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- PDB-5awp: Arthrobacter globiformis T6 isomalto-dextranase complexed with is... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5awp
タイトルArthrobacter globiformis T6 isomalto-dextranase complexed with isomaltose
要素Isomaltodextranase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / glycoside hydrolase / GH27 / carbohydrate binding module / CBM35
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Alpha galactosidase, C-terminal beta sandwich domain / Alpha galactosidase C-terminal beta sandwich domain / Glycoside hydrolase, family 27 / Glycoside hydrolase family 27/36, conserved site / Alpha-galactosidase signature. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Alpha galactosidase, C-terminal beta sandwich domain / Alpha galactosidase C-terminal beta sandwich domain / Glycoside hydrolase, family 27 / Glycoside hydrolase family 27/36, conserved site / Alpha-galactosidase signature. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Glycosyl hydrolase, all-beta / Galactose-binding-like domain superfamily / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Isomaltodextranase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter globiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tonozuka, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure and Mutational Analysis of Isomalto-dextranase, a Member of Glycoside Hydrolase Family 27
著者: Okazawa, Y. / Miyazaki, T. / Yokoi, G. / Ishizaki, Y. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T.
履歴
登録2015年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22015年11月4日Group: Structure summary
改定 1.32015年11月11日Group: Database references
改定 1.42020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isomaltodextranase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6734
ポリマ－66,8931
非ポリマー7803
水10,827601
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area20660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.708, 123.708, 84.841
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Isomaltodextranase


分子量: 66893.109 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-636 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence for the mature enzyme "ATAV ... ELDM" (606 amino acid residues) was fused with N-terminal His-tag, and the expressed protein was digested with thrombin. Therefore, the first four ...詳細: The sequence for the mature enzyme "ATAV ... ELDM" (606 amino acid residues) was fused with N-terminal His-tag, and the expressed protein was digested with thrombin. Therefore, the first four N-terminal residues GSHM are derived from the expression plasmid pET28a.
由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア)
遺伝子: g2d / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WSN5
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-6DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.6
詳細: PEG 8000, sodium acetate buffer, potassium dihydrogenphosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 43201 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 40
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 13.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AWO

5awo


解像度: 2→30.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.31 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19593 2178 5 %RANDOM
Rwork0.15702 ---
obs0.15901 40989 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.836 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→30.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4634 0 51 601 5286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3531.9316601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79439894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4195597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82523.504234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.08415681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8681534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0851.7862391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0841.7852390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7822.6722989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7822.6732990
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2491.8752442
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2471.8732438
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0662.7683607
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.45715.3346259
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.09814.8195929
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 152 -
Rwork0.176 3013 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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