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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ag1 | |||||||||
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タイトル | DyP-type peroxidase of Auricularia auricula-judae (AauDyPI) with meso- nitrated heme | |||||||||
![]() | DYE-DECOLORIZING PEROXIDASE | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DYP / FUNGAL / HEME / GLYCOPROTEIN / NITRATION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() dye decolorizing peroxidase / lactoperoxidase activity / peroxidase / peroxidase activity / heme binding / extracellular region / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Strittmatter, E. / Piontek, K. / Plattner, D.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic Trapping of a Covalently Modified Heme in a Dye-Decolorizing Peroxidase 著者: Strittmatter, E. / Piontek, K. / Plattner, D.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 202.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 161 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 46805.855 Da / 分子数: 2 / 断片: DYP-TYPE PEROXIDASE DOMAIN, RESIDUES 64-509 / 由来タイプ: 天然 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM), ACCESS NUMBER DSM 11326 由来: (天然) ![]() |
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-糖 , 2種, 5分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 6種, 908分子 ![](data/chem/img/CAC.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/N7H.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/NO2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/N7H.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/NO2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-FMT / | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | DELTA-MESO NITROHEME (N7H): IRON PROTOPORPH配列の詳細 | PRECURSOR SEQUENCE IN GENBANK WITH PROLONGED N-TERMINUS. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 0.17 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, 0.085 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 25% (W/V) PEG 8000, 15% (V/V) GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.939 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→44.57 Å / Num. obs: 75411 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.11 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 91.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4AU9 解像度: 1.85→44.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 3.131 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY PROTEIN WAS TREATED WITH PROLI NONOATE AND PERACETIC ACID PRIOR TO CRYSTALLIZATION.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.212 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→44.57 Å
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拘束条件 |
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