[日本語] English
万見
- PDB-5ave: The ligand binding domain of Mlp37 with serine -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ave
タイトルThe ligand binding domain of Mlp37 with serine
要素Methyl-accepting chemotaxis (MCP) signaling domain protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / chemoreceptor / ligand complex / MCP-like protein / PAS-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / chemotaxis / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Double Cache domain 1 / Cache domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. ...Double Cache domain 1 / Cache domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS domain / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SERINE / Methyl-accepting chemotaxis (MCP) signaling domain protein / Methyl-accepting chemotaxis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Takahashi, Y. / Sumita, K. / Uchida, Y. / Nishiyama, S. / Kawagishi, I. / Imada, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Identification of a Vibrio cholerae chemoreceptor that senses taurine and amino acids as attractants
著者: Nishiyama, S. / Takahashi, Y. / Yamamoto, K. / Suzuki, D. / Itoh, Y. / Sumita, K. / Uchida, Y. / Homma, M. / Imada, K. / Kawagishi, I.
履歴
登録2015年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis (MCP) signaling domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2722
ポリマ－28,1671
非ポリマー1051
水3,711206
1
A: Methyl-accepting chemotaxis (MCP) signaling domain protein
ヘテロ分子

A: Methyl-accepting chemotaxis (MCP) signaling domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5454
ポリマ－56,3352
非ポリマー2102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area1590 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area24630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.720, 134.220, 50.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-761-

HOH

21A-793-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis (MCP) signaling domain protein


分子量: 28167.406 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-275 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A periplasmic fragment (58-303) of Mlp37. N-terminal GPLGS, a remnant of the GST-tag; C-terminal His x 6
由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: DN30_191 / プラスミド: pGEX 6P-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A085T373, UniProt: A0A0H3AES3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.6 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1M Phosphate-citrate pH 4.2, 10% (w/v) PEG-8000 and 0.2M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Ambient temp details: helical scan
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月19日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→31.721 Å / Num. obs: 31377 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→31.721 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.86 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2136 1583 5.05 %Random selection
Rwork0.1876 ---
obs0.1889 31367 99.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.767 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0356 Å2-0 Å20 Å2
2---1.5171 Å2-0 Å2
3---2.5527 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.721 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1955 0 7 206 2168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062025
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0082761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004361
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.85810.31571600.26052650X-RAY DIFFRACTION99
1.8581-1.92450.29041330.22072664X-RAY DIFFRACTION99
1.9245-2.00160.21671280.19612679X-RAY DIFFRACTION99
2.0016-2.09260.2171440.18482680X-RAY DIFFRACTION99
2.0926-2.20290.21831460.18772687X-RAY DIFFRACTION99
2.2029-2.34090.21761370.18652683X-RAY DIFFRACTION100
2.3409-2.52160.22091500.19052722X-RAY DIFFRACTION100
2.5216-2.77520.24941370.19782728X-RAY DIFFRACTION100
2.7752-3.17650.23181530.20212719X-RAY DIFFRACTION100
3.1765-4.00080.18761390.1792763X-RAY DIFFRACTION100
4.0008-31.72540.17911560.16522809X-RAY DIFFRACTION97

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る