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- PDB-5ajx: Human PFKFB3 in complex with an indole inhibitor 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ajx
タイトルHuman PFKFB3 in complex with an indole inhibitor 3
要素6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE 3
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase activity / fructose 2,6-bisphosphate metabolic process / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / fructose metabolic process / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-2,6-bisphosphatase / 6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily ...Fructose-2,6-bisphosphatase / 6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / Chem-FD9 / PHOSPHONIC ACID / PHOSPHATE ION / 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Boyd, S. / Brookfield, J.L. / Critchlow, S.E. / Cumming, I.A. / Curtis, N.J. / Debreczeni, J.E. / Degorce, S.L. / Donald, C. / Evans, N.J. / Groombridge, S. ...Boyd, S. / Brookfield, J.L. / Critchlow, S.E. / Cumming, I.A. / Curtis, N.J. / Debreczeni, J.E. / Degorce, S.L. / Donald, C. / Evans, N.J. / Groombridge, S. / Hopcroft, P. / Jones, N.P. / Kettle, J.G. / Lamont, S. / Lewis, H.J. / MacFaull, P. / McLoughlin, S.B. / Rigoreau, L.J.M. / Smith, J.M. / St-Gallay, S. / Stock, J.K. / Wheatley, E.R. / Winter, J. / Wingfield, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structure-Based Design of Potent and Selective Inhibitors of the Metabolic Kinase Pfkfb3.
著者: Boyd, S. / Brookfield, J.L. / Critchlow, S.E. / Cumming, I.A. / Curtis, N.J. / Debreczeni, J. / Degorce, S.L. / Donald, C. / Evans, N.J. / Groombridge, S. / Hopcroft, P. / Jones, N.P. / ...著者: Boyd, S. / Brookfield, J.L. / Critchlow, S.E. / Cumming, I.A. / Curtis, N.J. / Debreczeni, J. / Degorce, S.L. / Donald, C. / Evans, N.J. / Groombridge, S. / Hopcroft, P. / Jones, N.P. / Kettle, J.G. / Lamont, S. / Lewis, H.J. / Macfaull, P. / Mcloughlin, S.B. / Rigoreau, L.J.M. / Smith, J.M. / St-Gallay, S. / Stock, J.K. / Turnbull, A.P. / Wheatley, E.R. / Winter, J. / Wingfield, J.
履歴
登録2015年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.occupancy / _chem_comp.mon_nstd_flag ..._atom_site.occupancy / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5875
ポリマ－59,6941
非ポリマー8934
水1,47782
1
A: 6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE 3
ヘテロ分子

A: 6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,17310
ポリマ－119,3882
非ポリマー1,7858
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
Buried area7890 Å2
ΔGint-44.1 kcal/mol
Surface area38390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.282, 102.282, 259.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2067-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE 3 / 6PF-2-K/FRU-2 / 6-P2ASE 3 / PFK/FBPASE 3 / 6PF-2-K/FRU-2 / 6-P2AS E BRAIN/PLACENTA-TYPE ISOZYME / ...6PF-2-K/FRU-2 / 6-P2ASE 3 / PFK/FBPASE 3 / 6PF-2-K/FRU-2 / 6-P2AS E BRAIN/PLACENTA-TYPE ISOZYME / RENAL CARCINOMA ANTIGEN NY-REN-56 / IPFK-2 / HUMAN PFKFB3


分子量: 59694.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q16875, 6-phosphofructo-2-kinase, 6-phosphofructo-2-kinase, fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase
#4: 糖 ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructose / 6-O-phosphono-D-fructose / 6-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 85分子

#2: 化合物 ChemComp-PHS / PHOSPHONIC ACID / ホスホン酸


分子量: 81.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H3O3P
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-FD9 / (2S)-N-[4-[3-cyano-1-[(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)methyl]indol-5-yl]oxyphenyl]pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 455.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H25N5O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2M SODIUM MALONATE, 18W/V% PEG3350 AND 0.1 M PCTP BUFFER PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / タイプ: DIAMOND / 波長: 0.97628
検出器タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 323057 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 84.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.58→2.67 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.58→47.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9464 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU R Cruickshank DPI: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.298 / SU Rfree Blow DPI: 0.2 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.198
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2065 1328 5.07 %RANDOM
Rwork0.1982 ---
obs0.1986 26171 99.92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 78.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8804 Å20 Å20 Å2
2---1.8804 Å20 Å2
3---3.7607 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.415 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→47.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3479 0 59 82 3620
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093633HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.044943HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1256SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes85HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes529HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3633HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.92
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion473SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4134SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.69 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2542 165 5.7 %
Rwork0.2386 2728 -
all0.2395 2893 -
obs--99.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -30.5214 Å / Origin y: -27.8698 Å / Origin z: -9.0755 Å
111213212223313233
T-0.0265 Å2-0.0287 Å20.0246 Å2--0.2539 Å20.0165 Å2---0.2407 Å2
L1.23 °20.0518 °2-0.14 °2-1.2642 °2-0.1484 °2--1.3008 °2
S0.0386 Å °-0.0852 Å °-0.1262 Å °0.3985 Å °-0.1714 Å °0.0525 Å °0.2938 Å °-0.0148 Å °0.1327 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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