PDB-5ayn: Crystal structure of a bacterial homologue of iron transporter fe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ayn

タイトル

Crystal structure of a bacterial homologue of iron transporter ferroportin in outward-facing state

要素

Solute carrier family 39 (Iron-regulated transporter)

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / alpha helical

機能・相同性

Ferroportin-1 / Ferroportin1 (FPN1) / iron ion transmembrane transporter activity / MFS transporter superfamily / metal ion binding / plasma membrane / : / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Ferreportin

機能・相同性情報

生物種

Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.202 Å

データ登録者

Taniguchi, R. / Kato, H.E. / Font, J. / Deshpande, C.N. / Ishitani, R. / Jormakka, M. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Outward- and inward-facing structures of a putative bacterial transition-metal transporter with homology to ferroportin
著者: Taniguchi, R. / Kato, H.E. / Font, J. / Deshpande, C.N. / Wada, M. / Ito, K. / Ishitani, R. / Jormakka, M. / Nureki, O.

履歴

登録	2015年8月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ayn.cif.gz	97.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ayn.ent.gz	72.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ayn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ayn_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ayn_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5ayn_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	5ayn_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/5ayn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/5ayn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5aymC 5ayoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1kej-d 3qfu-d 7nqx-2 1aup-d 1kdh-d 1gmo-4 3uds-1 5fpn-1 3gl1-2 1qo9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (2) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (2)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Solute carrier family 39 (Iron-regulated transporter)

ヘテロ分子

51.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.638, 84.629, 96.809
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Solute carrier family 39 (Iron-regulated transporter) / membrane transporter 分子量: 48600.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア) 株: ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100 / 遺伝子: slc39, Bd2019 / プラスミド: pET variant / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q6MLJ0
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM NaK-tartrate, 100 mM KNO3, 30% PEG550MME

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→48.404 Å / Num. obs: 24182 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.202→48.404 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2398	1208	5 %
R_work	0.1968	22974	-
obs	0.199	24182	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.55 Å² / B_iso mean: 33.3048 Å² / B_iso min: 15.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.202→48.404 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3069	0	157	58	3284
B_iso mean	-	-	50.85	33.2	-
残基数	-	-	-	-	405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3315
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.033	4471
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	524
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	535
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.219	1166

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.2021-2.2903	0.2797	131	0.2217	2503	2634
2.2903-2.3945	0.2723	132	0.211	2488	2620
2.3945-2.5208	0.2553	131	0.1995	2519	2650
2.5208-2.6787	0.2369	135	0.1921	2545	2680
2.6787-2.8855	0.2554	132	0.1876	2513	2645
2.8855-3.1758	0.2233	134	0.1919	2545	2679
3.1758-3.6353	0.2426	135	0.1948	2559	2694
3.6353-4.5795	0.2437	135	0.1947	2585	2720
4.5795-48.4162	0.2188	143	0.1979	2717	2860

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関連情報:EMDBヘッダ

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