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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zxp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Peptidyl- tRNA Hydrolase from Vibrio cholerae | ||||||
要素 | Peptidyl-tRNA hydrolaseAlternative ribosome-rescue factor B | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / PEPTIDYL-TRNA (細菌の翻訳) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å | ||||||
データ登録者 | Shahid, S. / Pal, R.K. / Kabra, A. / Yadav, R. / Kumar, A. / Arora, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: RNA / 年: 2017 タイトル: Unraveling the stereochemical and dynamic aspects of the catalytic site of bacterial peptidyl-tRNA hydrolase. 著者: Kabra, A. / Shahid, S. / Pal, R.K. / Yadav, R. / Pulavarti, S.V. / Jain, A. / Tripathi, S. / Arora, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zxp.cif.gz | 153.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zxp.ent.gz | 121.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zxp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/4zxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/4zxp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21760.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: pth, VC_2184 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KQ21, peptidyl-tRNA hydrolase #2: 化合物 | ChemComp-FLC / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THESE RESIDUES ARE THE OVERHANGS LEFT AFTER RTEV DIGESTION. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M SODIUM CITRATE BUFFER PH 8.0, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年1月23日 |
放射 | モノクロメーター: MULTI-MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.627→63.34 Å / Num. obs: 49768 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 11 % / Net I/σ(I): 32.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.69 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4P7B 解像度: 1.63→32.55 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→32.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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