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万見
- PDB-5aaz: TBK1 recruitment to cytosol-invading Salmonella induces anti- bac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aaz
タイトルTBK1 recruitment to cytosol-invading Salmonella induces anti- bacterial autophagy
要素OPTINEURIN
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


parkin-mediated stimulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / Golgi ribbon formation / negative regulation of receptor recycling / cell death / protein localization to Golgi apparatus / positive regulation of xenophagy / Golgi to plasma membrane protein transport / TBC/RABGAPs / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TNFR1-induced proapoptotic signaling ...parkin-mediated stimulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / Golgi ribbon formation / negative regulation of receptor recycling / cell death / protein localization to Golgi apparatus / positive regulation of xenophagy / Golgi to plasma membrane protein transport / TBC/RABGAPs / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TNFR1-induced proapoptotic signaling / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / Golgi organization / autophagosome / polyubiquitin modification-dependent protein binding / cellular response to unfolded protein / positive regulation of autophagy / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / trans-Golgi network / autophagy / recycling endosome membrane / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / protein-macromolecule adaptor activity / defense response to Gram-negative bacterium / Golgi membrane / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
C2H2 type zinc-finger / NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / NF-kappa-B essential modulator NEMO / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. / NF-kappa-B essential modulator NEMO, CC2-LZ domain / Leucine zipper of domain CC2 of NEMO, NF-kappa-B essential modulator
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / CNS
データ登録者Thurston, T.l. / Allen, M.D. / Ravenhill, B. / Karpiyevitch, M. / Bloor, S. / Kaul, A. / Matthews, S. / Komander, D. / Holden, D. / Bycroft, M. / Randow, F.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2016
タイトル: Recruitment of Tbk1 to Cytosol-Invading Salmonella Induces Wipi2-Dependent Antibacterial Autophagy.
著者: Thurston, T.L. / Boyle, K.B. / Allen, M. / Ravenhill, B.J. / Karpiyevich, M. / Bloor, S. / Kaul, A. / Noad, J. / Foeglein, A. / Matthews, S.A. / Komander, D. / Bycroft, M. / Randow, F.
履歴
登録2015年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OPTINEURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5882
ポリマ－3,5221
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20NO VIOLATIONS
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド OPTINEURIN / E3-14.7K-INTERACTING PROTEIN / FIP-2 / HUNTINGTIN YEAST PARTNER L / HUNTINGTIN-INTERACTING PROTEIN ...E3-14.7K-INTERACTING PROTEIN / FIP-2 / HUNTINGTIN YEAST PARTNER L / HUNTINGTIN-INTERACTING PROTEIN 7 / HIP-7 / HUNTINGTIN-INTERACTING PROTEIN L / NEMO-RELATED PROTEIN / OPTIC NEUROPATHY-INDUCING PROTEIN / TRANSCRIPTION FACTOR IIIA-INTERACTING PROTEIN / TFIIIA-INTP


分子量: 3522.147 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDES 548-577 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: HLTV PLASMID / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q96CV9
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131DQF-COSY
141HSQC
151HN(CA)CB
161CBCA(CO)NH
171HNCO
181HN(CA)CO
191HNHB
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 95% WATER/5% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM / pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 293.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
ANSIG構造決定
CNS構造決定
精密化手法: CNS / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO VIOLATIONS / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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