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万見
- PDB-5ai3: X-ray structure of 113Cd-substituted Perdeuterated Pyrococcus fur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ai3
タイトルX-ray structure of 113Cd-substituted Perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin to 1.02A resolution at 295K in a quartz capillary
要素RUBREDOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / PERDEUTERATED
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 ...Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.02 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Mitchell, E.P.
引用ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2016
タイトル: Macromolecular Structure Phasing by Neutron Anomalous Diffraction.
著者: Cuypers, M.G. / Mason, S.A. / Mossou, E. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T. / Mitchell, E.P.
履歴
登録2015年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Atomic model
改定 1.22016年8月24日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RUBREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1442
ポリマ－6,0321
非ポリマー1121
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.443, 35.141, 43.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RUBREDOXIN


分子量: 6031.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: PERDEUTERATED, 113-CD SUBSTITUTED, CARBOXYLIC DEUTERONS
由来: (天然) PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌) / 参照: UniProt: P24297
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.42 %
解説: DATA IS ONLY 82.7 PERCENT COMPLETE DUE TO INTEGRATION OF VALID REFLECTIONS ON THE CORNERS OF THE DETECTOR.
結晶化pH: 6.5
詳細: 3.8 M NAH2PO4, 3.8M K2HPO4 IN MORE THAN 99.7 PERCENT PURE D2O, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9792
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.02→43.78 Å / Num. obs: 25412 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 11.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 1.02→1.08 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 82.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.02→27.406 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 10.61 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ALTERNATE CONFORMATION RESITUES ARE NOT REFINED WITH ANISOTROPIC ADP
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1264 2400 5.1 %
Rwork0.1065 --
obs0.1075 25412 90.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.02→27.406 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数421 0 1 108 530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.024474
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.365642
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.204181
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0963
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00887
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.02-1.04080.27171370.2612351X-RAY DIFFRACTION81
1.0408-1.06350.25191100.22532390X-RAY DIFFRACTION82
1.0635-1.08820.20791250.20452400X-RAY DIFFRACTION82
1.0882-1.11540.16771200.17452427X-RAY DIFFRACTION82
1.1154-1.14560.1261450.14362422X-RAY DIFFRACTION84
1.1456-1.17930.14461240.11262505X-RAY DIFFRACTION86
1.1793-1.21730.12091450.09942522X-RAY DIFFRACTION86
1.2173-1.26080.09051380.08722585X-RAY DIFFRACTION88
1.2608-1.31130.10251630.08192662X-RAY DIFFRACTION93
1.3113-1.3710.0791540.07832766X-RAY DIFFRACTION94
1.371-1.44330.08741530.06872794X-RAY DIFFRACTION96
1.4433-1.53370.08471290.06982887X-RAY DIFFRACTION98
1.5337-1.65210.09041360.06962879X-RAY DIFFRACTION98
1.6521-1.81830.08161820.08192787X-RAY DIFFRACTION97
1.8183-2.08140.1021330.08732899X-RAY DIFFRACTION99
2.0814-2.6220.11571530.10192900X-RAY DIFFRACTION99
2.622-27.41590.17151530.13072866X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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