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- PDB-5a3l: Structure of Cea1A in complex with N-Acetylglucosamine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a3l
タイトルStructure of Cea1A in complex with N-Acetylglucosamine
要素CEA1
キーワードCELL ADHESION / FUNGAL ADHESION / CHITIN ADHESION / PA14-DOMAIN / FLOCCULIN-RELATED
機能・相同性
機能・相同性情報


cell surface / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
GLEYA adhesin domain / GLEYA domain / Jelly Rolls - #1560 / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / CEA1
類似検索 - 構成要素
生物種KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Kock, M. / Brueckner, S. / Wozniak, N. / Veelders, M. / Schlereth, J. / Moesch, H.-U. / Essen, L.-O.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: High-Affinity Recognition of Non-Reducing Chitinous Ends by the Yeast Adhesin Cea1
著者: Kock, M. / Brueckner, S. / Wozniak, N. / Veelders, M. / Schlereth, J. / Moesch, H.-U. / Essen, L.-O.
履歴
登録2015年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CEA1
B: CEA1
C: CEA1
D: CEA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,66628
ポリマ－106,8344
非ポリマー2,83224
水19,6721092
1
A: CEA1
C: CEA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,64913
ポリマ－53,4172
非ポリマー1,23211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area21450 Å2
手法PQS
2
B: CEA1
D: CEA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,01715
ポリマ－53,4172
非ポリマー1,60013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-6.7 kcal/mol
Surface area21630 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.340, 106.210, 107.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRGLUGLUAA33 - 24132 - 240
21THRTHRGLUGLUBB33 - 24132 - 240
12ALAALAASPASPAA34 - 23333 - 232
22ALAALAASPASPCC34 - 23333 - 232
13THRTHRASPASPAA33 - 23332 - 232
23THRTHRASPASPDD33 - 23332 - 232
14ALAALAASPASPBB34 - 23333 - 232
24ALAALAASPASPCC34 - 23333 - 232
15THRTHRASPASPBB33 - 23332 - 232
25THRTHRASPASPDD33 - 23332 - 232
16ALAALAASPASPCC34 - 23333 - 232
26ALAALAASPASPDD34 - 23333 - 232

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.0668, 0.9976, -0.0189), (0.9977, 0.0665, -0.0158), (-0.0145, -0.0199, -0.9997)29.1365, -25.6694, 78.9378
2given(-0.8892, -0.1011, 0.4463), (-0.0735, -0.931, -0.3574), (0.4517, -0.3506, 0.8204)-16.182, -54.19, -6.832
3given(-0.1086, -0.9217, -0.3724), (-0.9138, -0.0549, 0.4024), (-0.3913, 0.384, -0.8363)-6.8254, -59.7461, 80.2327

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
CEA1


分子量: 26708.566 Da / 分子数: 4 / 断片: ADHESION DOMAIN (A DOMAIN), RESIDUES 23-241 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株: DSMZ 70382 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / Variant (発現宿主): SHUFFLE T7 EXPRESS (C3029) / 参照: UniProt: A0A1A9TAD0*PLUS

-
糖 , 2種, 8分子

#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖
ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 1108分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1092 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細CONTIG 00226 OF WHOLE GENOME SHOTGUN SEQUENCE ASSEMBLY OF PICHIA PASTORIS DSMZ70382

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 %
結晶化温度: 277 K
詳細: 100 MM MAGNESIUMCHLORIDE, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM SODIUMCITRATE PH 3.5, 12% PEG 4000, 5 MM N-ACETYLGLUCOSAMINE, 5 MM CALCIUMCHLORIDE, 277 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARRESEARCH MX-255 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→19.84 Å / Num. obs: 137801 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.66→1.75 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PRUNED VERSION OF EPA1A-BASED PDB 4ASL MODELLER 9V7 MODEL OF PICA1

4asl


解像度: 1.66→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 1.535 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS AND U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20206 2084 1.5 %RANDOM
Rwork0.17073 ---
obs0.17119 135716 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.277 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6485 0 181 1092 7758
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.027048
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.026439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.571.9769620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4383.00114844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7555888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.04324.431334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.845151099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4641532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.21080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.021680
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.261.4793367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2591.4783366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1832.2084226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4791.5773681
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A119650.12
12B119650.12
21A108370.15
22C108370.15
31A111360.15
32D111360.15
41B108520.15
42C108520.15
51B110830.13
52D110830.13
61C119270.09
62D119270.09
LS精密化 シェル解像度: 1.66→1.703 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 167 -
Rwork0.245 9920 -
obs--99.96 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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