PDB-5a5c: Structure of an engineered neuronal LRRTM2 adhesion molecule

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a5c

タイトル

Structure of an engineered neuronal LRRTM2 adhesion molecule

要素

LRRTM

キーワード

SIGNALING PROTEIN / LRRTM / SYNAPSE / ADHESION / LEUCINE RICH REPEAT / NEUREXIN

機能・相同性

Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.097 Å

データ登録者

Paatero, A. / Rosti, K. / Shkumatov, A.V. / Brunello, C. / Kysenius, K. / Huttunen, H. / Kajander, T.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of an Engineered LRRTM2 Synaptic Adhesion Molecule and a Model for Neurexin Binding.
著者: Anja Paatero / Katja Rosti / Alexander V Shkumatov / Celeste Sele / Cecilia Brunello / Kai Kysenius / Prosanta Singha / Ville Jokinen / Henri Huttunen / Tommi Kajander /

要旨: Synaptic adhesion molecules are key components in development of the brain, and in the formation of neuronal circuits, as they are central in the assembly and maturation of chemical synapses. Several ...

履歴

登録	2015年6月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月17日	Group: Source and taxonomy
改定 1.2	2016年3月2日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a5c.cif.gz	739.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a5c.ent.gz	629.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a5c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/5a5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/5a5c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	SASDBG3C SASDBH3C 3m18S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zyn-1 4h7a-d 5mx1-2 5mfl-3 3zyn-2 5ve3-2 6k1c-d 4v2e-2 5z8x-2 5cmp-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LRRTM

B: LRRTM

C: LRRTM

D: LRRTM

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: LRRTM

ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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2

B: LRRTM

ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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3

C: LRRTM

ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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4

D: LRRTM

ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	235.994, 57.324, 144.451
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.49, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	LRRTM 分子量: 40046.391 Da / 分子数: 4 / 断片: LEUCINE RICH REPEAT DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 細胞株 (発現宿主): 9 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月7日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 102458 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.35 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.11
反射シェル	解像度: 2.1→2.22 Å / 冗長度: 4.32 % / R_merge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M18

3m18

解像度: 2.097→44.737 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2356	5077	5 %
R_work	0.1954	-	-
obs	0.1973	102336	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.816 Å² / k_sol: 0.347 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.223 Å²	0 Å²	-5.6679 Å²
2-	-	24.9514 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.7284 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.097→44.737 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10257	0	0	421	10678

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	10491
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.684	14279
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.613	3771
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	1681
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	1859

