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万見
- PDB-5arf: SMYD2 in complex with small molecule inhibitor compound-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5arf
タイトルSMYD2 in complex with small molecule inhibitor compound-2
要素N-LYSINE METHYLTRANSFERASE SMYD2
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / SET DOMAIN / SMALL MOLECULE INHIBITOR / SGC PROBE / DRUG TARGET
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine N-methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K4 trimethyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / histone H3 methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / RNA polymerase II complex binding ...lysine N-methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K4 trimethyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / histone H3 methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / RNA polymerase II complex binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Regulation of TP53 Activity through Methylation / PKMTs methylate histone lysines / p53 binding / heart development / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SMYD2, SET domain / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / Beta-clip-like / SET domain / Tetratricopeptide repeat domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily ...SMYD2, SET domain / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / Beta-clip-like / SET domain / Tetratricopeptide repeat domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I9H / S-ADENOSYLMETHIONINE / N-lysine methyltransferase SMYD2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Hillig, R.C. / Badock, V. / Barak, N. / Stellfeld, T. / Eggert, E. / ter Laak, A. / Weiske, J. / Christ, C.D. / Koehr, S. / Stoeckigt, D. ...Hillig, R.C. / Badock, V. / Barak, N. / Stellfeld, T. / Eggert, E. / ter Laak, A. / Weiske, J. / Christ, C.D. / Koehr, S. / Stoeckigt, D. / Mowat, J. / Mueller, T. / Fernandez-Montalvan, A.E. / Hartung, I.V. / Stresemann, C. / Brumby, T. / Weinmann, H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery and Characterization of a Highly Potent and Selective Aminopyrazoline-Based in Vivo Probe (Bay-598) for the Protein Lysine Methyltransferase Smyd2.
著者: Eggert, E. / Hillig, R.C. / Kohr, S. / Stockigt, D. / Weiske, J. / Barak, N. / Mowat, J. / Brumby, T. / Christ, C.D. / Ter Laak, A. / Lang, T. / Fernandez-Montalvan, A.E. / Badock, V. / ...著者: Eggert, E. / Hillig, R.C. / Kohr, S. / Stockigt, D. / Weiske, J. / Barak, N. / Mowat, J. / Brumby, T. / Christ, C.D. / Ter Laak, A. / Lang, T. / Fernandez-Montalvan, A.E. / Badock, V. / Weinmann, H. / Hartung, I.V. / Barsyte-Lovejoy, D. / Szewczyk, M. / Kennedy, S. / Li, F. / Vedadi, M. / Brown, P.J. / Santhakumar, V. / Arrowsmith, C.H. / Stellfeld, T. / Stresemann, C.
履歴
登録2015年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-LYSINE METHYLTRANSFERASE SMYD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7726
ポリマ－49,6861
非ポリマー1,0865
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.493, 51.759, 69.568
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 N-LYSINE METHYLTRANSFERASE SMYD2


分子量: 49685.957 Da / 分子数: 1 / 断片: SET DOMAIN, UNP RESIDUES 2-433 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NRG4, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-I9H / N-[3-(4-CHLOROPHENYL)-1-{N'-CYANO-N-[3-(DIFLUOROMETHOXY)PHENYL]CARBAMIMIDOYL}-4,5-DIHYDRO-1H- PYRAZOL-4-YL]-N-ETHYL-2-HYDROXYACETAMIDE


分子量: 490.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21ClF2N6O3
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細N-[3-(4-CHLOROPHENYL)-1-{N'-CYANO-N-[3-(DIFLUOROMETHOXY)PHENYL] CARBAMIMIDOYL}-4,5-DIHYDRO-1H- ...N-[3-(4-CHLOROPHENYL)-1-{N'-CYANO-N-[3-(DIFLUOROMETHOXY)PHENYL] CARBAMIMIDOYL}-4,5-DIHYDRO-1H-PYRAZOL-4-YL]-N-ETHYL-2- HYDROXYACETAMIDE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: SMYD2 CO-CRYSTALLIZED WITH 2 MMOL SAM. RESERVOIR 23% PEG 3350, 100 MMOL HEPES PH 7.0. CO-COMPLEX WITH INHIBITOR FORMED BY SOAKING SMYD2-SAM CRYSTALS WITH 5 MILLIMOLAR COMPOUND-2 FOR 1 HOUR. ...詳細: SMYD2 CO-CRYSTALLIZED WITH 2 MMOL SAM. RESERVOIR 23% PEG 3350, 100 MMOL HEPES PH 7.0. CO-COMPLEX WITH INHIBITOR FORMED BY SOAKING SMYD2-SAM CRYSTALS WITH 5 MILLIMOLAR COMPOUND-2 FOR 1 HOUR. CRYO WITH ADDITIONAL 20% GLYCEROL AND 1 MMOL COMPOUND-2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→48.11 Å / Num. obs: 36156 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.69 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.83
反射 シェル解像度: 1.92→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TG5

3tg5


解像度: 1.92→47.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. B FACTORS WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30052 1808 5 %RANDOM
Rwork0.25747 ---
obs0.25958 34348 97.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→47.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3419 0 64 127 3610
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193563
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9861.9854807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.6313.0017755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4385424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.70124.217166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.01115642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6851520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.02804
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2550.4431702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2530.4441702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8540.9832124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3360.6731861
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.918→1.968 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 127 -
Rwork0.325 2418 -
obs--95.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.40540.013-3.82280.97820.86578.304-0.37050.84970.1350.11420.4131-0.06790.9678-0.4421-0.04260.2797-0.0978-0.03260.36250.00870.090119.522-14.103-7.727
25.2749-0.2432-3.28380.98781.01637.79910.25380.86860.7892-0.15890.06510.1948-0.4007-1.702-0.31880.20320.0397-0.00590.47740.16670.2751.742-4.1058.261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 271
2X-RAY DIFFRACTION2A272 - 430

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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