PDB-5a0g: N-terminal thioester domain of surface protein from Clostridium p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a0g

タイトル

N-terminal thioester domain of surface protein from Clostridium perfringens

要素

SURFACE ANCHORED PROTEIN

キーワード

CELL ADHESION / SURFACE-ASSOCIATED PROTEIN / GRAM-POSITIVE / ADHESIN / INTERNAL THIOESTER / THIOESTER DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.62 Å

データ登録者

Walden, M. / Edwards, J.M. / Dziewulska, A.M. / Kan, S.-Y. / Schwarz-Linek, U. / Banfield, M.J.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: An internal thioester in a pathogen surface protein mediates covalent host binding.
著者: Walden, M. / Edwards, J.M. / Dziewulska, A.M. / Bergmann, R. / Saalbach, G. / Kan, S.Y. / Miller, O.K. / Weckener, M. / Jackson, R.J. / Shirran, S.L. / Botting, C.H. / Florence, G.J. / Rohde, ...

履歴

登録	2015年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.3	2019年10月30日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a0g.cif.gz	416.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a0g.ent.gz	346 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a0g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5a0dC 5a0lC 5a0nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5glx-d 3s8j-1 6fez-2 6ldq-4 2jnp-d 5a0d-4 3eke-d 5vq2-2 5c00-4 5zab-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SURFACE ANCHORED PROTEIN

B: SURFACE ANCHORED PROTEIN

C: SURFACE ANCHORED PROTEIN

D: SURFACE ANCHORED PROTEIN

E: SURFACE ANCHORED PROTEIN

F: SURFACE ANCHORED PROTEIN

128 kDa, 6 ポリマー
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1

A: SURFACE ANCHORED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: SURFACE ANCHORED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: SURFACE ANCHORED PROTEIN

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4

D: SURFACE ANCHORED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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5

E: SURFACE ANCHORED PROTEIN

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6

F: SURFACE ANCHORED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.820, 74.360, 82.810
Angle α, β, γ (deg.)	107.32, 104.32, 98.63
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	A	A	101 - 274	12 - 185
2	1	PHE	PHE	B	B	101 - 274	12 - 185
1	2	PHE	PHE	A	A	101 - 274	12 - 185
2	2	PHE	PHE	C	C	101 - 274	12 - 185
1	3	VAL	VAL	A	A	101 - 275	12 - 186
2	3	VAL	VAL	D	D	101 - 275	12 - 186
1	4	VAL	VAL	A	A	101 - 275	12 - 186
2	4	VAL	VAL	E	E	101 - 275	12 - 186
1	5	VAL	VAL	A	A	101 - 275	12 - 186
2	5	VAL	VAL	F	F	101 - 275	12 - 186
1	6	PHE	PHE	B	B	101 - 274	12 - 185
2	6	PHE	PHE	C	C	101 - 274	12 - 185
1	7	PHE	PHE	B	B	101 - 274	12 - 185
2	7	PHE	PHE	D	D	101 - 274	12 - 185
1	8	PHE	PHE	B	B	101 - 274	12 - 185
2	8	PHE	PHE	E	E	101 - 274	12 - 185
1	9	PHE	PHE	B	B	101 - 274	12 - 185
2	9	PHE	PHE	F	F	101 - 274	12 - 185
1	10	PHE	PHE	C	C	101 - 274	12 - 185
2	10	PHE	PHE	D	D	101 - 274	12 - 185
1	11	PHE	PHE	C	C	101 - 274	12 - 185
2	11	PHE	PHE	E	E	101 - 274	12 - 185
1	12	PHE	PHE	C	C	101 - 274	12 - 185
2	12	PHE	PHE	F	F	101 - 274	12 - 185
1	13	VAL	VAL	D	D	101 - 275	12 - 186
2	13	VAL	VAL	E	E	101 - 275	12 - 186
1	14	VAL	VAL	D	D	101 - 275	12 - 186
2	14	VAL	VAL	F	F	101 - 275	12 - 186
1	15	VAL	VAL	E	E	101 - 275	12 - 186
2	15	VAL	VAL	F	F	101 - 275	12 - 186

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
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#1: タンパク質	SURFACE ANCHORED PROTEIN 分子量: 21284.984 Da / 分子数: 6 / 断片: THIOESTER DOMAIN, RESIDUES 92-277 / 由来タイプ: 組換発現詳細: INTERNAL THIOESTER LINKAGE BETWEEN CYS138 AND GLN267 由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌) 株: B / プラスミド: POPIN-F / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1R775
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

SURFACE ANCHORED PROTEIN

分子量: 21284.984 Da / 分子数: 6 / 断片: THIOESTER DOMAIN, RESIDUES 92-277 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: INTERNAL THIOESTER LINKAGE BETWEEN CYS138 AND GLN267
由来: (組換発現)

CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
株: B / プラスミド: POPIN-F / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1R775

