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万見
- PDB-5az8: Crystal structure of MBP-Tom20 fusion protein tethered with ALDH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5az8
タイトルCrystal structure of MBP-Tom20 fusion protein tethered with ALDH presequence via a disulfide bond
要素
  • Maltose-binding periplasmic protein,Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
  • peptide GPRLSRLLSYAGC
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / PEPTIDE BINDING PROTEIN / Fusion protein Comlex / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to resveratrol / Ethanol oxidation / acetaldehyde metabolic process / Metabolism of serotonin / ethanol metabolic process / Mitochondrial protein degradation / regulation of response to oxidative stress / Smooth Muscle Contraction / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / tRNA import into mitochondrion ...cellular response to resveratrol / Ethanol oxidation / acetaldehyde metabolic process / Metabolism of serotonin / ethanol metabolic process / Mitochondrial protein degradation / regulation of response to oxidative stress / Smooth Muscle Contraction / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / tRNA import into mitochondrion / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / mitochondrion targeting sequence binding / ethanol catabolic process / mitochondrial outer membrane translocase complex / Ub-specific processing proteases / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / NADH binding / migrasome / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / protein-transporting ATPase activity / cellular detoxification of aldehyde / carboxylesterase activity / behavioral response to ethanol / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / mitochondrial envelope / cellular response to fatty acid / protein targeting to mitochondrion / regulation of reactive oxygen species metabolic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / response to testosterone / detection of maltose stimulus / response to muscle activity / maltose transport complex / protein import into mitochondrial matrix / apoptotic mitochondrial changes / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / response to hyperoxia / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / cellular response to hormone stimulus / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / sperm midpiece / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / response to progesterone / response to ischemia / cell periphery / cell chemotaxis / response to nicotine / intracellular protein transport / liver development / unfolded protein binding / response to estradiol / outer membrane-bounded periplasmic space / response to ethanol / response to lipopolysaccharide / mitochondrial outer membrane / periplasmic space / mitochondrial matrix / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom20 domain / Protein import receptor MAS20, metazoan / Protein import receptor MAS20 / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. ...Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom20 domain / Protein import receptor MAS20, metazoan / Protein import receptor MAS20 / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / ACETYLAMINO-ACETIC ACID / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial / Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Matsuoka, R. / Kohda, D.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Rational design of crystal contact-free space in protein crystals for analyzing spatial distribution of motions within protein molecules.
著者: Matsuoka, R. / Shimada, A. / Komuro, Y. / Sugita, Y. / Kohda, D.
履歴
登録2015年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein,Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
B: peptide GPRLSRLLSYAGC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8984
ポリマ－49,4382
非ポリマー4592
水7,260403
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.013, 69.013, 212.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein,Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Mitochondrial 20 kDa outer membrane protein / Outer ...MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Mitochondrial 20 kDa outer membrane protein / Outer mitochondrial membrane receptor Tom20


分子量: 48044.613 Da / 分子数: 1
断片: UNP RESIDUES 27-394,UNP RESIDUES 65-126,UNP RESIDUES 27-394,UNP RESIDUES 65-126
変異: A314V / 由来タイプ: 組換発現
詳細: the fusion protein of 1-369 Maltose binding protein, 370-373 Linker and 374-435 Tom20
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, Tomm20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q62760
#2: タンパク質・ペプチド peptide GPRLSRLLSYAGC


分子量: 1393.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P11884*PLUS
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-AAC / ACETYLAMINO-ACETIC ACID / N-アセチルグリシン


分子量: 117.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 24% PEG 8000, 20% Glycerol, 0.04M Potassium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 56782 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 13.8 % / Net I/σ(I): 22.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ANF, 2V1T

1anf

2v1t


解像度: 1.7→42.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.66 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19555 2880 5.1 %RANDOM
Rwork0.16168 ---
obs0.16347 53911 98.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.954 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3465 0 31 403 3899
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.023575
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.011.9824850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10537952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5425442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.87625.935155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.55715605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.065158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02761
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0132.3041777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0122.3051778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6533.4472216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6523.4472217
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1722.7881798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1722.7881798
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2183.9752635
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.94221.1744536
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.75420.5064351
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 192 -
Rwork0.185 3979 -
obs--99.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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