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- PDB-5azb: Crystal structure of Escherichia coli Lgt in complex with phospha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5azb
タイトルCrystal structure of Escherichia coli Lgt in complex with phosphatidylglycerol and the inhibitor palmitic acid
要素Prolipoprotein diacylglyceryl transferase
キーワードTRANSFERASE / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylglycerol-prolipoprotein diacylglyceryl transferase / phosphatidylglycerol-prolipoprotein diacylglyceryl transferase activity / lipoprotein biosynthetic process / cytoplasmic side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylglycerol--prolipoprotein diacylglyceryl transferase Lgt / Prolipoprotein diacylglyceryl transferase / Prolipoprotein diacylglyceryl transferase signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PGT / PALMITIC ACID / Phosphatidylglycerol--prolipoprotein diacylglyceryl transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhang, X.C. / Mao, G. / Zhao, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of E. coli lipoprotein diacylglyceryl transferase
著者: Mao, G. / Zhao, Y. / Kang, X. / Li, Z. / Zhang, Y. / Wang, X. / Sun, F. / Sankaran, K. / Zhang, X.C.
履歴
登録2015年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Data collection
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolipoprotein diacylglyceryl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,86813
ポリマ－34,3041
非ポリマー7,56412
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7390 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area15260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.413, 60.973, 117.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Prolipoprotein diacylglyceryl transferase


分子量: 34304.070 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lgt, umpA, b2828, JW2796 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P60955, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; その他のグリコシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C16H32O2
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物
ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT)


分子量: 751.023 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / コメント: リン脂質*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris , CaCl2, and PEG2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.9 % / 数: 232321 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Χ2: 1.32 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 33589 / % possible obs: 96.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.885010.1061.0086
3.083.8810.0961.0996.8
2.693.0810.1071.0177.5
2.442.6910.1291.0167.6
2.272.4410.2191.337.1
2.132.2710.3511.6425.8
2.032.1310.2981.0967.4
1.942.0310.8711.4957.4
1.861.9410.9462.9515.9
1.81.8610.9920.9837.6
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 49244 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 23.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.1 / Net I/av σ(I): 36.892 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 607413
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.6-1.668.648150.4780.3591.00999.1
1.66-1.7211.148350.8740.2620.9311000.8450.886
1.72-1.81348840.9430.1840.9421000.6420.668
1.8-1.913.548530.9680.1471.0151000.5240.544
1.9-2.0213.348930.980.0931.3021000.3290.342
2.02-2.1712.948740.9930.0511.0211000.1780.186
2.17-2.3912.249250.9930.0441.3741000.1470.153
2.39-2.7413.249550.9980.0221.0971000.0780.082
2.74-3.4513.349810.9990.0151.1011000.0530.055
3.45-5012.252290.9990.011.16399.90.0350.037

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1634)精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→32.426 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 2500 5.09 %
Rwork0.1791 --
obs0.1813 49147 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.426 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2292 0 237 103 2632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0353610
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5441083
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006428
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5916-1.62230.30391440.22732277X-RAY DIFFRACTION89
1.6223-1.65540.26271270.19462562X-RAY DIFFRACTION100
1.6554-1.69140.22851250.18062595X-RAY DIFFRACTION100
1.6914-1.73070.25711430.16842569X-RAY DIFFRACTION100
1.7307-1.7740.22361230.16492562X-RAY DIFFRACTION100
1.774-1.82190.20471340.1722579X-RAY DIFFRACTION100
1.8219-1.87560.24411520.1682593X-RAY DIFFRACTION100
1.8756-1.93610.28191520.22242567X-RAY DIFFRACTION100
1.9361-2.00530.20781340.16122568X-RAY DIFFRACTION100
2.0053-2.08550.20541450.15222594X-RAY DIFFRACTION100
2.0855-2.18040.20451250.15592625X-RAY DIFFRACTION100
2.1804-2.29540.28481420.19362586X-RAY DIFFRACTION100
2.2954-2.43910.18121430.1562584X-RAY DIFFRACTION100
2.4391-2.62740.21821470.1572620X-RAY DIFFRACTION100
2.6274-2.89170.2191350.16932625X-RAY DIFFRACTION100
2.8917-3.30970.21111460.1822641X-RAY DIFFRACTION100
3.3097-4.16850.20911540.17892678X-RAY DIFFRACTION100
4.1685-32.43230.22371290.19712822X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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