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- PDB-5aoo: X-ray structure of a human Kobuvirus: Aichi virus A (AiV) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aoo
タイトルX-ray structure of a human Kobuvirus: Aichi virus A (AiV)
要素
  • VP0
  • VP1
  • VP3
キーワードVIRUS / AICHI VIRUS / KOBUVIRUS / PICORNAVIRUS / ACUTE GASTROENTERISIS / ICOSAHEDRAL CAPSID / FULL VIRUS PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA helicase activity / RNA helicase ...host cell Golgi membrane / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
LRAT domain profile. / LRAT domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. ...LRAT domain profile. / LRAT domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種AICHIVIRUS A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sabin, C. / Palkova, L. / Plevka, P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: The Use of Noncrystallographic Symmetry Averaging to Solve Structures from Data Affected by Perfect Hemihedral Twinning
著者: Sabin, C. / Plevka, P.
履歴
登録2015年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Refinement description
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP0
B: VP1
C: VP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2283
ポリマ－90,2283
非ポリマー00
水2,648147
1
A: VP0
B: VP1
C: VP3
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,413,661180
ポリマ－5,413,661180
非ポリマー00
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP0
B: VP1
C: VP3
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 451 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)451,13815
ポリマ－451,13815
非ポリマー00
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP0
B: VP1
C: VP3
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 541 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)541,36618
ポリマ－541,36618
非ポリマー00
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)350.816, 350.816, 350.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1generate(0.5, 0.809, -0.309), (-0.809, 0.309, -0.5), (-0.309, 0.5, 0.809)
2generate(0.5, -0.809, -0.309), (0.809, 0.309, 0.5), (-0.309, -0.5, 0.809)
3generate(-0.309, 0.5, -0.809), (-0.5, -0.809, -0.309), (-0.809, 0.309, 0.5)
4generate(-0.309, -0.5, -0.809), (0.5, -0.809, 0.309), (-0.809, -0.309, 0.5)

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要素

#1: タンパク質 VP0


分子量: 27194.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) AICHIVIRUS A (ウイルス) / 参照: UniProt: Q91QP4, UniProt: O91464*PLUS
#2: タンパク質 VP1


分子量: 38950.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) AICHIVIRUS A (ウイルス) / 参照: UniProt: Q91QP4, UniProt: O91464*PLUS
#3: タンパク質 VP3


分子量: 24082.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) AICHIVIRUS A (ウイルス) / 参照: UniProt: Q91QP4, UniProt: O91464*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.78 %
解説: FOR TWINNING ANALYSES AND CALCULATION OF INITIAL ROTATION FUNCTIONS THE AIV DIFFRACTION IMAGES WERE PROCESSED IN SPACEGROUP I23 TO 2.3 ANGSTROM RESOLUTION IN PROGRAM XDS. HOWEVER, SINCE THE ...解説: FOR TWINNING ANALYSES AND CALCULATION OF INITIAL ROTATION FUNCTIONS THE AIV DIFFRACTION IMAGES WERE PROCESSED IN SPACEGROUP I23 TO 2.3 ANGSTROM RESOLUTION IN PROGRAM XDS. HOWEVER, SINCE THE DATA ANALYSIS REVEALED THAT THE CRYSTAL WAS PERFECTLY HEMIHEDRALLY TWINNED THE IMAGES WERE RE-PROCESSED IN SPACE GROUP I432. TAKING ADVANTAGE OF THE HIGHER SYMMETRY ALLOWED US TO OBTAIN DATASET THAT WAS MORE THAN 90 PERCENT COMPLETE FROM FIRST 160 DIFFRACTION IMAGES, CORRESPONDING TO 16 DEG ROTATION RANGE, AND THE DATA COULD BE PROCESSED TO 2.1 ANGSTROM RESOLUTION. SUBSEQUENTLY, THE DATA WERE EXPANDED FROM I432 TO I23 USING THE PROGRAM SFTOOLS FROM CCP4 PACKAGE.
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.05M CADMIUM SULFATE 0.1M HEPES PH 7.5 1.0M SODIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月29日
詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSING
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→71.46 Å / Num. obs: 186646 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 83.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
GLRF位相決定
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BEV

1bev


解像度: 2.1→71.46 Å / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER /
Rfactor反射数
Rwork0.3301 -
obs0.3301 367359
原子変位パラメータBiso mean: 22.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→71.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5791 0 0 147 5938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.571
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:CARBOHYDRATE.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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