PDB-5a3z: Structure of monoclinic Lysozyme obtained by multi crystal data c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a3z

タイトル

Structure of monoclinic Lysozyme obtained by multi crystal data collection

要素

LYSOZYME

キーワード

HYDROLASE / MULTI CRYSTAL DATA COLLECTION / SYNCHROTRON SERIAL CRYSTALLOGRAPHY / SSX

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

GALLUS GALLUS (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Zander, U. / Bourenkov, G. / Popov, A.N. / de Sanctis, D. / McCarthy, A.A. / Svensson, O. / Round, E.S. / Gordeliy, V.I. / Mueller-Dieckmann, C. / Leonard, G.A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Meshandcollect: An Automated Multi-Crystal Data-Collection Workflow for Synchrotron Macromolecular Crystallography Beamlines.
著者: Zander, U. / Bourenkov, G. / Popov, A.N. / De Sanctis, D. / Svensson, O. / Mccarthy, A.A. / Round, E. / Gordeliy, V. / Mueller-Dieckmann, C. / Leonard, G.A.

履歴

登録	2015年6月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Source and taxonomy

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a3z.cif.gz	62 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a3z.ent.gz	50 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a3z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/5a3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/5a3z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a3yC 5a44C 5a45C 5a47C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2lyz-d 4etc-d 4xjg-d 1ljg-2 7cvj-d 6lyz-d 1at5-d 1fly-d 6lyt-d 1n4f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: LYSOZYME

B: LYSOZYME

ヘテロ分子

32.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LYSOZYME

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LYSOZYME

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.583, 62.638, 59.553
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	1 - 129
2	1	1	4	B	1 - 129

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.973359, -0.142323, -0.17977), (0.161863, 0.981824, 0.0991), (0.162398, -0.125558, 0.978704)	15.73494, 3.27976, 35.83248

#1: タンパク質	LYSOZYME / LYSOZYME C 分子量: 16257.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 参照: UniProt: B8YK79, UniProt: P00698*PLUS, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→19.73 Å / Num. obs: 23004 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.08

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0103 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.59→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 3.069 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26505	1182	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21311	-	-	-
obs	0.21565	21804	84.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.302 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.08 Å²	0 Å²	0.59 Å²
2-	-	-0.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2002	0	14	181	2197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.031	0.02	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.273	1.907	2810
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.242	3	4313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.674	5	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.537	22.97	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.634	15	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.025	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2442
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	548
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.024	1.598	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.021	1.595	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.821	2.388	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.093	1.75	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.592→1.633 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	90	-
R_work	0.313	1470	-
obs	-	-	77.57 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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