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- PDB-5awh: Rhodobacter sphaeroides Argonaute in complex with guide RNA/targe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5awh
タイトルRhodobacter sphaeroides Argonaute in complex with guide RNA/target DNA heteroduplex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-D(P*UP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3')
  • Uncharacterized protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / Argonaute / RNA-guided DNA silencing / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


clearance of foreign intracellular DNA / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Rossmann fold ...Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Miyoshi, T. / Ito, K. / Murakami, R. / Uchiumi, T.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis for the recognition of guide RNA and target DNA heteroduplex by Argonaute.
著者: Miyoshi, T. / Ito, K. / Murakami, R. / Uchiumi, T.
履歴
登録2015年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: RNA (5'-D(P*UP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*A)-3')
E: RNA (5'-D(P*UP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,8348
ポリマ－196,7856
非ポリマー492
水11,458636
1
A: Uncharacterized protein
C: RNA (5'-D(P*UP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4174
ポリマ－98,3933
非ポリマー241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8710 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area35040 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
E: RNA (5'-D(P*UP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4174
ポリマ－98,3933
非ポリマー241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8860 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area33540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.186, 118.303, 118.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.830, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / Argonaute


分子量: 87143.469 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 21-777 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: ATCC 17025 / ATH 2.4.3 / 遺伝子: Rsph17025_3694 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4WYU7
#2: RNA鎖 RNA (5'-D(P*UP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3')


分子量: 5613.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*A)-3')


分子量: 5635.663 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.05 M sodium cacodylate trihydrlate (pH 7.0), 42% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 123866 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 2.17 / Net I/av σ(I): 35.821 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 466156
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.033.80.41100
2.03-2.073.80.3341100
2.07-2.113.80.2971100
2.11-2.153.80.2521100
2.15-2.23.80.2131100
2.2-2.253.80.1811100
2.25-2.313.80.1591100
2.31-2.373.80.1381100
2.37-2.443.80.121100
2.44-2.523.80.1021100
2.52-2.613.80.091100
2.61-2.713.80.0811100
2.71-2.843.80.0741100
2.84-2.993.80.0661100
2.99-3.173.80.059199.9
3.17-3.423.80.055199.5
3.42-3.763.70.053198.1
3.76-4.313.60.05194.1
4.31-5.433.50.048188
5.43-503.40.047174.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SHARP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→35.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.715 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.163 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2325 6232 5 %RANDOM
Rwork0.1842 ---
obs0.1866 117604 97.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.48 Å2 / Biso mean: 58.291 Å2 / Biso min: 27.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.68 Å2-0 Å20.12 Å2
2--3.85 Å2-0 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→35.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11669 1498 2 636 13805
Biso mean--40.06 52.47 -
残基数----1546
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01813597
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7581.86218725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.968328346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.82751468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.47722.532553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.51152049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.56815124
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.22031
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02114300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.873.3085890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.873.3085889
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9314.9457352
LS精密化 シェル解像度: 1.992→2.044 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 423 -
Rwork0.237 8259 -
all-8682 -
obs--92.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27880.04030.0750.8263-0.44360.90920.0445-0.1995-0.09080.094-0.0952-0.02050.007-0.13840.05070.1137-0.04410.01340.1036-0.03580.10175.7404-7.715646.603
21.48060.31620.78220.98220.95661.9125-0.08510.21120.0663-0.23180.02880.0823-0.36890.28160.05640.2102-0.0140.01970.09450.04650.104-10.00720.764-15.3335
30.9187-0.14690.05151.4688-0.38620.78580.1003-0.2116-0.1920.0097-0.1155-0.07210.139-0.20010.01520.1921-0.0582-0.01040.15530.00710.21185.1192-13.934744.2197
41.3440.2086-0.47010.72260.06391.18-0.0428-0.1319-0.14480.2-0.0107-0.08420.22-0.26030.05350.1339-0.05830.00290.1140.00650.09534.1714-13.925146.7185
52.22921.13291.01182.37951.30413.22120.04460.2602-0.2224-0.11780.01230.00520.0610.4877-0.05690.1540.07660.01830.1317-0.00580.0998-8.1318-6.741-14.6345
61.57940.25070.65411.52310.742.4493-0.01360.3364-0.086-0.23710.09420.07660.04550.6082-0.08070.14190.0570.02620.1922-0.01580.0455-7.2953-6.231-17.0531
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 777
2X-RAY DIFFRACTION2B21 - 777
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 18
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 18
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 18
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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