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- PDB-5agq: Solution structure of the TAM domain of human TIP5 BAZ2A involved... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5agq
タイトルSolution structure of the TAM domain of human TIP5 BAZ2A involved in epigenetic regulation of rRNA genes
要素BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2A
キーワードTRANSCRIPTION / TAM DOMAIN / TIP5/BAZ2A / PROTEIN RNA INTERACTION / EPIGENETICS / RRNA GENE SILENCING
機能・相同性
機能・相同性情報


NoRC complex / : / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / heterochromatin formation / nuclear receptor binding / lysine-acetylated histone binding ...NoRC complex / : / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / heterochromatin formation / nuclear receptor binding / lysine-acetylated histone binding / NoRC negatively regulates rRNA expression / histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / WHIM1 domain / WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1 / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif ...Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / WHIM1 domain / WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1 / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / PHD-finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / ARIA2, CNS
データ登録者Anosova, I. / Melnik, S. / Tripsianes, K. / Kateb, F. / Grummt, I. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: A Novel RNA Binding Surface of the Tam Domain of Tip5/Baz2A Mediates Epigenetic Regulation of Rrna Genes.
著者: Anosova, I. / Melnik, S. / Tripsianes, K. / Kateb, F. / Grummt, I. / Sattler, M.
履歴
登録2015年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年6月10日Group: Database references
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status ...atom_site / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4171
ポリマ－13,4171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200BEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2A / TRANSCRIPTION TERMINATION FACTOR I-INTERACTING PROTEIN 5 / TTF-I-INTERACTING PROTEIN 5 / TIP5 / ...TRANSCRIPTION TERMINATION FACTOR I-INTERACTING PROTEIN 5 / TTF-I-INTERACTING PROTEIN 5 / TIP5 / HWALP3 / HUMAN TIP5 BAZ2A


分子量: 13417.299 Da / 分子数: 1 / 断片: TAM DOMAIN, RESIDUES 543-650 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UIF9
配列の詳細RESIDUE NUMBERING ACCORDING TO ISOFORM 1. N-TERMINAL RESIDUES GLY-ALA-MET-GLU ARE ADDED BY CLONING ...RESIDUE NUMBERING ACCORDING TO ISOFORM 1. N-TERMINAL RESIDUES GLY-ALA-MET-GLU ARE ADDED BY CLONING AND REMAIN AFTER EXPRESSION TAG REMOVAL WITH TOBACCO ETCH VIRUS (TEV) PROTEASE.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-HSQC
12113C-HSQC
131HN(CA)CB
141HN(CO)CACB
151CC(CO)NH- TOCSY
161(H)CCH-TOCSY
17115N- EDITED 3D NOESY
18113C- EDITED 3D NOESY (ALIPHATICS)
19113C-EDITED 3D NOESY (AROMATICS)
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED TIP5-TAM DOMAIN. THE SOLUTION STRUCTURE WAS DEFINED BASED ON 2732 DISTANCE RESTRAINTS, DERIVED FROM ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED TIP5-TAM DOMAIN. THE SOLUTION STRUCTURE WAS DEFINED BASED ON 2732 DISTANCE RESTRAINTS, DERIVED FROM CYANA 3.0, TORSION ANGLE RESTRAINTS AND TWO SETS OF RDCS FROM TWO DIFFERENT ALIGNMENT MEDIA. VALIDATION PERFORMED WITH ICING WEB, PROCHECK AND WHATCHECK.

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試料調製

詳細内容: 20MM SODIUM PHOSPHATE PH 7. 0, 50MM NACL, 1MM DTT, 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 7.0 / 圧: 1.0 atm / 温度: 293.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE, JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON, WARREN精密化
Sparky構造決定
CYANA3構造決定
精密化手法: ARIA2, CNS / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: BEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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