PDB-5ain: Varenicline Interactions at the 5HT3 Receptor Ligand Binding Site...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ain

タイトル

Varenicline Interactions at the 5HT3 Receptor Ligand Binding Site are Revealed by 5HTBP

要素

SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

キーワード

SEROTONIN BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / response to nicotine / neuron projection / synapse / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Price, K.L. / Lillestol, R. / Ulens, C. / Lummis, S.C.

引用

ジャーナル: Acs Chem Neurosci / 年: 2015
タイトル: Varenicline Interactions at the 5-Ht3 Receptor Ligand Binding Site are Revealed by 5-Htbp.
著者: Price, K.L. / Lillestol, R.K. / Ulens, C. / Lummis, S.C.R.

履歴

登録	2015年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ain.cif.gz	432.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ain.ent.gz	360.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ain.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ain_validation.pdf.gz	474.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ain_full_validation.pdf.gz	490.6 KB	表示
XML形式データ	5ain_validation.xml.gz	44.9 KB	表示
CIF形式データ	5ain_validation.cif.gz	61.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/5ain ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/5ain	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2br7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qkk-2 5oal-1 2br7-d 4aft-d 6sgv-2 4bqt-d 2xys-d 2y58-d 2xyt-2 2w8f-1 5lxb-1 2y57-d 6qkk-1 5oal-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

ヘテロ分子

122 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.794, 72.794, 479.221
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, -0.029, -0.004), (-0.024, 0.725, 0.689), (-0.017, 0.689, -0.725)
ベクター: 52.963, 0.539, 0.403)

#1: タンパク質	SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR / 5HTBP 分子量: 24098.914 Da / 分子数: 5 / 断片: SEROTONIN BINDING PROTEIN, UNP RESIDUES 20-231 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物) プラスミド: PFASTBAC 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q8WSF8
#2: 化合物	ChemComp-QMR / VARENICLINE / バレニクリン分子量: 211.262 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₃N₃ / コメント: 薬剤, アゴニスト*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.31 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→48.99 Å / Num. obs: 58174 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 45.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BR7

2br7

解像度: 2.3→47.293 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2236	2943	5.1 %
R_work	0.1624	-	-
obs	0.1655	58031	98.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.293 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8249	0	80	493	8822

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8599
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.082	11738
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.642	3150
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	1315
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1504

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3377	0.2938	140	0.2381	2585	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3377-2.378	0.2668	137	0.2353	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.378-2.4213	0.3059	140	0.2295	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4213-2.4678	0.3348	138	0.2315	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4678-2.5182	0.2912	156	0.2231	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5182-2.573	0.2969	148	0.2176	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.573-2.6328	0.2895	141	0.2111	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.6986	0.2665	161	0.2021	2605	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6986-2.7716	0.2737	123	0.1912	2597	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7716-2.8531	0.271	152	0.187	2585	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8531-2.9452	0.2517	146	0.187	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9452-3.0505	0.2749	170	0.1893	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0505-3.1726	0.2558	137	0.1801	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1726-3.3169	0.2317	126	0.1683	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3169-3.4917	0.212	134	0.157	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4917-3.7104	0.2574	123	0.1507	2642	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7104-3.9968	0.1804	152	0.1429	2623	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9968-4.3987	0.1833	136	0.1211	2614	X-RAY DIFFRACTION	96
4.3987-5.0346	0.1559	126	0.1133	2615	X-RAY DIFFRACTION	95
5.0346-6.3407	0.1891	126	0.1485	2663	X-RAY DIFFRACTION	94
6.3407-47.3029	0.2013	131	0.1659	2709	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7439	0.1194	0.423	0.6794	0.511	2.4119	-0.1019	-0.2782	0.0952	0.1898	0.0457	0.1112	0.0625	-0.4645	0.0493	0.3004	0.0787	0.0231	0.5148	0.1198	0.3591	10.6422	-34.0689	-9.5993
2	1.0161	0.0856	0.1433	2.1108	-0.2114	2.549	-0.0301	-0.0422	0.0435	0.0934	-0.0738	-0.157	-0.0545	0.2386	0.1035	0.1894	0.0816	-0.0284	0.4119	0.0519	0.2858	36.0469	-27.2878	-14.9524
3	1.2594	0.8483	0.2381	1.4478	-0.2555	2.6303	-0.0544	0.146	0.0135	0.0238	-0.0855	-0.2097	-0.0192	0.4078	0.1264	0.1766	0.0416	0.0019	0.5288	0.1058	0.3302	37.8968	-22.634	-41.1786
4	2.2264	-0.6994	0.4104	2.69	-0.3162	1.9238	-0.0002	0.2656	0.1185	-0.0829	0.0422	0.0259	0.0755	-0.1817	-0.0321	0.2222	-0.0218	0.0321	0.5115	0.0703	0.2421	13.9483	-26.6338	-51.8705
5	1.8725	-0.7283	-0.2665	1.8512	-0.2171	2.0564	-0.1079	-0.1069	-0.1141	0.0806	0.1859	0.272	0.1673	-0.598	-0.0681	0.2659	-0.0818	-0.0192	0.6692	0.1124	0.3559	-3.1054	-33.5288	-32.4358

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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