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- PDB-5abk: Structure of the N-terminal domain of the metalloprotease PrtV fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5abk
タイトルStructure of the N-terminal domain of the metalloprotease PrtV from Vibrio cholerae
要素METALLOPROTEASE
キーワードHYDROLASE / VIBRIO CHOLERAE / PRTV / N-TERMINAL DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metallopeptidase activity / killing of cells of another organism / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Immune inhibitor A-like metallopeptidase, VEG domain / Immune inhibitor A-like, MAM domain / Peptidase M6-like, domain / Peptidase M6, InhA / Immune inhibitor A peptidase M6, catalytic domain / PKD domain / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain ...: / Immune inhibitor A-like metallopeptidase, VEG domain / Immune inhibitor A-like, MAM domain / Peptidase M6-like, domain / Peptidase M6, InhA / Immune inhibitor A peptidase M6, catalytic domain / PKD domain / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Pre-pro-metalloprotease PrtV
類似検索 - 構成要素
生物種VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌)
手法溶液NMR / CYANA 2.1
データ登録者Persson, C. / Mayzel, M. / Edwin, A. / Wai, S.N. / Ohman, A. / Sauer-Eriksson, A.E. / Karlsson, G.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Structure of the N-Terminal Domain of the Metalloprotease Prtv from Vibrio Cholerae.
著者: Edwin, A. / Persson, C. / Mayzel, M. / Wai, S.N. / Ohman, A. / Karlsson, B.G. / Sauer-Eriksson, A.E.
履歴
登録2015年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22016年1月27日Group: Database references
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status ...atom_site / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METALLOPROTEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3621
ポリマ－9,3621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 METALLOPROTEASE / METALLOPROTEASE PRTV


分子量: 9361.891 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 23-103 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / プラスミド: PET1A-TRXA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: C3NY08, UniProt: Q9KMU6*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111BACKBONE EXPS
121NOE EXPS
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 20MM PI, PH 7.0, 10% D2O
試料状態pH: 7 / 温度: 283.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
CcpNmr Analysis構造決定
精密化手法: CYANA 2.1 / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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