5ztk-d 5ztl-d 6jy6-d 2rf1-2 2reg-2 7crj-d 5fjg-d 5jrf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (5) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Bacteriorhodopsin

B: Bacteriorhodopsin

C: Bacteriorhodopsin

D: Bacteriorhodopsin

121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacteriorhodopsin

登録者が定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Bacteriorhodopsin

登録者が定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Bacteriorhodopsin

登録者が定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Bacteriorhodopsin

登録者が定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
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5

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.186, 67.693, 73.045
Angle α, β, γ (deg.)	116.48, 114.14, 90.82
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Bacteriorhodopsin / thermophilic rhodopsin 分子量: 30307.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus JL-18 (バクテリア) 遺伝子: TtJL18_1346 / プラスミド: pKI81 / 詳細 (発現宿主): pBAD derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H9ZSC3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Bacteriorhodopsin / thermophilic rhodopsin

分子量: 30307.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus thermophilus JL-18 (バクテリア)
遺伝子: TtJL18_1346 / プラスミド: pKI81 / 詳細 (発現宿主): pBAD derivative / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H9ZSC3

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.28 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 3.6 / 詳細: 100mM sodium citrate pH3.6, 34% PEG 400 (v/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月30日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→46.52 Å / Num. all: 22129 / Num. obs: 22122 / % possible obs: 93.19 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 37.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.1192 / Net I/σ(I): 6.26
反射シェル	解像度: 2.796→2.896 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.4538 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / % possible all: 89.08

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
XDS		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DDL

3ddl

解像度: 2.8→46.519 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 29.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2777	1123	5.1 %	Random selection
R_work	0.2284	-	-	-
obs	0.2311	22039	93.31 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.519 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7898	0	0	2	7900

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8134
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.737	11139
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.765	4788
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	1281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1337

