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- PDB-5aec: Type II Baeyer-Villiger monooxygenase.The oxygenating constituent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aec
タイトルType II Baeyer-Villiger monooxygenase.The oxygenating constituent of 3,6-diketocamphane monooxygenase from CAM plasmid of Pseudomonas putida in complex with FMN.
要素3,6-DIKETOCAMPHANE 1,6 MONOOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / BIOCATALYSIS / FLAVIN MONOOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


3,6-diketocamphane 1,2-monooxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
Luciferase-like domain / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6-diketocamphane 1,6-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Isupov, M.N. / Schroeder, E. / Gibson, R.P. / Beecher, J. / Donadio, G. / Saneei, V. / Dcunha, S. / McGhie, E.J. / Sayer, C. / Davenport, C.F. ...Isupov, M.N. / Schroeder, E. / Gibson, R.P. / Beecher, J. / Donadio, G. / Saneei, V. / Dcunha, S. / McGhie, E.J. / Sayer, C. / Davenport, C.F. / Lau, P.C. / Hasegawa, Y. / Iwaki, H. / Kadow, M. / Loschinski, K. / Bornscheuer, U.T. / Bourenkov, G. / Littlechild, J.A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: The Oxygenating Constituent of 3,6-Diketocamphane Monooxygenase from the Cam Plasmid of Pseudomonas Putida: The First Crystal Structure of a Type II Baeyer-Villiger Monooxygenase.
著者: Isupov, M.N. / Schroder, E. / Gibson, R.P. / Beecher, J. / Donadio, G. / Saneei, V. / Dcunha, S.A. / Mcghie, E.J. / Sayer, C. / Davenport, C.F. / Lau, P.C. / Hasegawa, Y. / Iwaki, H. / Kadow, ...著者: Isupov, M.N. / Schroder, E. / Gibson, R.P. / Beecher, J. / Donadio, G. / Saneei, V. / Dcunha, S.A. / Mcghie, E.J. / Sayer, C. / Davenport, C.F. / Lau, P.C. / Hasegawa, Y. / Iwaki, H. / Kadow, M. / Balke, K. / Bornscheuer, U.T. / Bourenkov, G. / Littlechild, J.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Ncs-Constrained Exhaustive Search Using Oligomeric Models.
著者: Isupov, M.N. / Lebedev, A.A.
履歴
登録2015年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2015年9月9日ID: 2WGK
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3,6-DIKETOCAMPHANE 1,6 MONOOXYGENASE
B: 3,6-DIKETOCAMPHANE 1,6 MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,87023
ポリマ－84,7262
非ポリマー2,14421
水14,376798
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11440 Å2
ΔGint-137.2 kcal/mol
Surface area27600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.963, 93.317, 161.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.10255, 0.94555, 0.3089), (0.94711, -0.18774, 0.26026), (0.30408, 0.26588, -0.91479)
ベクター: -38.55143, 19.5296, 79.14034)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 3,6-DIKETOCAMPHANE 1,6 MONOOXYGENASE / 3 / 6-DKCMO / 3 / 6-DIKETOCAMPHANE 1 / 6-MONOOXYGENASE OXYGENATING SUBUNIT / BAEYER-VILLIGER ...3 / 6-DKCMO / 3 / 6-DIKETOCAMPHANE 1 / 6-MONOOXYGENASE OXYGENATING SUBUNIT / BAEYER-VILLIGER MONOOXYGENASE / CAMPHOR 1 / 6-MONOOXYGENASE / BVMO / TYPE II BAEYER-VILLIGER MONOOXYGENASE


分子量: 42362.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE OXYGENATING CONSTITUENT OF 3,6-DIKETOCAMPHANE MONOOXYGENASE FROM CAM PLASMID OF PSEUDOMONAS PUTIDA
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 株: NCIMB 10007 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: D7UER1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: D7UER1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

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非ポリマー , 5種, 819分子

#2: 化合物 ChemComp-PIN / PIPERAZINE-N,N'-BIS(2-ETHANESULFONIC ACID) / PIPES / 1,4-PIPERAZINEDIETHANESULFONIC ACID / PIPES


分子量: 302.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O6S2 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 798 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 50 MM PIPES PH 6.5, 50 % SATURATION AMMONIUM SULPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8443
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8443 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→20.44 Å / Num. obs: 62419 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 88.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
CCP4位相決定
REFMAC5.8.0131精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LUC

1luc


解像度: 1.93→80.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 4.641 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22139 3097 5 %RANDOM
Rwork0.17138 ---
obs0.17388 59253 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.03 Å20 Å20 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---1.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→80.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5779 0 126 798 6703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196617
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.026309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.9679059
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.177314662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.735870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.75723.589326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.807151160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0351550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021565
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2356.1943070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2386.1883069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.78310.3333867
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5597.4323547
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.933→1.983 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 196 -
Rwork0.281 3878 -
obs--88.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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