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万見
- PDB-4zxp: Crystal structure of Peptidyl- tRNA Hydrolase from Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zxp
タイトルCrystal structure of Peptidyl- tRNA Hydrolase from Vibrio cholerae
要素Peptidyl-tRNA hydrolase
キーワードHYDROLASE / PEPTIDYL-TRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-tRNA hydrolase / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 2. / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 1. / Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase, conserved site / Peptidyl-tRNA hydrolase superfamily / Peptidyl-tRNA hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Shahid, S. / Pal, R.K. / Kabra, A. / Yadav, R. / Kumar, A. / Arora, A.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2017
タイトル: Unraveling the stereochemical and dynamic aspects of the catalytic site of bacterial peptidyl-tRNA hydrolase.
著者: Kabra, A. / Shahid, S. / Pal, R.K. / Yadav, R. / Pulavarti, S.V. / Jain, A. / Tripathi, S. / Arora, A.
履歴
登録2015年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-tRNA hydrolase
B: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7093
ポリマ－43,5202
非ポリマー1891
水5,963331
1
A: Peptidyl-tRNA hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7601
ポリマ－21,7601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9492
ポリマ－21,7601
非ポリマー1891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.718, 73.628, 124.201
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase / PTH


分子量: 21760.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: pth, VC_2184 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KQ21, peptidyl-tRNA hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THESE RESIDUES ARE THE OVERHANGS LEFT AFTER RTEV DIGESTION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M SODIUM CITRATE BUFFER PH 8.0, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年1月23日
放射モノクロメーター: MULTI-MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.627→63.34 Å / Num. obs: 49768 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 11 % / Net I/σ(I): 32.3
反射 シェル解像度: 1.63→1.69 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P7B

4p7b


解像度: 1.63→32.55 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 1917 4.03 %
Rwork0.171 --
obs0.173 45683 91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→32.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2957 0 13 331 3301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113037
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2664111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.741122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007542
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6273-1.6680.34741170.2993284080
1.668-1.71310.31911300.256306386
1.7131-1.76350.28111270.2325304487
1.7635-1.82040.27181330.223307187
1.8204-1.88550.27261270.2228299184
1.8855-1.9610.28041310.2231313788
1.961-2.05020.22241330.1997325792
2.0502-2.15830.23381390.1915334794
2.1583-2.29350.22761400.1895326492
2.2935-2.47050.20621410.186338694
2.4705-2.7190.21761410.1902338395
2.719-3.11220.22421480.1823349196
3.1122-3.920.1941520.149361999
3.920.17471580.1362379099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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