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- PDB-5a0e: Crystal structure of cyclophilin D in complex with CsA analogue, JW47. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a0e
タイトルCrystal structure of cyclophilin D in complex with CsA analogue, JW47.
要素
  • JW47
  • PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE F, MITOCHONDRIAL
キーワードISOMERASE / CYCLOPHILIN D / CYP D / PPIF / CYCLOSPORIN A / CSA / JW47 / MITOCHONDRIAL PERMEABILITY TRANSITION PORE / PTP / PEPTIDYLPROLYL CIS-TRANS ISOMERASE / CYCLOPHILIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation ...regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane permeability / cyclosporin A binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / necroptotic process / apoptotic mitochondrial changes / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to calcium ion / peptide binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to ischemia / cellular response to hydrogen peroxide / protein folding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
CYLINDROCARPON LUCIDUM (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Warne, J. / Pryce, G. / Hill, J. / Shi, X. / Lenneras, F. / Puentes, F. / Kip, M. / Hilditch, L. / Walker, P. / Simone, M. ...Warne, J. / Pryce, G. / Hill, J. / Shi, X. / Lenneras, F. / Puentes, F. / Kip, M. / Hilditch, L. / Walker, P. / Simone, M. / Chan, A.W.E. / Towers, G. / Coker, A.R. / Duchen, M. / Szabadkai, G. / Baker, D. / Selwood, D.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Selective Inhibition of the Mitochondrial Permeability Transition Pore Protects Against Neuro-Degeneration in Experimental Multiple Sclerosis.
著者: Warne, J. / Pryce, G. / Hill, J. / Shi, X. / Lenneras, F. / Puentes, F. / Kip, M. / Hilditch, L. / Walker, P. / Simone, M.I. / Chan, A.W.E. / Towers, G.J. / Coker, A.R. / Duchen, M.R. / ...著者: Warne, J. / Pryce, G. / Hill, J. / Shi, X. / Lenneras, F. / Puentes, F. / Kip, M. / Hilditch, L. / Walker, P. / Simone, M.I. / Chan, A.W.E. / Towers, G.J. / Coker, A.R. / Duchen, M.R. / Szabadkai, G. / Baker, D. / Selwood, D.L.
履歴
登録2015年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE F, MITOCHONDRIAL
B: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE F, MITOCHONDRIAL
C: JW47
E: JW47


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2324
ポリマ－38,2324
非ポリマー00
水5,477304
1
A: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE F, MITOCHONDRIAL
C: JW47


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1162
ポリマ－19,1162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-8.9 kcal/mol
Surface area7720 Å2
手法PISA
2
B: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE F, MITOCHONDRIAL
E: JW47


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1162
ポリマ－19,1162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-8.5 kcal/mol
Surface area7630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.120, 69.510, 109.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE F, MITOCHONDRIAL / PPIASE F / 5.2.1.8 / CYCLOPHILIN D / CYP-D / CYPD / CYCLOPHILIN F / MITOCHONDRIAL CYCLOPHILIN / CYP- ...PPIASE F / 5.2.1.8 / CYCLOPHILIN D / CYP-D / CYPD / CYCLOPHILIN F / MITOCHONDRIAL CYCLOPHILIN / CYP-M / ROTAMASE F


分子量: 17739.205 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: POPINF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P30405, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド JW47


分子量: 1376.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: CYCLOSPORINE A WITH 1-(PENT-4-ENYL) QUINOLINIUM LINKED TO THE BMT RESIDUE.
由来: (合成) CYLINDROCARPON LUCIDUM (菌類)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細4-METHYL-4-[(E)-2-BUTENYL]-4,N-METHYL-THREONINE (BMT): 1-PENT-4-ENYL QUINOLINIUM LINKED TO CH OF ...4-METHYL-4-[(E)-2-BUTENYL]-4,N-METHYL-THREONINE (BMT): 1-PENT-4-ENYL QUINOLINIUM LINKED TO CH OF BMT 1-(PENT-4-ENYL)QUINOLINIUM (DRG): LINKED TO CH OF BMT
配列の詳細K133I MUTATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 2.9
詳細: HANGING DROP 50:50. PRECIPITANT: 23% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG3350), 50 MM SODIUM-CITRATE BUFFER AT PH 2.9 PROTEIN: 30 MG/ML IN 50MM POTASSIUM/SODIUM PHOSPHATE PH 7.3, 100MM NACL, 2MM EDTA, 0.02% SODIUM AZIDE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9174
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月29日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9174 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→35.99 Å / Num. obs: 101898 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.12→1.15 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 45.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z6W

2z6w


解像度: 1.25→35.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 0.994 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13122 3964 5 %RANDOM
Rwork0.09806 ---
obs0.09971 75156 97.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→35.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2680 0 0 304 2984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0192813
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1371.9953815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.10136263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7655348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.95324.299107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.97615450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7511510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.30.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02626
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6781.1851430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6771.1841429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.31.7861788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2041.51383
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.19335525
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.806595
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.73655667
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.167 297 -
Rwork0.113 5143 -
obs--91.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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