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万見
- PDB-5a86: Structure of pregnane X receptor in complex with a Sphingosine 1-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a86
タイトルStructure of pregnane X receptor in complex with a Sphingosine 1- Phosphate Receptor 1 Antagonist
要素
  • NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 1
  • NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP I MEMBER 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / PXR LIGAND / PXR AGONIST / CYP3A4 INDUCTION / NUCLEAR RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to molecule of bacterial origin / intestinal epithelial structure maintenance / intermediate filament cytoskeleton / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / xenobiotic transport / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / hypothalamus development ...cellular response to molecule of bacterial origin / intestinal epithelial structure maintenance / intermediate filament cytoskeleton / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / xenobiotic transport / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / hypothalamus development / male mating behavior / steroid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / xenobiotic catabolic process / response to retinoic acid / progesterone receptor signaling pathway / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cellular response to hormone stimulus / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / estrous cycle / intracellular receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / xenobiotic metabolic process / positive regulation of neuron differentiation / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / hippocampus development / response to progesterone / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear estrogen receptor binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / male gonad development / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / response to estradiol / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / cell differentiation / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / nuclear body / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : ...Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / : / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D7E / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2 / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Xue, Y. / Oster, L.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Identification and Optimization of Benzimidazole Sulfonamides as Orally Bioavailable Sphingosine 1-Phosphate Receptor 1 Antagonists with in Vivo Activity.
著者: Hennessy, E.J. / Oza, V.B. / Adam, A. / Byth, K. / Castriotta, L. / Grewal, G. / Hamilton, G. / Kamhi, V.M. / Lewis, P. / Li, D. / Lyne, P.D. / Oster, L. / Rooney, M.T. / Saeh, J.C. / Sha, L. ...著者: Hennessy, E.J. / Oza, V.B. / Adam, A. / Byth, K. / Castriotta, L. / Grewal, G. / Hamilton, G. / Kamhi, V.M. / Lewis, P. / Li, D. / Lyne, P.D. / Oster, L. / Rooney, M.T. / Saeh, J.C. / Sha, L. / Su, Q. / Wen, S. / Xue, Y. / Yang, B.
履歴
登録2015年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP I MEMBER 2
B: NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP I MEMBER 2
C: NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 1
D: NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1826
ポリマ－76,3184
非ポリマー8642
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-34.9 kcal/mol
Surface area28480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.670, 89.200, 106.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP I MEMBER 2 / ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR PAR1 / ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR PXR / PREGNANE X RECEPTOR / STEROID AND ...ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR PAR1 / ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR PXR / PREGNANE X RECEPTOR / STEROID AND XENOBIOTIC RECEPTOR / SXR / STEROID RECEPTOR COACTIVATOR 1


分子量: 36136.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O75469
#2: タンパク質・ペプチド NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 1 / NCOA-1 / CLASS E BASIC HELIX-LOOP-HELIX PROTEIN 74 / BHLHE74 / PROTEIN HIN-2 / RIP160 / RENAL ...NCOA-1 / CLASS E BASIC HELIX-LOOP-HELIX PROTEIN 74 / BHLHE74 / PROTEIN HIN-2 / RIP160 / RENAL CARCINOMA ANTIGEN NY-REN-52 / STEROID RECEPTOR COACTIVATOR 1 / SRC-1 / STEROID RECEPTOR COACTIVATOR 1


分子量: 2022.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-D7E / 4-chloro-N-[(1R)-1-[1-ethyl-6-(trifluoromethyl)benzimidazol-2-yl]ethyl]benzenesulfonamide / N-((R)-1-(1-エチル-6-トリフルオロメチル-1H-ベンゾイミダゾ-ル-2-イル)エチル)-4-クロロベンゼ(以下略)


分子量: 431.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17ClF3N3O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / タイプ: ESRF / 波長: 0.9395
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→45.74 Å / Num. obs: 37577 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 49.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.25→14.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9242 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9175 / SU R Cruickshank DPI: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.297 / SU Rfree Blow DPI: 0.215 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.213
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2555 1877 5.01 %RANDOM
Rwork0.2306 ---
obs0.2319 37467 97.62 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6202 Å20 Å20 Å2
2---2.5639 Å20 Å2
3---1.9436 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.356 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→14.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4724 0 56 301 5081
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084883HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.96578HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1759SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes121HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes687HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4883HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion613SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5950SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3353 152 5.1 %
Rwork0.3242 2826 -
all0.3248 2978 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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