[日本語] English
万見
- PDB-5a2t: The Molecular Basis for Flexibility in the Flexible Filamentous P... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a2t
タイトルThe Molecular Basis for Flexibility in the Flexible Filamentous Plant Viruses
要素
  • BAMBOO MOSAIC VIRUS
  • COAT PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / HELICAL POLYMER / CUMULATIVE DISORDER / PLANT VIRUSES
機能・相同性Potex/carlavirus coat protein / Viral coat protein / helical viral capsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Coat protein
機能・相同性情報
生物種BAMBOO MOSAIC VIRUS (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å
データ登録者DiMaio, F. / Chen, C.C. / Yu, X. / Frenz, B. / Hsu, Y.H. / Lin, N.S. / Egelman, E.H.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: The molecular basis for flexibility in the flexible filamentous plant viruses.
著者: Frank DiMaio / Chun-Chieh Chen / Xiong Yu / Brandon Frenz / Yau-Heiu Hsu / Na-Sheng Lin / Edward H Egelman /
要旨: Flexible filamentous plant viruses cause more than half the viral crop damage in the world but are also potentially useful for biotechnology. Structural studies began more than 75 years ago but have ...Flexible filamentous plant viruses cause more than half the viral crop damage in the world but are also potentially useful for biotechnology. Structural studies began more than 75 years ago but have failed, owing to the virion's extreme flexibility. We have used cryo-EM to generate an atomic model for bamboo mosaic virus, which reveals flexible N- and C-terminal extensions that allow deformation while still maintaining structural integrity.
履歴
登録2015年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_image_scans / em_single_particle_entity
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3020
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3020
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN
D: COAT PROTEIN
E: COAT PROTEIN
F: COAT PROTEIN
G: COAT PROTEIN
H: COAT PROTEIN
I: COAT PROTEIN
J: COAT PROTEIN
K: COAT PROTEIN
L: COAT PROTEIN
M: COAT PROTEIN
N: COAT PROTEIN
O: COAT PROTEIN
P: COAT PROTEIN
Q: COAT PROTEIN
R: COAT PROTEIN
S: COAT PROTEIN
T: COAT PROTEIN
U: COAT PROTEIN
V: COAT PROTEIN
W: COAT PROTEIN
X: COAT PROTEIN
Y: COAT PROTEIN
Z: BAMBOO MOSAIC VIRUS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)597,00626
ポリマ－597,00626
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

-
要素

#1: タンパク質 ...
COAT PROTEIN


分子量: 22351.225 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BAMBOO MOSAIC VIRUS (ウイルス) / 参照: UniProt: O37178
#2: RNA鎖 BAMBOO MOSAIC VIRUS


分子量: 38225.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BAMBOO MOSAIC VIRUS (ウイルス)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素名称: BAMV / タイプ: VIRUS
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年11月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

CTF補正詳細: IMAGES
3次元再構成手法: IHRSR / 解像度: 5.6 Å / 粒子像の数: 104433 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.05 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.05 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3020. (DEPOSITION ID: 13412).
対称性のタイプ: HELICAL
精密化最高解像度: 5.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 5.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39425 2500 0 0 41925

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る