+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a2v | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of mtPAP in Apo form | ||||||
![]() | MITOCHONDRIAL PROTEIN | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION | ||||||
機能・相同性 | ![]() mitochondrial RNA 3'-end processing / histone mRNA catabolic process / poly(A) RNA polymerase activity / UTP binding / : / manganese ion binding / GTP binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion ...mitochondrial RNA 3'-end processing / histone mRNA catabolic process / poly(A) RNA polymerase activity / UTP binding / : / manganese ion binding / GTP binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lapkouski, M. / Hallberg, B.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Mitochondrial Poly(A) RNA Polymerase Reveals the Structural Basis for Dimerization, ATP Selectivity and the Spax4 Disease Phenotype. 著者: Lapkouski, M. / Hallberg, B.M. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 213.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 168.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 449.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.4459, 0.8189, -0.3613), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62954.094 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 37-568 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.39 % / 解説: NONE |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→40 Å / Num. obs: 97579 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.92 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 2.04 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.54 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.82→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.688 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.321 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→38 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|