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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5aop | |||||||||
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タイトル | SULFITE REDUCTASE STRUCTURE REDUCED WITH CRII EDTA, 5-COORDINATE SIROHEME, SIROHEME FEII, [4FE-4S] +1 | |||||||||
要素 | SULFITE REDUCTASE HEMOPROTEIN | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / SIROHEME FEII / [4FE-4S] +1 / REDUCED / 5-COORDINATE SIROHEME / CRII EDTA | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 assimilatory sulfite reductase (NADPH) / sulfite reductase (NADPH) activity / sulfite reductase (ferredoxin) activity / sulfite reductase complex (NADPH) / sulfite reductase activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / NADP binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...assimilatory sulfite reductase (NADPH) / sulfite reductase (NADPH) activity / sulfite reductase (ferredoxin) activity / sulfite reductase complex (NADPH) / sulfite reductase activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / NADP binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Crane, B.R. / Getzoff, E.D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Structures of the siroheme- and Fe4S4-containing active center of sulfite reductase in different states of oxidation: heme activation via reduction-gated exogenous ligand exchange. 著者: Crane, B.R. / Siegel, L.M. / Getzoff, E.D. #1: ジャーナル: Science / 年: 1995 タイトル: Sulfite Reductase Structure at 1.6 A: Evolution and Catalysis for Reduction of Inorganic Anions 著者: Crane, B.R. / Siegel, L.M. / Getzoff, E.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5aop.cif.gz | 116.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5aop.ent.gz | 86.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5aop.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/5aop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/5aop | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55747.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B 解説: PBR322 DERIVATIVE CONTAINING ESCHERICHIA COLI CYSIJ AND S. TYPHIMURIUM CYSG UNDER CONTROL OF THE CYSJIH PROMOTOR EXPRESSED IN A S. TYPHIMURIUM CYSI AUXOTROPH 遺伝子: CYSIJ / プラスミド: PJYW613 / 遺伝子 (発現宿主): CYSIJ / 発現宿主: Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) / 株 (発現宿主): CYSI68 参照: UniProt: P17846, assimilatory sulfite reductase (NADPH) |
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#2: 化合物 | ChemComp-K / |
#3: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-SRM / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | REDUCED WITH CRII EDTA, SIROHEME HAS FEII, [4FE-4S] IS +1, 5-COORDINATE SIROHEME. THIS IS NAMED ...REDUCED WITH CRII EDTA, SIROHEME HAS FEII, [4FE-4S] IS +1, 5-COORDINATE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: CRYSTALS ISOMORPHOUS WITH THOSE FOR 1AOP |
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結晶化 | pH: 7.4 詳細: OXIDIZED SIRHP CRYSTALS WERE REDUCED WITH CRII EDTA IN THE ABSENCE OF PHOSPHATE, SIROHEME HAS FEII AND [4FE-4S] CLUSTER IS PRESUMED TO BE +1, SIROHEME IS 5-COORDINATE., pH 7.4 |
結晶化 | *PLUS pH: 7.7 / 詳細: macroseeding |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 11 % / 一般名: PEG MW 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月12日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 24568 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.303 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.096 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.303 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AOP 解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.4 Å2
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 4 Å / Luzzati sigma a obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.205 |