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.097-2.1208	0.5013	149	0.4803	2913	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1208-2.1458	0.4345	188	0.3983	3141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1458-2.1719	0.4333	178	0.3826	3200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1719-2.1994	0.4459	176	0.3761	3265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1994-2.2284	0.3879	153	0.3363	3182	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2284-2.2589	0.3888	162	0.3223	3254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2589-2.2911	0.3425	176	0.302	3271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2911-2.3253	0.3337	157	0.2705	3190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3253-2.3617	0.309	162	0.2431	3250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3617-2.4004	0.299	158	0.2571	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4004-2.4418	0.3474	158	0.2487	3227	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4418-2.4862	0.2926	171	0.2339	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4862-2.534	0.2956	162	0.2192	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.5857	0.2882	176	0.2238	3262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5857-2.6419	0.2796	166	0.2253	3219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6419-2.7034	0.2634	177	0.2143	3245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7034-2.771	0.2552	162	0.2042	3239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.771-2.8459	0.2557	172	0.2125	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8459-2.9296	0.2466	170	0.2079	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9296-3.0242	0.2711	173	0.2073	3298	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0242-3.1322	0.2616	169	0.227	3208	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1322-3.2576	0.2635	174	0.2069	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2576-3.4058	0.2119	172	0.1969	3265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4058-3.5853	0.2386	170	0.1925	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5853-3.8098	0.2057	171	0.1743	3275	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8098-4.1038	0.1758	170	0.1472	3276	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1038-4.5164	0.182	173	0.1375	3263	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5164-5.1691	0.1608	176	0.1328	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1691-6.5093	0.1905	175	0.1598	3299	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5093-44.747	0.1994	181	0.1706	3433	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6182	-0.3137	0.2286	0.1764	-0.1268	0.0611	0.1593	0.5139	-0.129	0.0606	-0.2749	0.055	0.0805	-0.3687	-0.008	0.3273	-0.0614	-0.0075	0.8727	-0.1989	0.3258	-60.376	-22.7914	-47.5889
2	1.1759	-1.5713	0.1635	3.1604	-1.0382	0.7779	0.1858	0.0393	0.219	-0.7755	-0.127	-0.5176	0.341	-0.1083	-0.0152	0.4615	0.046	-0.0132	0.8108	-0.1113	0.3877	-48.1951	-21.3095	-53.8983
3	1.3508	-0.0123	0.8456	-0.013	0.0268	1.07	0.014	0.2216	0.1921	0.0052	-0.042	-0.0943	0.0797	-0.2456	0.0036	0.3094	0.0029	0.0239	0.2826	-0.026	0.3621	-35.2603	-12.7577	-37.584
4	0.7873	-0.0532	0.0131	0.6589	-0.2704	0.6247	-0.0174	-0.73	0.0203	0.1966	-0.0194	-0.0651	0.0242	0.0861	-0.0288	0.4003	0.0197	-0.015	0.3868	-0.0868	0.3339	-22.7022	-15.2062	-9.7189
5	0.5439	-0.1526	-0.1548	0.6775	0.2813	0.1174	0.1426	0.5842	-0.0143	-0.1234	-0.1989	0.0295	-0.0681	-0.2589	-0.0013	0.3605	0.1394	0.016	0.711	0.0925	0.297	8.4859	-8.2877	-69.0931
6	0.5258	-0.0316	-0.7162	0.3859	-0.3064	1.2785	0.0151	0.5225	-0.0463	-0.026	-0.1659	0.0831	-0.0533	-0.2713	0.0002	0.2875	0.038	0.0099	0.4544	-0.0458	0.3412	-4.6465	-17.4924	-53.4517
7	0.6731	0.0202	-0.2793	0.6758	0.456	0.8341	-0.0479	-0.0756	0.1085	0.0777	-0.0172	-0.0652	-0.0197	0.2646	-0.0023	0.3046	0.0762	0.0203	0.1364	0.0329	0.2683	-1.1437	-19.1864	-25.6251
8	0.2652	-0.3445	-0.2127	0.3785	0.2294	0.2377	-0.1206	-0.1502	0.0731	0.1149	-0.241	-0.1437	-0.2717	0.2601	-0.0025	0.4552	-0.0071	-0.0292	0.5183	-0.0562	0.3168	4.9517	-8.0384	-8.3872
9	0.3375	-0.0165	-0.2098	0.0079	-0.0931	0.8695	0.0127	0.121	0.2387	0.072	-0.0815	0.058	-0.5021	-0.4013	-0.0015	0.5729	0.1392	-0.007	0.3482	-0.0009	0.4664	-4.1533	6.1597	-37.5639
10	0.9656	-0.5083	-1.1314	1.0758	0.6198	1.3214	0.0312	-0.0208	-0.0066	0.0013	-0.0836	-0.1297	-0.1205	0.4668	0.0001	0.2775	-0.0297	-0.0242	0.2735	0.0869	0.3135	16.0276	-3.4047	-44.063
11	2.2417	-0.4748	-0.9672	1.2151	0.0149	0.8909	-0.2168	0.1691	-0.3563	0.0749	-0.0277	0.1233	-0.0948	0.0586	-0.0469	0.2157	0.0328	0.0525	0.3319	0.0579	0.4366	22.1079	-30.0484	-55.984
12	0.0785	-0.0738	-0.0036	0.1649	0.1509	0.2295	-0.2932	0.4572	0.0706	-0.2258	0.1182	0.2063	-0.3803	-0.0743	0.009	0.3252	-0.0622	0.0249	0.6725	-0.1981	0.7629	17.933	-44.7145	-69.9228
13	1.1451	0.2746	0.4888	0.3127	-0.3743	1.0636	0.1828	0.3247	-0.3082	0.1907	-0.1108	-0.1026	0.4969	0.2228	0.0241	0.6108	0.0181	-0.0395	0.3058	-0.1157	0.5006	-33.0415	-37.3202	-30.4461
14	1.2071	-0.9845	0.6707	1.1275	-0.5771	0.9225	0.0466	-0.3365	-0.0142	0.3251	-0.0793	0.0165	0.1557	-0.7325	-0.0017	0.4617	-0.1331	0.0435	0.4946	-0.0681	0.3026	-52.0975	-26.0051	-22.2081
15	1.8214	-0.0773	-0.1173	1.6945	-0.5999	0.49	-0.3097	0.0984	0.5555	0.4212	0.1062	-0.1508	-0.1245	-0.5425	-0.0562	0.3747	0.1377	-0.0454	0.6625	-0.1125	0.4331	-63.0235	-1.0309	-29.5991
16	2.164	-0.8029	-0.2541	3.0032	-1.5043	2.2181	0.1365	0.9241	0.2079	-0.3776	0.1703	-0.2327	-0.1227	0.0167	-0.8398	0.556	0.0899	-0.0026	1.152	0.3351	0.5374	-70.4408	11.4197	-44.8104

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:64)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 65:76)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 77:235)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 236:330)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID -1:69)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 70:181)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 182:302)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 303:330)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND RESID 1:60)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN C AND RESID 61:190)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 191:315)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN C AND RESID 316:329)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN D AND RESID 1:72)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN D AND RESID 73:196)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN D AND RESID 197:311)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN D AND RESID 312:329)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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