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.94 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2 M TRI-POTASSIUM CITRATE, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.62→44.88 Å / Num. obs: 44689 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.62→2.69 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.62→44.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 25.037 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.498 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22611	2203	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19645	-	-	-
obs	0.19795	42485	98.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	0.86 Å²	-2.81 Å²
2-	-	-1.1 Å²	-2.01 Å²
3-	-	-	3.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.62→44.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8260	0	0	36	8296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.02	8428
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	7777
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.595	1.964	11444
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.237	3.001	17824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.569	5	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.959	25.231	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.956	15	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.402	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9644
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1922
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.213	3.23	4202
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.21	3.23	4201
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.416	4.845	5242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.789	3.433	4226
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10060	0.07
1	2	B	10060	0.07
2	1	A	10115	0.07
2	2	C	10115	0.07
3	1	A	9904	0.06
3	2	D	9904	0.06
4	1	A	10273	0.06
4	2	E	10273	0.06
5	1	A	10071	0.06
5	2	F	10071	0.06
6	1	B	9891	0.07
6	2	C	9891	0.07
7	1	B	9592	0.07
7	2	D	9592	0.07
8	1	B	9959	0.07
8	2	E	9959	0.07
9	1	B	9602	0.08
9	2	F	9602	0.08
10	1	C	9945	0.06
10	2	D	9945	0.06
11	1	C	10152	0.05
11	2	E	10152	0.05
12	1	C	10029	0.07
12	2	F	10029	0.07
13	1	D	9966	0.06
13	2	E	9966	0.06
14	1	D	9914	0.06
14	2	F	9914	0.06
15	1	E	9992	0.06
15	2	F	9992	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.62→2.688 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	151	-
R_work	0.351	3115	-
obs	-	-	97.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5669	-0.7072	-0.5657	2.7634	-0.3599	2.0983	0.0118	-0.0755	-0.0801	-0.0844	-0.0004	0.2931	0.2657	-0.1242	-0.0114	0.102	-0.0841	-0.0037	0.0831	0.0261	0.2061	-18.8749	-16.9364	-26.6956
2	2.8257	-0.0943	-1.0224	2.2939	-0.4592	2.9432	0.0366	-0.0107	0.2769	-0.0263	0.05	0.0605	-0.1946	-0.0036	-0.0866	0.0622	-0.0517	0.0352	0.0638	0.0002	0.2175	-16.2587	-0.8666	-27.3331
3	2.6858	-0.0731	0.2913	1.7077	-0.2694	2.6937	-0.1734	-0.0218	0.114	0.1451	-0.0234	-0.1714	-0.3802	-0.0233	0.1968	0.1047	-0.0383	0.004	0.0662	-0.0053	0.178	-49.8106	22.3575	-28.7041
4	2.7826	-0.1254	0.2022	1.6024	-0.1084	2.4988	-0.2532	-0.0212	-0.3878	-0.0289	0.0576	-0.0566	0.4132	-0.1182	0.1956	0.1312	-0.0677	0.1046	0.1011	0.0016	0.2391	-52.5768	6.3204	-30.611
5	3.1794	-0.0857	-0.0722	0.9918	0.5172	2.4355	0.0005	0.0024	0.1076	0.1622	0.0351	0.0798	-0.1713	-0.1973	-0.0357	0.1722	0.007	0.0069	0.0288	0.0075	0.0554	-53.5714	34.2845	-48.7464
6	2.963	-0.9138	-0.0116	1.5945	0.8181	2.5564	0.0231	0.3663	-0.1684	-0.1691	-0.0201	0.0347	0.0217	-0.0556	-0.003	0.144	-0.0346	-0.0267	0.0618	-0.0229	0.0595	-49.716	25.4117	-61.9283
7	2.2108	-0.9228	0.044	2.8182	0.2499	2.7248	0.0638	0.0954	-0.0242	-0.1494	0.1049	-0.2148	-0.0168	0.3318	-0.1687	0.2008	-0.0825	0.0194	0.0817	-0.026	0.0878	-16.2878	-26.7819	-48.0714
8	2.6195	-0.7678	-0.6428	3.0487	0.3076	2.5886	0.1211	0.4779	0.3141	-0.7603	-0.0035	-0.164	-0.6272	0.1899	-0.1176	0.4749	-0.1316	0.0643	0.1715	0.0693	0.0736	-19.9841	-16.8554	-60.4864
9	2.0284	-0.1792	-0.4023	2.1123	0.3916	2.7028	-0.0676	0.1137	0.122	-0.1206	0.1657	-0.4064	0.1992	0.3347	-0.0981	0.0378	-0.0053	0.0306	0.0908	-0.0388	0.1486	-42.6135	5.1932	-93.5455
10	1.9996	-0.1923	-0.5615	1.473	0.3581	3.1409	-0.0764	-0.2908	0.2044	0.2379	0.1288	-0.2452	-0.0071	0.2906	-0.0523	0.0552	0.0177	-0.0526	0.0813	-0.0766	0.1353	-44.9148	10.3678	-78.2068
11	3.5008	-0.2922	-0.2379	2.2934	0.4737	3.0689	-0.2669	0.0303	0.12	0.1759	0.2118	0.2831	0.2569	0.0271	0.055	0.1541	0.0539	0.0565	0.0373	0.0465	0.061	-45.2672	-18.2574	-94.9058
12	4.481	0.5751	0.0833	1.8191	-0.1518	3.6104	-0.285	-0.8342	-0.1676	0.7916	0.1526	0.1351	0.6703	0.1498	0.1324	0.5739	0.2193	0.1217	0.206	0.0658	0.0319	-42.4688	-24.676	-80.2097

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	101 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	251 - 275
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	163 - 250
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	100 - 162
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	251 - 275
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	163 - 250
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	101 - 162
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	251 - 276
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	163 - 250
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	101 - 162
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	251 - 275
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	163 - 250
13	X-RAY DIFFRACTION	9	E	101 - 162
14	X-RAY DIFFRACTION	9	E	251 - 275
15	X-RAY DIFFRACTION	10	E	163 - 250
16	X-RAY DIFFRACTION	11	F	101 - 162
17	X-RAY DIFFRACTION	11	F	251 - 275
18	X-RAY DIFFRACTION	12	F	163 - 250

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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