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Yorodumi- PDB-5awf: Crystal structure of SufB-SufC-SufD complex from Escherichia coli -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5awf | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of SufB-SufC-SufD complex from Escherichia coli | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN/PROTEIN BINDING / Iron-Sulfur Clusters / Iron-Sulfur Proteins / ABC proteins / ABC ATPase / TRANSPORT PROTEIN-PROTEIN BINDING complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationiron-sulfur cluster assembly complex / iron-sulfur cluster assembly / response to radiation / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MIR / Resolution: 2.957 Å | ||||||
Authors | Hirabayashi, K. / Wada, K. | ||||||
Citation | Journal: J Biol Chem / Year: 2015Title: Functional Dynamics Revealed by the Structure of the SufBCD Complex, a Novel ATP-binding Cassette (ABC) Protein That Serves as a Scaffold for Iron-Sulfur Cluster Biogenesis. Authors: Kei Hirabayashi / Eiki Yuda / Naoyuki Tanaka / Sumie Katayama / Kenji Iwasaki / Takashi Matsumoto / Genji Kurisu / F Wayne Outten / Keiichi Fukuyama / Yasuhiro Takahashi / Kei Wada / ![]() Abstract: ATP-binding cassette (ABC)-type ATPases are chemomechanical engines involved in diverse biological pathways. Recent genomic information reveals that ABC ATPase domains/subunits act not only in ABC ...ATP-binding cassette (ABC)-type ATPases are chemomechanical engines involved in diverse biological pathways. Recent genomic information reveals that ABC ATPase domains/subunits act not only in ABC transporters and structural maintenance of chromosome proteins, but also in iron-sulfur (Fe-S) cluster biogenesis. A novel type of ABC protein, the SufBCD complex, functions in the biosynthesis of nascent Fe-S clusters in almost all Eubacteria and Archaea, as well as eukaryotic chloroplasts. In this study, we determined the first crystal structure of the Escherichia coli SufBCD complex, which exhibits the common architecture of ABC proteins: two ABC ATPase components (SufC) with function-specific components (SufB-SufD protomers). Biochemical and physiological analyses based on this structure provided critical insights into Fe-S cluster assembly and revealed a dynamic conformational change driven by ABC ATPase activity. We propose a molecular mechanism for the biogenesis of the Fe-S cluster in the SufBCD complex. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5awf.cif.gz | 1001.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5awf.ent.gz | 845.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5awf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5awf_validation.pdf.gz | 501.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5awf_full_validation.pdf.gz | 549.9 KB | Display | |
| Data in XML | 5awf_validation.xml.gz | 87.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 5awf_validation.cif.gz | 117.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/5awf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/5awf | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 54800.070 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: sufB, ynhE, b1683, JW5273 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 46884.641 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: sufD, ynhC, b1681, JW1671 / Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 27613.332 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: sufC, ynhD, b1682, JW1672 / Production host: ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.05 Å3/Da / Density % sol: 59.63 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), sodium citrate, potassium chloride |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44XU / Wavelength: 0.9 Å |
| Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Apr 12, 2014 |
| Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.95→50 Å / Num. obs: 77331 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.95→3.06 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.1 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MIR / Resolution: 2.957→41.111 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.77 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.957→41.111 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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