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8002-2.9276	0.3056	138	0.2784	2615	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9276-3.0819	0.3478	144	0.2789	2699	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0819-3.275	0.3059	116	0.2563	2739	X-RAY DIFFRACTION	96
3.275-3.5277	0.3097	151	0.245	2726	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5277-3.8826	0.2773	160	0.222	2671	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8826-4.444	0.261	138	0.2068	2579	X-RAY DIFFRACTION	95
4.444-5.5975	0.2769	127	0.2068	2231	X-RAY DIFFRACTION	96
5.5975-46.5254	0.2165	149	0.2009	2656	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6097	-0.9497	0.4498	3.6429	0.0776	0.6379	-0.1346	-0.102	0.0644	0.5751	0.2755	-0.1893	0.2815	0.1858	-0.1796	0.3331	0.0697	0.0065	0.3164	0.0215	0.1387	17.3065	-69.082	26.4154
2	2.3432	1.8189	1.7585	3.6419	-0.2035	3.6825	0.0823	-0.8785	-0.327	0.2101	0.3416	-0.7155	-0.3296	0.8565	-0.7787	0.5231	-0.0529	-0.0602	0.3776	-0.1755	0.4546	15.9685	-50.5628	35.0529
3	2.4649	1.735	1.4664	2.9883	0.0889	1.4399	-0.3106	0.4504	0.0263	0.2269	0.2614	-0.2661	0.1103	0.423	0.144	0.2882	0.115	-0.0229	0.4012	-0.105	0.3523	33.0501	-70.8031	13.8785
4	0.3709	0.0025	0.3687	1.4637	0.214	0.7979	-0.0483	0.1155	0.0399	0.0195	-0.0069	-0.0953	0.131	-0.0297	0.0097	0.2799	-0.0217	0.0702	0.2963	-0.0783	0.2895	24.3111	-66.785	9.7893
5	0.3942	-0.9642	0.2806	3.3173	0.8541	2.0166	-0.1533	-0.0813	-0.035	0.5672	0.2525	0.0262	0.1341	0.2153	-0.086	0.2184	-0.0173	0.0777	0.2931	-0.0278	0.2597	48.1048	-66.6138	26.567
6	2.9976	-0.3725	1.65	4.0889	-1.5041	2.1474	-0.201	0.4016	-0.1004	0.7998	0.0474	-1.0532	0.0778	0.9276	0.208	0.459	-0.2318	0.1207	0.6047	-0.2076	0.7628	54.5617	-53.1947	32.1228
7	4.9257	-0.6435	-1.2212	0.908	-1.2151	3.0217	-0.0805	-0.189	-0.0421	-0.3224	-0.212	-0.1276	-0.3645	0.6427	0.0112	0.2722	0.0681	0.05	0.3934	-0.0183	0.219	60.8098	-72.3496	13.1236
8	2.1865	0.106	0.451	1.8545	-1.0912	0.7499	-0.0425	0.1242	-0.0548	-0.2785	-0.0432	-0.3089	0.1022	0.3621	0.0823	0.3055	0.0113	0.0746	0.4872	0.0896	0.2598	63.6724	-64.5924	5.6891
9	1.1784	-0.7911	0.4489	1.3719	-1.4337	1.9627	0.0004	0.1436	0.0561	0.0068	0.031	-0.0421	0.3743	0.0623	-0.0306	0.2777	-0.0735	-0.0202	0.2467	-0.0436	0.2729	50.1834	-67.0353	11.1068
10	1.0479	1.4728	1.3418	3.6938	1.5031	3.1488	-0.1694	0.0426	0.0596	-0.4264	0.1093	0.3995	-0.6519	0.1484	0.1039	0.2927	0.004	0.055	0.2196	-0.015	0.2999	8.9963	-73.5344	37.6513
11	0.109	0.2199	0.4651	0.4617	0.7338	4.5567	-0.4743	0.1906	-0.3094	0.2534	-0.0414	0.7341	-0.1723	-0.1747	0.1153	0.6056	-0.013	0.3378	0.4706	-0.131	0.6864	2.8221	-61.957	46.718
12	1.3152	0.1132	-0.6167	0.7723	0.3594	4.1794	-0.1544	-0.0755	-0.1637	0.1293	0.3722	-0.3025	0.4607	-0.856	-0.1657	0.3005	-0.0298	-0.0108	0.428	0.0567	0.3782	-5.8152	-89.2232	47.7471
13	1.1255	0.1957	0.4422	1.2897	-0.7972	2.2101	-0.037	-0.0746	-0.1265	-0.203	0.1346	0.0288	0.1684	0.073	0.0095	0.2746	0.0029	0.0387	0.2701	0.0341	0.3487	7.0249	-87.298	44.7027
14	0.496	0.5366	0.4967	2.722	1.451	1.7573	-0.2621	0.0258	0.1073	-0.2792	0.1545	0.6556	0.0151	0.0569	0.0883	0.3104	-0.0557	-0.0802	0.2455	0.0932	0.3205	40.58	-73.2905	36.7331
15	0.0817	0.0875	0.6534	0.0933	0.6998	5.2289	0.0965	0.0315	-0.2186	0.3963	-0.0798	0.7967	0.0165	-1.5606	0.3282	0.2635	-0.0076	0.1321	0.6282	0.1376	0.7994	35.1427	-59.8743	46.3313
16	1.4567	-1.3971	-2.1246	2.2762	1.5312	3.1855	-0.2349	-0.2496	-0.1239	-0.2594	0.0839	0.56	-0.2309	0.0336	0.1077	0.2027	-0.0464	-0.0993	0.3202	0.0088	0.4552	23.8867	-85.216	45.8533
17	0.8135	-1.2057	-0.7375	2.5941	1.5883	1.8692	0.2452	-0.0238	-0.5202	0.1914	-0.1042	0.0379	0.4372	0.141	0.1087	0.7535	-0.1153	-0.0227	0.1516	-0.15	0.4384	26.8448	-105.3465	41.3128
18	0.6689	-0.3019	0.0344	0.1242	-0.0483	0.8952	-0.0686	-0.0547	-0.0092	-0.1727	0.2285	-0.0074	0.1385	0.2066	-0.128	0.28	-0.0184	0.0417	0.2355	0.0626	0.2805	37.3956	-86.3378	44.0843

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 76 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 77 through 89 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 90 through 140 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 141 through 253 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 82 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 83 through 91 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 92 through 114 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 115 through 180 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 181 through 252 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 4 through 82 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 83 through 91 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 92 through 179 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 180 through 254 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 4 through 82 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 83 through 89 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 90 through 167 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 168 through 180 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 181 through 253 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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