+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5a3l | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of Cea1A in complex with N-Acetylglucosamine | |||||||||
Components | CEA1 | |||||||||
Keywords | CELL ADHESION / FUNGAL ADHESION / CHITIN ADHESION / PA14-DOMAIN / FLOCCULIN-RELATED | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | KOMAGATAELLA PASTORIS (fungus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.66 Å | |||||||||
Authors | Kock, M. / Brueckner, S. / Wozniak, N. / Veelders, M. / Schlereth, J. / Moesch, H.-U. / Essen, L.-O. | |||||||||
Citation | Journal: To be Published Title: High-Affinity Recognition of Non-Reducing Chitinous Ends by the Yeast Adhesin Cea1 Authors: Kock, M. / Brueckner, S. / Wozniak, N. / Veelders, M. / Schlereth, J. / Moesch, H.-U. / Essen, L.-O. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5a3l.cif.gz | 211.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5a3l.ent.gz | 167.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5a3l.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/5a3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/5a3l | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 5a3mC 4aslS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
NCS oper:
|
-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 26708.566 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: ADHESION DOMAIN (A DOMAIN), RESIDUES 23-241 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) KOMAGATAELLA PASTORIS (fungus) / Strain: DSMZ 70382 / Description: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / Plasmid: PET28A / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): B / Variant (production host): SHUFFLE T7 EXPRESS (C3029) / References: UniProt: A0A1A9TAD0*PLUS |
---|
-Sugars , 2 types, 8 molecules
#3: Sugar | ChemComp-NAG / #4: Sugar | ChemComp-NDG / |
---|
-Non-polymers , 6 types, 1108 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CA / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-NA / #7: Chemical | ChemComp-CIT / | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Sequence details | CONTIG 00226 OF WHOLE GENOME SHOTGUN SEQUENCE ASSEMBLY OF PICHIA PASTORIS DSMZ70382 |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.08 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K Details: 100 MM MAGNESIUMCHLORIDE, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM SODIUMCITRATE PH 3.5, 12% PEG 4000, 5 MM N-ACETYLGLUCOSAMINE, 5 MM CALCIUMCHLORIDE, 277 K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91841 |
Detector | Type: MARRESEARCH MX-255 / Detector: CCD / Date: May 25, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.66→19.84 Å / Num. obs: 137801 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14 |
Reflection shell | Resolution: 1.66→1.75 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PRUNED VERSION OF EPA1A-BASED PDB 4ASL MODELLER 9V7 MODEL OF PICA1 Resolution: 1.66→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 1.535 / SU ML: 0.052 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.082 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS AND U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.277 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.66→19.84 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|