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Yorodumi- PDB-5a0g: N-terminal thioester domain of surface protein from Clostridium p... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5a0g | ||||||
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Title | N-terminal thioester domain of surface protein from Clostridium perfringens | ||||||
Components | SURFACE ANCHORED PROTEIN | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / SURFACE-ASSOCIATED PROTEIN / GRAM-POSITIVE / ADHESIN / INTERNAL THIOESTER / THIOESTER DOMAIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.62 Å | ||||||
Authors | Walden, M. / Edwards, J.M. / Dziewulska, A.M. / Kan, S.-Y. / Schwarz-Linek, U. / Banfield, M.J. | ||||||
Citation | Journal: Elife / Year: 2015 Title: An internal thioester in a pathogen surface protein mediates covalent host binding. Authors: Walden, M. / Edwards, J.M. / Dziewulska, A.M. / Bergmann, R. / Saalbach, G. / Kan, S.Y. / Miller, O.K. / Weckener, M. / Jackson, R.J. / Shirran, S.L. / Botting, C.H. / Florence, G.J. / ...Authors: Walden, M. / Edwards, J.M. / Dziewulska, A.M. / Bergmann, R. / Saalbach, G. / Kan, S.Y. / Miller, O.K. / Weckener, M. / Jackson, R.J. / Shirran, S.L. / Botting, C.H. / Florence, G.J. / Rohde, M. / Banfield, M.J. / Schwarz-Linek, U. | ||||||
History |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5a0g.cif.gz | 416.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5a0g.ent.gz | 346 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5a0g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/5a0g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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