PDB-5a4d: Crystal structure of the chloroplastic gamma-ketol reductase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a4d

タイトル

Crystal structure of the chloroplastic gamma-ketol reductase from Arabidopsis thaliana bound to 13KOTE and NADP

要素

PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GAMMA-KETOL REDUCTASE / ARABIDOPSIS THALIANA / CHLOROPLAST / 13KOTE

機能・相同性

機能・相同性情報

chloroplast inner membrane / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / chloroplast envelope / plant-type vacuole / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.807 Å

データ登録者

Mas-y-mas, S. / Curien, G. / Giustini, C. / Rolland, N. / Ferrer, J.L. / Cobessi, D.

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of the Chloroplastic Oxoene Reductase ceQORH from Arabidopsis thaliana.
著者: Mas Y Mas, S. / Curien, G. / Giustini, C. / Rolland, N. / Ferrer, J.L. / Cobessi, D.

履歴

登録	2015年6月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年4月5日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月9日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5a4d.ent.gz	818.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5a4d_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5a4d_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
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CIF形式データ	5a4d_validation.cif.gz	115.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/5a4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/5a4d	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	5a3j-5 5a3j-8 5a3j-2 5a3j-3 3nsh-2 4i0i-2 5a3j-11 5a3j-12 5a3j-9 5a3j-1 5a3j-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (5) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

B: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

C: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

D: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

E: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

F: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

G: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

H: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

ヘテロ分子

284 kDa, 8 ポリマー
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1

A: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

ヘテロ分子

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2

B: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

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3

C: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

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4

D: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

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5

E: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

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6

F: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

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7

G: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

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8

H: PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.160, 128.600, 150.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.76, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 6:101 OR RESSEQ 103:329 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 6:101 OR RESSEQ 103:329 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 6:101 OR RESSEQ 103:329 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 6:101 OR RESSEQ 103:329 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 6:78 OR RESSEQ 88:101 OR RESSEQ 103:120 OR RESSEQ 123:329 )
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 6:101 OR RESSEQ 103:329 )
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 6:101 OR RESSEQ 103:329 )
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 6:101 OR RESSEQ 103:329 )

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.9959, 0.007356, 0.0905), (0.007143, -1, 0.002678), (0.09052, -0.002021, -0.9959)	-6.626, 5.462, 142.5
2	given	(-0.9994, -0.03351, -0.009692), (-0.0223, 0.4, 0.9162), (-0.02683, 0.9159, -0.4005)	128.7, -64.3, 102.9
3	given	(-0.9956, 0.03462, -0.08656), (0.06518, -0.4053, -0.9119), (-0.06665, -0.9135, 0.4013)	134, 68.28, 51.65
4	given	(0.5627, -0.01612, -0.8265), (-0.01981, 0.9993, -0.03298), (0.8264, 0.03493, 0.562)	49.76, -16.76, 40.42
5	given	(0.6948, 0.01217, -0.7191), (0.02341, -0.9997, 0.005706), (-0.7188, -0.0208, -0.6949)	43.92, 22.67, 104.4
6	given	(-0.6268, -0.09294, 0.7736), (0.6907, 0.3932, 0.6069), (-0.3606, 0.9147, -0.1823)	82.42, -33.57, 69.19
7	given	(-0.6609, 0.08553, 0.7456), (-0.7119, -0.3859, -0.5868), (0.2376, -0.9185, 0.316)	80.28, 39.93, 82.43

#1: タンパク質	PUTATIVE QUINONE-OXIDOREDUCTASE HOMOLOG, CHLOROPLASTIC / GAMMA-KETOL REDUCTASE 分子量: 34481.008 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) Organelle: CHLOROPLAST / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SV68, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-KZH / (13-oxo-9(Z),11(E),15(Z)-octadecatrienoic acid) 分子量: 292.413 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₈O₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.68 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0,2 M SODIUM CHLORIDE, 0,1 M TRIS PH 8,5, 15,5 % PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.040051
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE SI 1 1 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.040051 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.81→49.58 Å / Num. obs: 75277 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 57.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.67
反射シェル	解像度: 2.81→2.98 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.807→49.581 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2247	3786	5 %
R_work	0.1882	-	-
obs	0.1901	75172	99.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.807→49.581 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19052	0	448	0	19500

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	19996
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.214	27244
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.843	7349
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	3187
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3441

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2356	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2356	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	3	C	2369	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	4	D	2362	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	5	E	2281	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	6	F	2367	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	7	G	2357	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	8	H	2379	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8071-2.8426	0.3887	129	0.3246	2506	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8426-2.88	0.3179	134	0.2935	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.9195	0.3434	139	0.2786	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9195-2.9612	0.345	146	0.2823	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9612-3.0054	0.3416	136	0.2658	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0054-3.0523	0.3149	138	0.2596	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0523-3.1023	0.3147	128	0.2586	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1023-3.1558	0.2921	147	0.2537	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1558-3.2132	0.302	147	0.2349	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2132-3.275	0.272	131	0.2453	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.275-3.3418	0.3119	137	0.238	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3418-3.4145	0.305	129	0.2228	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4145-3.4939	0.2518	124	0.2121	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4939-3.5812	0.2269	149	0.1975	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5812-3.678	0.2553	129	0.199	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.678-3.7862	0.2265	125	0.1887	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7862-3.9084	0.2417	133	0.18	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9084-4.048	0.2177	139	0.1796	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
4.048-4.21	0.213	131	0.1598	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.4015	0.1668	148	0.1482	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4015-4.6334	0.1752	144	0.1427	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6334-4.9235	0.1773	158	0.146	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9235-5.3032	0.1917	153	0.1397	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3032-5.8361	0.1693	152	0.1701	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8361-6.6789	0.1879	160	0.167	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6789-8.408	0.1742	156	0.1566	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
8.408-49.589	0.1918	144	0.1657	2557	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7468	-0.0931	0.7264	2.8821	-0.8655	2.7473	0.0469	-0.056	0.0205	0.102	0.0173	-0.223	0.1242	0.193	-0.061	0.1995	-0.0234	0.0417	0.3334	0.0158	0.2501	81.4474	-0.737	54.9494
2	1.7528	0.5891	-0.1286	2.9364	-0.5174	2.6787	0.2494	-0.6491	-0.1335	1.3357	-0.2544	-0.5152	0.4	-0.0364	0.0076	1.2305	-0.092	-0.2568	0.7093	-0.0035	0.4595	79.8197	7.1608	94.9004
3	1.4465	0.3288	0.5909	4.3836	-0.4403	3.3061	0.4417	-0.295	0.0734	0.9149	-0.2095	1.0775	0.5813	-0.3455	-0.2133	0.813	-0.2786	0.2486	0.5686	0.0952	0.6243	47.1512	-16.828	77.865
4	2.0775	-0.1976	-0.3464	2.348	-0.4242	3.0623	0.0474	-0.3075	0.0655	0.4657	-0.1342	0.5237	-0.2889	-0.3573	0.0778	0.3999	-0.0444	0.1323	0.3984	-0.1574	0.5339	47.6128	23.0627	68.8285
5	2.4786	-1.3418	-1.2703	3.9754	0.2646	1.8209	0.7368	0.9158	-0.3119	-2.3865	-1.3928	1.4372	-0.5241	-0.4383	0.3926	1.5313	0.5627	-0.8299	0.874	-0.4982	0.8719	29.8324	15.0406	-17.9651
6	1.5567	-1.1817	0.5941	2.8695	-1.094	2.0625	0.0042	0.1577	0.0847	-0.1306	-0.1324	-0.2621	-0.2831	0.1516	0.1139	0.2854	-0.0997	0.0128	0.3558	0.0609	0.2525	61.0665	24.8972	7.2086
7	3.9647	-0.0126	0.9539	2.2033	0.0264	1.9673	0.1281	-0.091	0.1553	0.2197	-0.228	0.3566	0.0185	-0.2494	0.0828	0.2564	-0.0046	0.1376	0.2839	-0.1055	0.4372	28.5235	0.0081	21.7564
8	2.1512	-0.6263	-0.3955	6.3756	-1.9428	3.2791	0.2079	-0.4181	-0.0887	0.3286	0.1176	1.9724	-0.0865	-0.4107	-0.2247	0.3718	-0.0756	0.1621	0.5177	-0.0601	1.0244	21.6835	41.0263	16.1008

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 3 THROUGH 329)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'B' AND (RESID 6 THROUGH 329)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'C' AND (RESID 4 THROUGH 329)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'D' AND (RESID 3 THROUGH 329)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'E' AND (RESID 6 THROUGH 329)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'F' AND (RESID 3 THROUGH 329)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'G' AND (RESID 3 THROUGH 329)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'H' AND (RESID 4 THROUGH 329)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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